| 中文摘要 | 第8-11页 |
| ABSTRACT | 第11-14页 |
| ABBREVIATIONS | 第15-18页 |
| CHAPTER 1 Review of literature | 第18-36页 |
| 1.1 General introduction of Megalobrama amblycephala | 第18-21页 |
| 1.1.1 Biological characteristics | 第18-19页 |
| 1.1.2 Megalobrama amblycephala nutrient requirements | 第19-20页 |
| 1.1.3 The problem of Megalobrama amblycephala in productions | 第20-21页 |
| 1.2 Transcriptome study | 第21-26页 |
| 1.2.1 Introduction of transcriptome | 第21-22页 |
| 1.2.2 The ability of transcriptomics | 第22页 |
| 1.2.3 The use of transcriptome data to explore gene functions | 第22-23页 |
| 1.2.4 Transcriptome studies in aquatic animals | 第23-24页 |
| 1.2.5 The study of transcriptome in Megalobrama amblycephala | 第24-26页 |
| 1.3 Fat and carbohydrate in fish diets | 第26-33页 |
| 1.3.1 Fat and carbohydrate characteristics | 第26-28页 |
| 1.3.2 Function in animals | 第28-30页 |
| 1.3.3 Fat and carbohydrate diets in aquaculture | 第30-33页 |
| 1.4 Fatty liver disease | 第33-35页 |
| 1.4.1 Fatty liver disease types | 第33-34页 |
| 1.4.2 Fatty liver disease in fish researches | 第34-35页 |
| 1.5 Objective and significance | 第35-36页 |
| 1.5.1 Objective | 第35页 |
| 1.5.2 Significance | 第35-36页 |
| CHAPTER 2 The effect of high fat and high carbohydrate diets on growth and liver histology of Megalobrama amblycephala | 第36-48页 |
| 2.1 Introduction | 第36-39页 |
| 2.2 Materials and methods | 第39-42页 |
| 2.2.1 Animal rearing and experimental procedures | 第39页 |
| 2.2.2 Dietary preparation and proximate analysis | 第39-41页 |
| 2.2.3 Sample collection | 第41页 |
| 2.2.4 Histology | 第41-42页 |
| 2.3 Results | 第42-46页 |
| 2.3.1 The effect of high fat and high carbohydrate diets on growth performance | 第42-43页 |
| 2.3.2 Liver histology changes of BSB fed with high fat and high carbohydrate diets | 第43-46页 |
| 2.4 Discussion | 第46-48页 |
| CHAPTER 3 The overview of transcriptome analysis fed with high fat and high carbohydrate diets in Megalobrama amblyphyla | 第48-65页 |
| 3.1 Introduction | 第48-49页 |
| 3.2 Materials and methods | 第49-51页 |
| 3.2.1 Sampling and RNA extraction | 第49页 |
| 3.2.2 c DNA library preparation and Illumina sequencing | 第49-50页 |
| 3.2.3 De novo assembly of sequencing reads | 第50页 |
| 3.2.4 Annotation | 第50-51页 |
| 3.2.5 Gene expression analysis | 第51页 |
| 3.2.6 SSR markers | 第51页 |
| 3.3 Results | 第51-62页 |
| 3.3.1 Transcriptome sequencing and assembly | 第51-53页 |
| 3.3.2 Blast search analysis and unigene functional annotation | 第53-57页 |
| 3.3.3 The differentially expressed gene profile | 第57-58页 |
| 3.3.4 Pathway analysis | 第58-62页 |
| 3.3.5 SSR markers | 第62页 |
| 3.4 Discussion | 第62-65页 |
| CHAPTER 4 High Carbohydrate Diet Negatively Affects the Liver Health of Megalobrama amblycephala | 第65-86页 |
| 4.1 Introduction | 第65-67页 |
| 4.2 Materials and methods | 第67-73页 |
| 4.2.1 Diet preparation and proximate analysis | 第67页 |
| 4.2.2 Animal rearing, experimental procedures and sample collection | 第67-68页 |
| 4.2.3 Metabolomics study by NMR | 第68-69页 |
| 4.2.4 Transcriptome analysis | 第69-71页 |
| 4.2.5 qRT-PCR analysis | 第71-73页 |
| 4.3 Results | 第73-80页 |
| 4.3.1 Hepatosomatic index and liver histology | 第73页 |
| 4.3.2 Serum biochemistry | 第73-74页 |
| 4.3.3 The metabolomics of serum and liver | 第74-76页 |
| 4.3.4 Impacts of high-carbohydrate diet on the expressions of DEGs associated with NAFLD and insulin signaling pathways | 第76-80页 |
| 4.4 Discussions | 第80-86页 |
| 4.4.1 High-carbohydrate induced hepatosomatic index and liver histology changes | 第80-81页 |
| 4.4.2 High-carbohydrate induced changes in serum biochemistry | 第81-82页 |
| 4.4.3 High-carbohydrate induced fatty liver associated changes in serum metabolomics and liver metabolomics | 第82页 |
| 4.4.4 The expression of DEGs in NAFLD and insulin signaling pathways via transcriptome and qRT-PCR | 第82-86页 |
| CHAPTER 5 High-fat-high-carbohydrate diet causes mitochondrial dysfunction in the liver of Megalobrama amblycephala | 第86-101页 |
| 5.1 Introduction | 第86-88页 |
| 5.2 Materials and methods | 第88-92页 |
| 5.2.1 Diet preparation and proximate analysis | 第88页 |
| 5.2.2 Animal rearing, feeding and sample collection | 第88-89页 |
| 5.2.3 Transcriptome analysis | 第89页 |
| 5.2.3.1 RNA extraction | 第89页 |
| 5.2.3.2 cDNA library preparation and Illumina sequencing | 第89页 |
| 5.2.3.3 De novo assembly of sequencing reads | 第89页 |
| 5.2.3.4 Annotation | 第89页 |
| 5.2.3.5 Ontology analysis | 第89页 |
| 5.2.3.6 Gene expression analysis | 第89页 |
| 5.2.4 qRT-PCR analysis | 第89-92页 |
| 5.3 Results | 第92-96页 |
| 5.3.1 Transcriptome sequencing and annotation of unigenes | 第92页 |
| 5.3.2 Differential expression analysis | 第92-95页 |
| 5.3.3 qRT-PCR | 第95-96页 |
| 5.4 Discussion | 第96-101页 |
| CONCLUSIONS | 第101-102页 |
| REFERENCES | 第102-131页 |
| APPENDIX 1 | 第131-151页 |
| Fig. S1 Metabolomics graphs | 第131-132页 |
| Fig. S2 ~1H NMR spectra | 第132-133页 |
| Fig. S3 KEGG pathways | 第133-134页 |
| Fig. S4 Alzheimer’s disease | 第134-135页 |
| Fig. S5 Huntington’s disease | 第135-136页 |
| Fig. S6 Parkinson’s disease | 第136-137页 |
| Table S1. ~1H NMR signal assignment of metabolites in serum and liver extracts | 第137-138页 |
| Table S2. Differentially expressed genes | 第138-151页 |
| APPENDIX 2 Publications | 第151页 |
| APPENDIX 3 Awards and Funding | 第151-152页 |
| ACKNOWLEDGEMENTS | 第152-154页 |
