| 摘要 | 第7-8页 |
| Abstract | 第8页 |
| 第一章 引言 | 第9-11页 |
| 文献综述 | 第11-21页 |
| 1.1 测序技术 | 第11-12页 |
| 1.1.1 Sanger法与化学裂解法 | 第11页 |
| 1.1.2 新一代测序技术 | 第11-12页 |
| 1.2 基因组研究进展 | 第12-15页 |
| 1.2.1 基因组及基因组学 | 第12-13页 |
| 1.2.2 全基因组测序的意义 | 第13-14页 |
| 1.2.3 真菌基因组测序研究进展 | 第14-15页 |
| 1.3 分子标记 | 第15-19页 |
| 1.3.1 第一代分子标记技术 | 第15-17页 |
| 1.3.2 第二代分子标记技术 | 第17-18页 |
| 1.3.3 第三代分子标记 | 第18-19页 |
| 1.3.4 分子标记在食用菌中的研究应用 | 第19页 |
| 1.4 遗传连锁图 | 第19-21页 |
| 第二章 草菇基因组DNA的提取及验证 | 第21-30页 |
| 2.1 实验材料 | 第21-22页 |
| 2.1.1 供试菌株 | 第21页 |
| 2.1.2 生化试剂及溶液 | 第21页 |
| 2.1.3 PDA培养基 | 第21-22页 |
| 2.1.4 主要仪器设备 | 第22页 |
| 2.2 实验方法 | 第22-25页 |
| 2.2.1 菌丝培养及收集 | 第22页 |
| 2.2.2 DNA提取方法 | 第22-23页 |
| 2.2.3 DNA质量检测 | 第23-25页 |
| 2.3 结果与分析 | 第25-29页 |
| 2.3.1 DNA浓度与纯度检测 | 第25-26页 |
| 2.3.2 完整性检测 | 第26-28页 |
| 2.3.3 细菌16SrDNA序列验证 | 第28页 |
| 2.3.4 草菇核DNA保守ITS序列验证 | 第28-29页 |
| 2.4 讨论 | 第29-30页 |
| 第三章 草菇基因组测序及序列分析 | 第30-43页 |
| 3.1 实验材料 | 第30页 |
| 3.2 实验方法 | 第30-34页 |
| 3.2.1 测序方法 | 第30-31页 |
| 3.2.2 denovo sequencing结果分析方法 | 第31-33页 |
| 3.2.3 re-sequencing结果分析方法 | 第33-34页 |
| 3.3 结果与分析 | 第34-42页 |
| 3.3.1 PYd21基因组序列框架分析 | 第34-35页 |
| 3.3.2 编码基因预测 | 第35-36页 |
| 3.3.3 重复序列注释和分析 | 第36-38页 |
| 3.3.4 Non-coding RNA | 第38页 |
| 3.3.5 基因功能注释 | 第38-41页 |
| 3.3.6 PYd15重测序结果分析 | 第41-42页 |
| 3.4 讨论 | 第42-43页 |
| 第四章 构建作图群体和开发SV标记 | 第43-48页 |
| 4.1 实验材料 | 第43-44页 |
| 4.1.1 菌株 | 第43页 |
| 4.1.2 SV标记开发序列 | 第43页 |
| 4.1.3 试剂及仪器设备 | 第43-44页 |
| 4.2 实验方法 | 第44-45页 |
| 4.2.1 出菇 | 第44页 |
| 4.2.2 收集单孢 | 第44页 |
| 4.2.3 作图群体的获得 | 第44页 |
| 4.2.4 作图群体的验证 | 第44页 |
| 4.2.5 SV标记开发 | 第44-45页 |
| 4.3 结果与分析 | 第45-47页 |
| 4.3.1 单孢菌株群体的形态观察 | 第45页 |
| 4.3.2 单孢菌株验证 | 第45-46页 |
| 4.3.3 SV标记开发结果 | 第46-47页 |
| 4.4 讨论 | 第47-48页 |
| 第五章 遗传连锁图的构建 | 第48-58页 |
| 5.1 作图群体检测及统计 | 第48-52页 |
| 5.1.1 作图群体检测 | 第48-52页 |
| 5.1.2 检测结果统计 | 第52页 |
| 5.2 遗传连锁图的构建 | 第52-54页 |
| 5.2.1 作图方法 | 第52页 |
| 5.2.2 结果与分析 | 第52-54页 |
| 5.3 草菇全基因组序列的scaffold组装 | 第54-56页 |
| 5.4 讨论 | 第56-58页 |
| 参考文献 | 第58-62页 |
| 附录 | 第62-81页 |
| 附录一 | 第62-70页 |
| 附录二 | 第70-77页 |
| 附录三 | 第77-81页 |
| 致谢 | 第81页 |