并行计算在生物信息学中的运用和实现
| 致谢 | 第1-4页 |
| 摘要 | 第4-5页 |
| ABSTRACT | 第5-8页 |
| 第一章 绪论 | 第8-15页 |
| ·课题背景 | 第8-9页 |
| ·国内外生物并行软件的研究现状 | 第9-13页 |
| ·并行计算的研究进展 | 第9-10页 |
| ·phrap 研究进展 | 第10-11页 |
| ·BLAST 研究进展 | 第11页 |
| ·HMMER 的研究进展 | 第11-13页 |
| ·本课题的研究意义和主要内容 | 第13-15页 |
| ·本课题的研究意义 | 第13-14页 |
| ·本课题的主要研究工作 | 第14-15页 |
| 第二章 并行软件架构体系Bio_Mpi 的开发 | 第15-26页 |
| ·开发语言介绍 | 第15-18页 |
| ·MPI 简介 | 第15页 |
| ·通信域 | 第15-16页 |
| ·MPI 调用接口 | 第16页 |
| ·MPI 并行编程模式 | 第16-17页 |
| ·MPI 通信模式 | 第17-18页 |
| ·模型设计 | 第18页 |
| ·Bio_Mpi 架构图 | 第18-19页 |
| ·Bio_Mpi 的开发 | 第19-21页 |
| ·主节点的初始化串行处理过程 | 第19-20页 |
| ·各节点的并行处理过程 | 第20页 |
| ·主节点汇总处理过程 | 第20-21页 |
| ·mpiphrap 的开发 | 第21-26页 |
| ·mpiphrap 的并行思想 | 第21-23页 |
| ·mpiphrap 的并行算法 | 第23-26页 |
| 第三章 并行软件架构体系Bio_Mpi 的测试 | 第26-37页 |
| ·Bio_Mpi 的测试环境 | 第26页 |
| ·mpiphrap 的测试 | 第26-29页 |
| ·杨树的mpiphrap 测试 | 第26-28页 |
| ·芝麻的mpiphrap 测试 | 第28-29页 |
| ·mpiblast 的测试 | 第29-33页 |
| ·测试使用的软件版本 | 第29页 |
| ·Swiss_Prot 数据库的测试 | 第29-32页 |
| ·env_nr 数据库的测试 | 第32-33页 |
| ·HMMER 的测试 | 第33-37页 |
| ·hmmbuild 的测试 | 第33-34页 |
| ·hmmsearch 的测试 | 第34-37页 |
| 第四章 结束语 | 第37-38页 |
| 参考文献 | 第38-40页 |
| 附录A Fedora 操作系统中的设置 | 第40-44页 |
| 1 Fedora 的准备工作 | 第40页 |
| 2 创建NFS 服务 | 第40页 |
| ·服务器的设置 | 第40页 |
| ·客户机的设置 | 第40页 |
| 3 创建SSH 信任连接 | 第40-42页 |
| 4 安装MPICH2 | 第42-43页 |
| 5 环境测试 | 第43页 |
| 6 编写程序并运行 | 第43页 |
| 7 卸载环境 | 第43-44页 |
| 附录B 安装mpiblast | 第44-48页 |
| 1 下载和解压 | 第44页 |
| 2 安装ncbi | 第44-46页 |
| 3 安装mpiblast | 第46-47页 |
| 4 mpiblast 环境设置 | 第47-48页 |
| 附录C 安装HMMER3 | 第48-49页 |
| 1 安装hmmer | 第48-49页 |
| 详细摘要 | 第49-50页 |
