| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第一章 绪论 | 第11-27页 |
| 1.1 真菌基因组研究进展 | 第11-19页 |
| 1.1.1 真菌概述 | 第11-12页 |
| 1.1.2 基因组学和真菌基因组学研究进展 | 第12-13页 |
| 1.1.3 大型真菌概述 | 第13-17页 |
| 1.1.4 真菌基因组项目 | 第17-19页 |
| 1.2 测序技术的发展 | 第19-27页 |
| 1.2.1 第一代测序技术 | 第19-20页 |
| 1.2.1.1 双脱氧法(Sanger)测序 | 第19页 |
| 1.2.1.2 焦磷酸测序技术 | 第19-20页 |
| 1.2.2 第二代测序技术 | 第20-24页 |
| 1.2.2.1 第二代测序技术概述 | 第20页 |
| 1.2.2.2 Illumina公司的Solexa测序法 | 第20-21页 |
| 1.2.2.3454 测序法 | 第21-22页 |
| 1.2.2.3 Solid测序法 | 第22-24页 |
| 1.2.3 第三代测序技术 | 第24-27页 |
| 1.2.3.1 第三代测序技术概述 | 第24页 |
| 1.2.3.2 SMRT测序技术 | 第24-25页 |
| 1.2.3.3 纳米单分子测序技术 | 第25页 |
| 1.2.3.4 IonTorrent测序技术 | 第25-27页 |
| 第二章 材料与方法 | 第27-47页 |
| 2.1 采样和鉴定 | 第27页 |
| 2.2 DNA提取 | 第27-28页 |
| 2.3 建库 | 第28-30页 |
| 2.4 测序 | 第30页 |
| 2.5 测序结果处理 | 第30-31页 |
| 2.6 基因组组装 | 第31-34页 |
| 2.6.1 基因组组装 | 第31-33页 |
| 2.6.1.1 基因组组装的常见问题 | 第31页 |
| 2.6.1.2 基因组组装 | 第31-33页 |
| 2.6.2 基因组组装结果评估 | 第33-34页 |
| 2.7 基因组注释 | 第34-40页 |
| 2.7.1 重复序列注释 | 第34-37页 |
| 2.7.1.1 从头预测查找重复序列 | 第34-36页 |
| 2.7.1.2 基于已知重复序列推断基因组中的重复序列 | 第36页 |
| 2.7.1.3 查找串联重复序列 | 第36-37页 |
| 2.7.2 编码蛋白质的基因注释 | 第37-38页 |
| 2.7.2.1 denovo从头预测编码蛋白质的基因 | 第37页 |
| 2.7.2.2 基于已知的蛋白质进行编码蛋白质的基因预测 | 第37-38页 |
| 2.7.3 基因功能注释 | 第38-39页 |
| 2.7.4 Non-codingRNA注释 | 第39-40页 |
| 2.7.4.1 非编码RNA简介 | 第39-40页 |
| 2.7.4.2 tRNA基因注释 | 第40页 |
| 2.7.4.3 rRNA基因注释 | 第40页 |
| 2.7.4.4 miRNA和nRNA的基因预测 | 第40页 |
| 2.8 进化分析 | 第40-45页 |
| 2.8.1 基因家族聚类 | 第41-43页 |
| 2.8.1.1 聚类的基本原理 | 第41-43页 |
| 2.8.1.2 基因家族聚类分析 | 第43页 |
| 2.8.2 系统发育树的构建 | 第43-44页 |
| 2.8.3 分歧时间计算 | 第44-45页 |
| 2.9 比较基因组学分析 | 第45-47页 |
| 2.9.1 CAZymes鉴定 | 第45-46页 |
| 2.9.2 Microsatellites分析 | 第46-47页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第47-73页 |
| 3.1 测序数据预处理结果统计 | 第47-49页 |
| 3.2 基因组组装和评估结果 | 第49-53页 |
| 3.3 基因组注释结果 | 第53-55页 |
| 3.4 进化分析结果 | 第55-66页 |
| 3.4.1 基因家族聚类结果 | 第55-58页 |
| 3.4.2 构建系统发育树和计算分歧时间 | 第58-66页 |
| 3.5 比较基因组学分析结果 | 第66-73页 |
| 3.5.1 CAZymes比对结果 | 第66-68页 |
| 3.5.2 Microsatellite分析结果 | 第68-73页 |
| 第四章 结论与展望 | 第73-74页 |
| 致谢 | 第74-75页 |
| 参考文献 | 第75-83页 |
| 附录A | 第83-85页 |
| 附录B | 第85-88页 |
| 附录C | 第88-91页 |
| 附录D | 第91-93页 |
| 附录E | 第93-94页 |
| 附录F | 第94-96页 |
