| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-32页 |
| 1.1 miRNA鉴定方法 | 第15-20页 |
| 1.1.1 基因芯片鉴定miRNA | 第16-17页 |
| 1.1.2 Northern印迹杂交检测miRNA | 第17页 |
| 1.1.3 原位杂交检测miRNA | 第17-18页 |
| 1.1.4 高通量测序检测miRNA | 第18-19页 |
| 1.1.5 实时荧光定量PCR检测miRNA | 第19-20页 |
| 1.2 miRNA基因的起源与进化 | 第20-22页 |
| 1.2.1 基因复制 | 第20页 |
| 1.2.2 内含子起源 | 第20-21页 |
| 1.2.3 假基因、snoRNA和tRNA起源 | 第21页 |
| 1.2.4 转座子起源 | 第21页 |
| 1.2.5 反义miRNA转录本起源 | 第21-22页 |
| 1.2.6 De novo miRNA起源 | 第22页 |
| 1.3 miRNA靶基因预测与实验验证 | 第22-26页 |
| 1.3.1 生物信息预测miRNA靶基因 | 第23-24页 |
| 1.3.2 体外UTR实验验证靶基因 | 第24页 |
| 1.3.3 转录组和蛋白质组测序验证靶基因 | 第24-25页 |
| 1.3.4 生物化学实验验证靶基因 | 第25-26页 |
| 1.4 miRNA功能研究方法 | 第26-27页 |
| 1.4.1 体外实验研究miRNA调控 | 第26-27页 |
| 1.4.2 体内实验研究miRNA调控 | 第27页 |
| 1.4.3 体内miRNA模拟实验 | 第27页 |
| 1.5 MicroRNA的生物学功能 | 第27-30页 |
| 1.5.1 miRNAs和神经系统调控 | 第28页 |
| 1.5.2 miRNAs与细胞分化和发育 | 第28-29页 |
| 1.5.3 miRNAs与病毒感染 | 第29页 |
| 1.5.4 miRNAs与免疫 | 第29-30页 |
| 1.5.5 miRNAs与血管生成 | 第30页 |
| 1.6 本研究的目的意义 | 第30-32页 |
| 第二章 鮸鱼sRNA转录组测序与miRNA鉴定 | 第32-56页 |
| 2.1 材料与方法 | 第32-37页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第32页 |
| 2.1.2 感染处理过程及样本采集 | 第32页 |
| 2.1.3 小分子RNA文库构建及测序分析 | 第32-34页 |
| 2.1.4 测序结果生物信息学分析 | 第34-37页 |
| 2.2 结果 | 第37-54页 |
| 2.2.1 Illumina测序结果概述 | 第37-40页 |
| 2.2.2 sRNA分类注释 | 第40页 |
| 2.2.3 保守miRNA鉴定分析 | 第40-42页 |
| 2.2.4 novel miRNA鉴定 | 第42-51页 |
| 2.2.5 miRNA基因家族进化 | 第51-52页 |
| 2.2.6 起源于反义转录本novel miRNA | 第52-54页 |
| 2.3 讨论 | 第54-55页 |
| 2.4 小结 | 第55-56页 |
| 第三章 差异表达miRNA筛选与功能分析 | 第56-65页 |
| 3.1 材料和方法 | 第56-59页 |
| 3.1.1 基于Illumina文库测序的miRNA差异表达分析 | 第56页 |
| 3.1.2 miRNA的实时荧光定量PCR | 第56-59页 |
| 3.1.3 差异表达miRNA的靶基因预测与功能分析 | 第59页 |
| 3.2 结果与讨论 | 第59-64页 |
| 3.2.1 对鳗弧菌侵染作出应答反应的差异表达miRNA | 第59-61页 |
| 3.2.2 差异表达miRNA的实时荧光光定量PCR验证 | 第61-62页 |
| 3.2.3 靶基因预测与功能分析 | 第62-64页 |
| 3.3 小结 | 第64-65页 |
| 参考文献 | 第65-71页 |
| 致谢 | 第71-72页 |
| 在读期间发表的学术论文 | 第72页 |
