致谢 | 第4-8页 |
摘要 | 第8-10页 |
第一章 文献综述 | 第10-17页 |
1.1 花生概括 | 第10页 |
1.2 花生油脂代谢机制研究 | 第10-11页 |
1.3 二酰甘油酰基转移酶(DGAT)研究现状 | 第11-12页 |
1.4 基因组测序现状 | 第12-13页 |
1.5 cDNA文库的概述 | 第13页 |
1.6 新一代测序技术 | 第13-15页 |
1.6.1 测序技术的发展 | 第13-14页 |
1.6.2 新一代测序技术应用 | 第14页 |
1.6.3 转录组测序及表达分析 | 第14-15页 |
1.6.4 数字基因表达谱 | 第15页 |
1.7 本研究的目的和意义 | 第15-17页 |
第二章 花生种子不同发育时期的转录组测序及表达谱分析 | 第17-35页 |
2.1 材料与方法 | 第17-22页 |
2.1.1 材料 | 第17页 |
2.1.2 方法 | 第17-22页 |
2.1.2.1 花生总RNA的提取 | 第17-18页 |
2.1.2.2 提取花生种子总RNA的质量检测 | 第18页 |
2.1.2.3 花生高、低油份形成关键时期测序文库构建及检测 | 第18页 |
2.1.2.4 Solexa高通量测序和组装 | 第18页 |
2.1.2.5 Unigene功能注释 | 第18-19页 |
2.1.2.6 Unigene的GO分类 | 第19页 |
2.1.2.7 Unigene代谢通路分析 | 第19页 |
2.1.2.8 Unigene表达量注释 | 第19-20页 |
2.1.2.9 差异表达基因的筛选 | 第20-21页 |
2.1.2.10 差异表达基因的GO分析 | 第21页 |
2.1.2.11 差异表达基因的KEGG Pathway分析 | 第21-22页 |
2.2 结果与分析 | 第22-34页 |
2.2.1 提取花生种子总RNA的质量检测分析 | 第22页 |
2.2.2 转录组测序以及产量统计 | 第22-23页 |
2.2.3 转录组测序数据的组装和统计 | 第23-24页 |
2.2.4 花生种子转录组Unigene功能注释 | 第24页 |
2.2.5 Unigene的蛋白相邻类的聚簇分析 | 第24-26页 |
2.2.6 Unigene的基因功能分类分析 | 第26-28页 |
2.2.7 Unigene在细胞活动和生物体行为中的解析 | 第28-30页 |
2.2.8 花生种子油脂合成初期与高峰期表达谱数据库的比对分析 | 第30-34页 |
2.2.8.1 表达谱差异比较 | 第30-31页 |
2.2.8.2 KEGG数据库代谢通路 | 第31-34页 |
2.3 讨论 | 第34-35页 |
第三章 DGAT基因的序列分析及表达研究 | 第35-47页 |
3.1 材料与方法 | 第35-38页 |
3.1.1 材料 | 第35页 |
3.1.2 方法 | 第35-38页 |
3.1.2.1 花生二酰甘油酰基转移酶(DGAT)基因的获得 | 第35-36页 |
3.1.2.2 生物信息学分析 | 第36页 |
3.1.2.3 总RNA的提取 | 第36页 |
3.1.2.4 引物设计与合成 | 第36-37页 |
3.1.2.5 反转录合成cDNA | 第37页 |
3.1.2.6 花生二酰甘油酰基转移酶(DGAT)基因在种子不同发育时期的实时荧光定量PCR | 第37-38页 |
3.2 结果与分析 | 第38-46页 |
3.2.1 二酰甘油酰基转移酶(DGAT)序列的获得 | 第38-39页 |
3.2.2 对花生二酰甘油酰基转移酶(DGAT)进行生物信息学分析 | 第39-44页 |
3.2.2.1 二酰甘油酰基转移酶(DGAT)序列分析 | 第39-41页 |
3.2.2.2 花生二酰甘油酰基转移酶(DGAT)蛋白序列分析 | 第41-43页 |
3.2.2.3 二酰甘油酰基转移酶(DGAT)基因系统进化树构建 | 第43-44页 |
3.2.3 花生DGAT基因在种子发育过程中的表达分析 | 第44-46页 |
3.2.3.1 总RNA的提取 | 第44-45页 |
3.2.3.2 花生二酰甘油酰基转移酶(DGAT)基因在种子不同发育时期的实时荧光定量PCR | 第45-46页 |
3.3 讨论 | 第46-47页 |
第四章 结论 | 第47-49页 |
主要参考文献 | 第49-52页 |
ABSTRACT | 第52-53页 |