| 缩略词表 | 第6-8页 |
| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-11页 |
| 1 绪论 | 第12-26页 |
| 1.1 蛋白质相互作用文献挖掘及注释研究 | 第12-13页 |
| 1.2 基于机器学习的PPI挖掘方法构建流程 | 第13-14页 |
| 1.3 PPI挖掘的核心问题 | 第14-19页 |
| 1.3.1 分类器选择 | 第14-16页 |
| 1.3.2 特征选取 | 第16-19页 |
| 1.4 评估语料、指标及评测会议 | 第19-21页 |
| 1.4.1 评估语料 | 第19-20页 |
| 1.4.2 评估指标 | 第20页 |
| 1.4.3 评测会议 | 第20-21页 |
| 1.5 PPI挖掘支撑工具及系统 | 第21-24页 |
| 1.5.1 PPI挖掘支撑工具 | 第21-23页 |
| 1.5.2 PPI挖掘系统 | 第23-24页 |
| 1.6 存在问题及研究方向 | 第24-25页 |
| 1.7 论文结构 | 第25-26页 |
| 2 蛋白质相互作用挖掘方法研究 | 第26-35页 |
| 2.1 概述 | 第26-27页 |
| 2.2 材料与方法 | 第27-31页 |
| 2.2.1 语料集及其预处理 | 第27-28页 |
| 2.2.2 支持向量机 | 第28-29页 |
| 2.2.3 学习特征选取 | 第29-31页 |
| 2.2.4 模型训练及测试 | 第31页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第31-34页 |
| 2.3.1 SVM方法评估 | 第31-33页 |
| 2.3.2 SVM方法比较 | 第33-34页 |
| 2.4 本章小结 | 第34-35页 |
| 3 蛋白质相互作用注释体系构建 | 第35-52页 |
| 3.1 概述 | 第35-37页 |
| 3.2 材料与方法 | 第37-42页 |
| 3.2.1 蛋白质相互作用本体设计 | 第37-39页 |
| 3.2.2 生物医学领域相关本体资源 | 第39-40页 |
| 3.2.3 蛋白质相互作用本体构建 | 第40-42页 |
| 3.2.4 蛋白质相互作用本体评估 | 第42页 |
| 3.3 结果 | 第42-50页 |
| 3.3.1 蛋白质相互作用本体组成及词汇统计 | 第42-44页 |
| 3.3.2 蛋白质相互作用类型本体 | 第44-47页 |
| 3.3.3 蛋白质相互作用本体展示系统 | 第47页 |
| 3.3.4 蛋白质相互作用本体与PSI-MI比较 | 第47-48页 |
| 3.3.5 蛋白质相互作用本体评估及应用 | 第48-50页 |
| 3.4 讨论 | 第50-51页 |
| 3.5 本章小结 | 第51-52页 |
| 4 蛋白质相互作用挖掘平台研发 | 第52-67页 |
| 4.1 概述 | 第52页 |
| 4.2 材料与方法 | 第52-57页 |
| 4.2.1 系统架构设计 | 第52-54页 |
| 4.2.2 数据处理流程 | 第54-55页 |
| 4.2.3 关键技术方法 | 第55-57页 |
| 4.2.4 系统开发及运行环境 | 第57页 |
| 4.3 结果 | 第57-64页 |
| 4.3.1 PPICurator系统功能 | 第57-63页 |
| 4.3.2 PPICurator与其他挖掘系统比较 | 第63-64页 |
| 4.4 讨论 | 第64页 |
| 4.5 本章小结 | 第64-67页 |
| 5 蛋白质相互作用数据库设计与实现 | 第67-77页 |
| 5.1 概述 | 第67-68页 |
| 5.2 材料与方法 | 第68-70页 |
| 5.2.1 数据库结构设计及本体框架 | 第68-69页 |
| 5.2.2 数据集及数据处理 | 第69-70页 |
| 5.2.3 系统开发及运行环境 | 第70页 |
| 5.3 结果 | 第70-74页 |
| 5.3.1 数据统计 | 第70-71页 |
| 5.3.2 数据库结构 | 第71-72页 |
| 5.3.3 系统功能 | 第72-74页 |
| 5.4 讨论 | 第74-75页 |
| 5.5 本章小结 | 第75-77页 |
| 6 总结与展望 | 第77-80页 |
| 6.1 研究总结 | 第77-78页 |
| 6.2 研究展望 | 第78-80页 |
| 参考文献 | 第80-89页 |
| 附录A 相互作用词汇表 | 第89-92页 |
| 附录B PubMed文献数据格式（XML） | 第92-94页 |
| 致谢 | 第94-95页 |
| 个人简历 | 第95-96页 |