| 致谢 | 第4-8页 |
| 摘要 | 第8-10页 |
| 1 文献综述 | 第10-19页 |
| 1.1 泡桐丛枝病概述 | 第10-13页 |
| 1.1.1 泡桐丛枝病病原——植原体的概述 | 第11页 |
| 1.1.2 植原体的发现和主要的特征 | 第11页 |
| 1.1.3 丛枝病和植原体研究进展 | 第11-13页 |
| 1.2 植物microRNA概述 | 第13-16页 |
| 1.2.1 植物miRNA的生物合成过程 | 第14-15页 |
| 1.2.2 植物miRNA研究进展 | 第15-16页 |
| 1.2.3 植物miRNA的靶基因鉴定 | 第16页 |
| 1.3 降解组的研究进展 | 第16-17页 |
| 1.4 实验设计技术路线 | 第17-18页 |
| 1.5 本研究的目的意义 | 第18-19页 |
| 2 引言 | 第19页 |
| 3 材料与方法 | 第19-28页 |
| 3.1 植物材料及处理 | 第19-20页 |
| 3.2 本试验所需的主要试剂和仪器耗材 | 第20页 |
| 3.2.1 主要试剂 | 第20页 |
| 3.2.2 主要仪器设备耗材 | 第20页 |
| 3.3 泡桐总RNA的提取和质量检测 | 第20-21页 |
| 3.3.1 泡桐总RNA的提取 | 第20-21页 |
| 3.3.2 总RNA的质量检测 | 第21页 |
| 3.4 泡桐高通量测序以及数据分析 | 第21-24页 |
| 3.4.1 数据库 | 第21页 |
| 3.4.2 小分子RNA文库构建及测序 | 第21-22页 |
| 3.4.3 小分子RNA的测序数据分析流程 | 第22-23页 |
| 3.4.4 miRNA的鉴定 | 第23页 |
| 3.4.5 泡桐中miRNAs差异表达鉴定 | 第23-24页 |
| 3.4.6 鉴定响应泡桐丛枝病的miRNAs | 第24页 |
| 3.4.7 miRNA生物信息预测靶基因和功能注释 | 第24页 |
| 3.5 降解组测序文库构建以及分析 | 第24-26页 |
| 3.5.1 降解组文库构建原理 | 第24-25页 |
| 3.5.2 降解组数据分析预测miRNA的靶基因 | 第25-26页 |
| 3.5.3 降解组测序靶基因的功能分析 | 第26页 |
| 3.6 差异表达miRNA及其靶基因的验证 | 第26-28页 |
| 4 结果与分析 | 第28-51页 |
| 4.1 泡桐sRNA测序文库构建和高通量测序分析 | 第28-31页 |
| 4.2 泡桐miRNA的鉴定 | 第31-37页 |
| 4.2.1 白花泡桐已知miRNAs、新miRNAs的鉴定 | 第32-33页 |
| 4.2.2 毛泡桐已知miRNAs、新miRNAs的鉴定 | 第33页 |
| 4.2.3 豫杂一号泡桐已知miRNAs、新miRNAs的鉴定 | 第33-35页 |
| 4.2.4 三种泡桐间鉴定的已知miRNAs、新miRNAs的分析 | 第35-37页 |
| 4.3 三种泡桐的miRNA差异表达分析 | 第37-39页 |
| 4.3.1 白花泡桐miRNAs差异表达分析 | 第37-38页 |
| 4.3.2 毛泡桐miRNAs差异表达分析 | 第38页 |
| 4.3.3 豫杂一号泡桐miRNAs差异表达分析 | 第38-39页 |
| 4.3.4 三种泡桐间miRNAs的差异表达分析 | 第39页 |
| 4.4 降解组测序鉴定miRNA靶基因 | 第39-50页 |
| 4.4.1 数据分析 | 第39-41页 |
| 4.4.2 miRNAs降解位点的鉴定 | 第41-43页 |
| 4.4.3 三种泡桐miRNA的靶基因预测与功能注释 | 第43-47页 |
| 4.4.3.1 白花泡桐miRNA的靶基因预测与功能注释 | 第43-44页 |
| 4.4.3.2 毛泡桐miRNA的靶基因预测与功能注释 | 第44-47页 |
| 4.4.4 三种泡桐响应丛枝病miRNAs的靶基因 | 第47-48页 |
| 4.4.4.1 白花泡桐丛枝病发生相关miRNAs的靶基因 | 第47页 |
| 4.4.4.2 毛泡桐丛枝病发生相关miRNA的靶基因鉴定 | 第47页 |
| 4.4.4.3 豫杂一号泡桐丛枝病发生相关miRNA的靶基因鉴定 | 第47-48页 |
| 4.4.4.4 三种泡桐共同与丛枝病发生相关miRNA的靶基因鉴定 | 第48页 |
| 4.4.5 三种泡桐与丛枝病发生相关的miRNAs靶基因GO功能分类和KEGG分析 | 第48-50页 |
| 4.5 miRNAs和靶基因的qRT-PCR验证 | 第50-51页 |
| 5 讨论与结论 | 第51-56页 |
| 5.1 全基因组水平研究泡桐miRNA的重要性 | 第51页 |
| 5.2 不同种泡桐间miRNA的差异分析 | 第51-52页 |
| 5.3 泡桐与丛枝病发生相关的miRNAs及其靶基因功能分析 | 第52-56页 |
| 参考文献 | 第56-65页 |
| ABSTRACT | 第65-66页 |
| 附录 | 第67-97页 |
