| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 第1章 前言 | 第10-16页 |
| 1.1 叶绿体基因组 | 第10-11页 |
| 1.1.1 植物叶绿体基因组简介 | 第10-11页 |
| 1.1.2 植物叶绿体基因组测序方法 | 第11页 |
| 1.2 物种及物种界定 | 第11-16页 |
| 1.2.1 物种概念 | 第11-12页 |
| 1.2.2 DNA条形码与物种界定 | 第12-14页 |
| 1.2.3 羌活属概况 | 第14页 |
| 1.2.4 本研究的目的与意义 | 第14-16页 |
| 第2章 四种羌活属植物比较叶绿体基因组及系统发育分析 | 第16-65页 |
| 2.1 材料 | 第16页 |
| 2.2 方法 | 第16-20页 |
| 2.2.1 总DNA的提取 | 第16页 |
| 2.2.2 叶绿体基因组测序、组装和注释 | 第16-19页 |
| 2.2.3 叶绿体基因组序列比较分析 | 第19页 |
| 2.2.4 叶绿体基因组重复序列以及叶绿体SSR统计 | 第19-20页 |
| 2.2.5 叶绿体基因组共线性比对和LSC/IR边界分析 | 第20页 |
| 2.3 结果 | 第20-62页 |
| 2.3.1 叶绿体基因组测序和组装结果 | 第20-21页 |
| 2.3.2 叶绿体基因组的基本特征 | 第21-27页 |
| 2.3.3 叶绿体基因组比较分析 | 第27-38页 |
| 2.3.4 重复序列分析 | 第38-46页 |
| 2.3.5 叶绿体基因组氨基酸与密码子使用情况 | 第46-59页 |
| 2.3.6 叶绿体基因组共线性比对及IR/LSC边界分析 | 第59-62页 |
| 2.4 讨论 | 第62-65页 |
| 2.4.1 羌活属植物叶绿体基因组特征和序列差异 | 第62页 |
| 2.4.2 羌活属植物AT含量和密码子使用情况的关系 | 第62-63页 |
| 2.4.3 基因选择压力分析 | 第63-65页 |
| 第3章 羌活属物种分化和物种界定 | 第65-86页 |
| 3.1 材料 | 第65-68页 |
| 3.1.1 样品采集和DNA提取 | 第65-68页 |
| 3.2 方法 | 第68-70页 |
| 3.2.1 序列进化关系分析 | 第68页 |
| 3.2.2 系统发育关系和物种界定分析 | 第68-70页 |
| 3.2.3 估算物种分化时间 | 第70页 |
| 3.3 结果 | 第70-82页 |
| 3.3.1 序列变异 | 第70-73页 |
| 3.3.2 羌活属种间关系 | 第73页 |
| 3.3.3 物种界定 | 第73-74页 |
| 3.3.4 估算分化时间 | 第74-82页 |
| 3.4 讨论 | 第82-86页 |
| 3.4.1 分子标记的鉴别能力 | 第82-83页 |
| 3.4.2 羌活属物种界定 | 第83-85页 |
| 3.4.3 物种分化 | 第85-86页 |
| 结论与展望 | 第86-88页 |
| 参考文献 | 第88-100页 |
| 附录 | 第100-110页 |
| 攻读硕士学位期间取得的科研成果 | 第110-112页 |
| 致谢 | 第112-114页 |
