| 摘要 | 第2-3页 |
| Abstract | 第3-4页 |
| 引言 | 第8-9页 |
| 1 文献综述 | 第9-25页 |
| 1.1 枯草芽孢杆菌概述 | 第9页 |
| 1.2 乙酰乳酸脱羧酶 | 第9-17页 |
| 1.2.1 脱羧酶 | 第9-10页 |
| 1.2.2 乙酰乳酸脱羧酶概述 | 第10-11页 |
| 1.2.3 乙酰乳酸脱羧酶的生物学作用 | 第11-12页 |
| 1.2.4 乙酰乳酸脱羧酶的工业应用 | 第12-13页 |
| 1.2.5 乙酰乳酸脱羧酶的催化机制 | 第13-16页 |
| 1.2.6 乙酰乳酸脱羧酶的结构 | 第16-17页 |
| 1.3 X-射线晶体学 | 第17-22页 |
| 1.3.1 蛋白质结晶概述 | 第19-20页 |
| 1.3.2 蛋白质结晶的方法 | 第20-21页 |
| 1.3.3 蛋白晶体数据收集和模型构建 | 第21-22页 |
| 1.4 计算生物学 | 第22页 |
| 1.5 本论文的研究内容和研究思路 | 第22-23页 |
| 1.6 本论文的立题目的和意义 | 第23-25页 |
| 2 B.s.-ALDC基因重组表达与纯化 | 第25-40页 |
| 2.1 引言 | 第25-26页 |
| 2.2 实验材料 | 第26-28页 |
| 2.2.1 主要仪器 | 第26页 |
| 2.2.2 主要实验材料 | 第26-27页 |
| 2.2.3 主要溶液配制 | 第27-28页 |
| 2.3 实验方法 | 第28-33页 |
| 2.3.1 E.coliBL21感受态的制备 | 第28-29页 |
| 2.3.2 B.s.-ALDC的转化 | 第29页 |
| 2.3.3 B.s.-ALDC的诱导表达 | 第29页 |
| 2.3.4 B.s.-ALDC重组蛋白纯化 | 第29-30页 |
| 2.3.5 SDS-PAGE检测重组蛋白的表达 | 第30-31页 |
| 2.3.6 BCA法测定重组蛋白浓度 | 第31-32页 |
| 2.3.7 B.s.-ALDC酶活性测定 | 第32-33页 |
| 2.4 实验结果与讨论 | 第33-39页 |
| 2.4.1 B.s.-ALDC的表达及纯化 | 第33-36页 |
| 2.4.2 B.s.-ALDC分子量的测定 | 第36页 |
| 2.4.3 B.s.-ALDC蛋白浓度的测定 | 第36-37页 |
| 2.4.4 B.s.-ALDC酶活的检测 | 第37-39页 |
| 2.5 小结 | 第39-40页 |
| 3 B.s.-ALDC结晶条件筛选及结构解析 | 第40-56页 |
| 3.1 引言 | 第40-41页 |
| 3.2 实验材料 | 第41-43页 |
| 3.2.1 主要仪器 | 第41页 |
| 3.2.2 实验试剂 | 第41-42页 |
| 3.2.3 主要溶液配制 | 第42页 |
| 3.2.4 主要的生物信息学软件 | 第42-43页 |
| 3.3 实验方法 | 第43-46页 |
| 3.3.1 蛋白样品的准备 | 第43页 |
| 3.3.2 蛋白结晶的方法 | 第43页 |
| 3.3.3 B.s.-ALDC蛋白结晶条件初筛 | 第43-44页 |
| 3.3.4 B.s.-ALDC蛋白结晶条件优化 | 第44页 |
| 3.3.5 B.s.-ALDC复合物结晶 | 第44-45页 |
| 3.3.6 B.s.-ALDC晶体衍射数据的收集与处理 | 第45页 |
| 3.3.7 B.s.-ALDC结构解析与精修 | 第45页 |
| 3.3.8 B.s.-ALDC系统发育树的构建 | 第45-46页 |
| 3.4 实验结果 | 第46-54页 |
| 3.4.1 B.s.-ALDC结晶条件初筛 | 第46页 |
| 3.4.2 B.s.-ALDC结晶条件优化 | 第46-48页 |
| 3.4.3 B.s.-ALDC晶体衍射 | 第48-49页 |
| 3.4.4 B.s.-ALDC结构的精修与解析 | 第49-51页 |
| 3.4.5 B.s.-ALDC与B.b.-ALDC序列及结构比较 | 第51-53页 |
| 3.4.6 B.s.-ALDC的系统发育树 | 第53-54页 |
| 3.5 小结 | 第54-56页 |
| 4 B.s.-ALDC与底物的分子对接和分子动力学模拟 | 第56-63页 |
| 4.1 引言 | 第56-57页 |
| 4.2 生物信息学软件 | 第57页 |
| 4.3 实验方法 | 第57-58页 |
| 4.3.1 B.s.-ALDC与底物对映体的分子对接 | 第57页 |
| 4.3.2 B.s.-ALDC的分子动力学模拟 | 第57-58页 |
| 4.3.3 B.s.-ALDC与底物复合物结合的能量贡献 | 第58页 |
| 4.4 实验结果 | 第58-62页 |
| 4.4.1 B.s.-ALDC与底物复合物的结构 | 第58-59页 |
| 4.4.2 B.s.-ALDC的分子动力学模拟 | 第59-60页 |
| 4.4.3 B.s.-ALDC与底物复合物结合的能量贡献 | 第60-62页 |
| 4.5 小结 | 第62-63页 |
| 结论与展望 | 第63-65页 |
| 参考文献 | 第65-72页 |
| 附录A 缩略语表及名称说明 | 第72-73页 |
| 附录B pET-21(b)载体质粒 | 第73-74页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第74-75页 |
| 致谢 | 第75-77页 |
