| 摘要 | 第5-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 常用缩略词表 | 第11-12页 |
| 目录 | 第12-14页 |
| 第1章 研究背景 | 第14-32页 |
| 1.1 对虾白斑综合症病毒研究概况 | 第14-16页 |
| 1.1.1 WSSV的危害、形态结构及组织病理学特点 | 第14页 |
| 1.1.2 WSSV的宿主范围及可能的传播途径 | 第14-15页 |
| 1.1.3 WSSV基因组结构特征 | 第15页 |
| 1.1.4 WSSV感染不同时程基因表达研究 | 第15-16页 |
| 1.2 对虾免疫防御机制研究进展 | 第16-22页 |
| 1.2.1 物理防御 | 第16-17页 |
| 1.2.2 细胞免疫 | 第17-18页 |
| 1.2.3 体液免疫 | 第18-22页 |
| 1.2.4 对虾抗病毒免疫研究存在问题 | 第22页 |
| 1.3 转录组学研究方法及测序技术发展与应用 | 第22-29页 |
| 1.3.1 转录组学研究的基本方法 | 第23-25页 |
| 1.3.2 Illumina/Solexa测序技术应用研究进展 | 第25-27页 |
| 1.3.3 对虾转录组研究现状 | 第27-29页 |
| 1.4 本课题研究的目的和意义 | 第29-31页 |
| 1.5 本研究技术路线 | 第31-32页 |
| 第2章 凡纳滨对虾血淋巴转录组测序 | 第32-43页 |
| 2.1 引言 | 第32页 |
| 2.2 材料与方法 | 第32-39页 |
| 2.2.1 实验材料 | 第32页 |
| 2.2.2 主要试剂 | 第32-33页 |
| 2.2.3 主要仪器 | 第33页 |
| 2.2.4 实验方法 | 第33-38页 |
| 2.2.5 文库测序 | 第38页 |
| 2.2.6 测序数据处理及分析 | 第38-39页 |
| 2.3 结果 | 第39-40页 |
| 2.3.1 RNA样品的制备及质量评价 | 第39页 |
| 2.3.2 测序产量统计及质量评价 | 第39-40页 |
| 2.3.3 De novo序列组装结果 | 第40页 |
| 2.3.4 组装序列质量评价 | 第40页 |
| 2.4 讨论 | 第40-42页 |
| 2.5 本章小结 | 第42-43页 |
| 第3章 unigenes功能注释及代谢通路分析 | 第43-51页 |
| 3.1 引言 | 第43页 |
| 3.2 分析方法 | 第43页 |
| 3.3 分析结果 | 第43-48页 |
| 3.3.1 数据库比对结果 | 第43-44页 |
| 3.3.2 GO功能分类 | 第44-45页 |
| 3.3.3 COG功能分类 | 第45页 |
| 3.3.4 KEGG代谢通路分析 | 第45-46页 |
| 3.3.5 蛋白编码框预测 | 第46-47页 |
| 3.3.6 凡纳滨对虾抗病毒免疫相关基因分析 | 第47-48页 |
| 3.4 讨论 | 第48-49页 |
| 3.5 本章小结 | 第49-51页 |
| 第4章 WSSV感染不同时期的数字基因表达谱分析 | 第51-62页 |
| 4.1 引言 | 第51页 |
| 4.2 材料与方法 | 第51页 |
| 4.3 测序文库构建及Illumina测序 | 第51页 |
| 4.4 测序结果分析方法 | 第51-53页 |
| 4.4.1 Tags的去冗余与比对分析 | 第51-52页 |
| 4.4.2 差异表达基因的鉴定 | 第52页 |
| 4.4.3 差异表达基因的qPCR验证 | 第52-53页 |
| 4.5 结果 | 第53-59页 |
| 4.5.1 DGE测序评估 | 第53-56页 |
| 4.5.2 差异表达基因筛选 | 第56页 |
| 4.5.3 差异表达基因的功能注释 | 第56-58页 |
| 4.5.4 DGE分析的实验验证 | 第58-59页 |
| 4.6 讨论 | 第59-60页 |
| 4.7 本章小结 | 第60-62页 |
| 第5章 胰凝乳样丝氨酸蛋白酶在WSSV侵染过程中的作用研究 | 第62-76页 |
| 5.1 引言 | 第62页 |
| 5.2 材料与方法 | 第62-67页 |
| 5.2.1 实验材料 | 第62页 |
| 5.2.2 主要试剂和仪器 | 第62页 |
| 5.2.3 实验设计 | 第62-63页 |
| 5.2.4 WSSV的检测及粗提液的制备 | 第63页 |
| 5.2.5 WSSV的定量 | 第63页 |
| 5.2.6 RNA提取及cDNA合成 | 第63页 |
| 5.2.7 免疫相关基因的表达分析 | 第63-64页 |
| 5.2.8 胰凝乳样丝氨酸蛋白酶(CH-SPase)在注射感染WSSV时其表达模式分析 | 第64页 |
| 5.2.9 CH-SPase基因的沉默表达对感染WSSV的对虾死亡率及病毒增殖的影响 | 第64-67页 |
| 5.3 结果 | 第67-74页 |
| 5.3.1 WSSV定量标准曲线的建立 | 第67-68页 |
| 5.3.2 自然感染WSSV的对虾血淋巴中18个免疫相关基因的表达模式分析 | 第68-69页 |
| 5.3.3 CH-SPase在WSSV感染进程中的表达模式分析 | 第69页 |
| 5.3.4 dsRNA的体外合成及检测 | 第69页 |
| 5.3.5 CH-SPase dsRNA干扰效率的确定 | 第69-71页 |
| 5.3.6 CH-SPase基因的沉默对感染WSSV的对虾死亡率的影响 | 第71-72页 |
| 5.3.7 CH-SPase基因的沉默对感染WSSV的对虾体内病毒增殖的影响 | 第72-74页 |
| 5.4 讨论 | 第74-75页 |
| 5.5 本章小结 | 第75-76页 |
| 主要的结果结论与创新点 | 第76-77页 |
| 参考文献 | 第77-90页 |
| 附录 | 第90-98页 |
| 在学期间所取得的科研成果 | 第98-99页 |
| 致谢 | 第99页 |
