| 缩略词表 | 第6-7页 |
| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 第一章 前言 | 第11-22页 |
| 1. 研究背景 | 第11页 |
| 2. 国内外研究现状、立题依据及拟解决的科学问题 | 第11-19页 |
| 2.1. 国内外研究现状 | 第11-18页 |
| 2.1.1. 泛素化修饰位点预测工具 | 第12-14页 |
| 2.1.2. 泛素化修饰位点相关数据库 | 第14-17页 |
| 2.1.3. 泛素化修饰位点的进化分析 | 第17-18页 |
| 2.2. 立题依据及拟解决的科学问题 | 第18-19页 |
| 3. 研究思路及研究方法 | 第19-21页 |
| 3.1. 建立高效的泛素化修饰位点预测模型 | 第19-20页 |
| 3.2. 构建现阶段最完整的人类泛素化修饰位点数据库 | 第20页 |
| 3.3. 开发泛素化修饰位点在线展示系统UbiSiteXplorer | 第20-21页 |
| 3.4. 系统分析泛素化修饰位点进化事件 | 第21页 |
| 4. 研究的创新性、理论意义及实用价值 | 第21-22页 |
| 第二章 泛素化修饰位点预测模型的构建 | 第22-53页 |
| 1. 概述 | 第22页 |
| 2. 材料和方法 | 第22-34页 |
| 2.1. 预测流程 | 第22-24页 |
| 2.2. 建立金标准数据集 | 第24-25页 |
| 2.3. 提取生物学特征 | 第25-32页 |
| 2.3.1. 蛋白质固有无序性 | 第25-27页 |
| 2.3.2. 蛋白质二级结构 | 第27-28页 |
| 2.3.3. 氨基酸理化性质 | 第28-29页 |
| 2.3.4. 位置特异打分矩阵 | 第29-30页 |
| 2.3.5. 距离为k的氨基酸对构成 | 第30页 |
| 2.3.6. 蛋白质序列相似性 | 第30-32页 |
| 2.4. mRMR特征选择方法 | 第32-33页 |
| 2.5. 支持向量机 | 第33页 |
| 2.6. 逻辑回归 | 第33页 |
| 2.7. ROC曲线 | 第33-34页 |
| 2.8. 五倍交叉验证及独立测试集验证 | 第34页 |
| 3. 结果与讨论 | 第34-51页 |
| 3.1. 蛋白质属性特征的性质分析和预测效果评估 | 第34-40页 |
| 3.1.1. 蛋白质固有无序性 | 第34-36页 |
| 3.1.2. 蛋白质二级结构 | 第36-37页 |
| 3.1.3. 氨基酸理化性质 | 第37-38页 |
| 3.1.4. 位置特异打分矩阵 | 第38-39页 |
| 3.1.5. 距离为k的氨基酸对构成 | 第39-40页 |
| 3.2. 蛋白质序列相似性的处理及预测效果评估 | 第40-49页 |
| 3.2.1. 训练位点权重 | 第40-42页 |
| 3.2.2. 突变打分矩阵 | 第42-44页 |
| 3.2.3. 优化序列相似性特征处理方法 | 第44-49页 |
| 3.2.4. 评估预测效果 | 第49页 |
| 3.3. 整合各特征建立预测模型并评估效果 | 第49-51页 |
| 3.3.1. 采用逻辑回归方法整合预测模型 | 第49-50页 |
| 3.3.2. 交叉验证与独立测试集验证 | 第50-51页 |
| 3.3.3. 与其它模型预测效果对比 | 第51页 |
| 4. 本章小结 | 第51-53页 |
| 第三章 泛素化修饰位点在线展示系统UbiSiteXplorer的开发 | 第53-63页 |
| 1. 概述 | 第53页 |
| 2. UbiSiteXplorer总体框架设计 | 第53-54页 |
| 3. UbiSiteXplorer功能实现及使用方法 | 第54-62页 |
| 3.1. 建立泛素化修饰位点数据库 | 第54页 |
| 3.2. 整合后台预测程序 | 第54-56页 |
| 3.2.1. 预处理用户提交数据 | 第55页 |
| 3.2.2. 计算生物学特征 | 第55页 |
| 3.2.3. 调用SVM+LR模型组合进行预测打分 | 第55-56页 |
| 3.3. 搭建前台框架 | 第56-62页 |
| 3.3.1. 数据库检索功能 | 第56-57页 |
| 3.3.2. 位点预测功能 | 第57-59页 |
| 3.3.3. 结果展示功能 | 第59-61页 |
| 3.3.4. 其它支持信息 | 第61-62页 |
| 4. 本章小结 | 第62-63页 |
| 第四章 泛素化修饰位点适应性进化的分析 | 第63-76页 |
| 1. 概述 | 第63-64页 |
| 2. 材料和方法 | 第64-67页 |
| 2.1. 实验设计 | 第64-65页 |
| 2.2. 数据集搜集和预处理 | 第65页 |
| 2.3. 计算湐松距离（Poisson distance） | 第65-66页 |
| 2.4. 比较泛素化修饰位点与邻近对照位点 | 第66页 |
| 2.5. 计算相对湐松距离（relative Poisson distance） | 第66-67页 |
| 2.6. 比较不同分组内的泛素化修饰位点 | 第67页 |
| 2.7. 蛋白组织表达特异性（TSPS） | 第67页 |
| 3. 结果与讨论 | 第67-75页 |
| 3.1. 泛素化修饰位点的进化保守性 | 第67-69页 |
| 3.2. 影响泛素化修饰位点进化保守性的功能约束 | 第69-73页 |
| 3.2.1. KEGG | 第69-71页 |
| 3.2.2. GO | 第71-72页 |
| 3.2.3. 蛋白组织表达特异性 | 第72-73页 |
| 3.2.4. 蛋白质网络连接度 | 第73页 |
| 3.3. 不同进化时期新增泛素化修饰位点及其功能分布 | 第73-75页 |
| 4 本章小结 | 第75-76页 |
| 第五章 总结与展望 | 第76-79页 |
| 参考文献 | 第79-85页 |
| 附录 | 第85-89页 |
| 代表性论著 | 第89-90页 |
| 致谢 | 第90-92页 |
| 个人简历 | 第92-93页 |
