| 中文摘要 | 第4-6页 |
| abstract | 第6-7页 |
| 第1章 引言 | 第10-21页 |
| 1.1 酶的概述 | 第10-15页 |
| 1.1.1 酶的定义、特性及分类 | 第10-12页 |
| 1.1.2 酶的催化机制 | 第12-15页 |
| 1.2 CoA转移酶家族简介 | 第15-20页 |
| 1.2.1 CoA转移酶家族简介 | 第15-16页 |
| 1.2.2 CoA转移酶催化机制 | 第16-20页 |
| 1.3 研究的目的及内容 | 第20-21页 |
| 第2章 理论基础与计算方法 | 第21-35页 |
| 2.1 引言 | 第21-22页 |
| 2.2 量子化学简介 | 第22-28页 |
| 2.2.1 分子力场 | 第24-27页 |
| 2.2.2 能量最小化 | 第27-28页 |
| 2.3 分子动力学简介 | 第28-31页 |
| 2.4 量子力学/分子力学联用方法 | 第31-35页 |
| 2.4.1 QM/MM能量处理方法 | 第31-32页 |
| 2.4.2 边界相互作用的处理方法 | 第32-34页 |
| 2.4.3 边界处理方案简介 | 第34-35页 |
| 第3章 醋酸CoA转移酶催化机制的QM/MM研究 | 第35-53页 |
| 3.1 引言 | 第35-36页 |
| 3.2 计算方法及模型构建 | 第36-39页 |
| 3.2.1 初始模型的构建 | 第36-37页 |
| 3.2.2 分子动力学模拟 | 第37-38页 |
| 3.2.3 QM/MM计算 | 第38-39页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第39-51页 |
| 3.3.1 AarC/CoA复合物和N347A/CoA复合物的动力学模拟 | 第39-43页 |
| 3.3.2 QM/MM计算 | 第43页 |
| 3.3.3 AarC催化机制 | 第43-48页 |
| 3.3.4 突变体N347A催化机制 | 第48-50页 |
| 3.3.5 残基静电相互作用分析 | 第50-51页 |
| 3.4 本章小结 | 第51-53页 |
| 参考文献 | 第53-60页 |
| 个人简介及攻读学位期间发表论文 | 第60-61页 |
| 致谢 | 第61页 |