| 中文摘要 | 第3-5页 |
| 英文摘要 | 第5-6页 |
| 1 绪论 | 第9-16页 |
| 1.1 前言 | 第9-11页 |
| 1.2 蛋白质的基本组成单位 | 第11-12页 |
| 1.3 蛋白质的构象空间理论 | 第12页 |
| 1.4 粘着连接（adherens junctions）和alpha-连环蛋白简介 | 第12-16页 |
| 1.4.1 粘着连接（AJS） | 第12-14页 |
| 1.4.2 alpha--连环蛋白简介 | 第14-16页 |
| 2 分子动力学模拟 | 第16-35页 |
| 2.1 分子动力学的基本原理 | 第18-21页 |
| 2.1.1 力场参数 | 第18-19页 |
| 2.1.2 系统静电的计算 | 第19-20页 |
| 2.1.3 数值积分 | 第20-21页 |
| 2.2 NAMD(nonascale molecular dynamics)简介 | 第21-33页 |
| 2.2.1 NAMD的发展及其应用 | 第21-23页 |
| 2.2.2 NAMD对蛋白质的模拟 | 第23-29页 |
| 2.2.3 蛋白质模拟体系的建立以及能量最小化和能量平衡 | 第29-30页 |
| 2.2.4 RMSD(root mean square of deviation)值分析 | 第30-31页 |
| 2.2.5 受控分子动力学模拟（SMD） | 第31-33页 |
| 2.3 VMD（visual molecular dynamics）简介 | 第33-35页 |
| 3 alpha-连环蛋白的计算机模拟 | 第35-58页 |
| 3.1 前言 | 第35-36页 |
| 3.2 用SMD（steered molecular dynamics）模拟alpha-连环蛋白 | 第36-55页 |
| 3.2.1 alpha-连环蛋白的结构 | 第36-39页 |
| 3.2.2 实验方法 | 第39-40页 |
| 3.2.3 alpha-连环蛋白模拟体系的构建 | 第40-41页 |
| 3.2.4 alpha-连环蛋白模拟体系的RMSD值分析 | 第41-43页 |
| 3.2.5 用SMD恒速拉伸的方法模拟alpha-连环蛋白 | 第43-55页 |
| 3.3 讨论 | 第55-58页 |
| 4 总结 | 第58-59页 |
| 致谢 | 第59-60页 |
| 参考文献 | 第60-63页 |
| 附录 | 第63-64页 |
