烟草响应低钾胁迫的基因表达谱分析
| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 缩略词表 | 第9-12页 |
| 1 文献综述 | 第12-22页 |
| 1.1 烟草的经济价值 | 第12页 |
| 1.2 植物钾素的研究进展 | 第12-14页 |
| 1.2.1 钾素在植物中的作用 | 第12-13页 |
| 1.2.2 植物钾营养的分子机制研究进展 | 第13-14页 |
| 1.2.3 植物低钾胁迫下的研究 | 第14页 |
| 1.3 烟草钾营养的研究进展 | 第14-17页 |
| 1.3.1 钾素在烟草中的重要性 | 第14-15页 |
| 1.3.2 我国烟叶中的钾素状况 | 第15-16页 |
| 1.3.3 改善烟草钾素含量的研究 | 第16-17页 |
| 1.4 特异基因的筛选 | 第17-21页 |
| 1.4.1 差异表达基因的分析方法 | 第17-18页 |
| 1.4.2 基因芯片的应用与相关研究 | 第18-19页 |
| 1.4.3 芯片分析原理 | 第19-21页 |
| 1.5 生物信息学的运用 | 第21-22页 |
| 2 主要研究内容与技术路线 | 第22-24页 |
| 2.1 研究内容 | 第22-23页 |
| 2.2 技术路线 | 第23-24页 |
| 3 材料与方法 | 第24-38页 |
| 3.1 试验材料 | 第24页 |
| 3.2 仪器与试剂 | 第24-25页 |
| 3.2.1 主要仪器 | 第24页 |
| 3.2.2 主要试剂 | 第24-25页 |
| 3.3 软件系统 | 第25页 |
| 3.4 材料处理 | 第25-26页 |
| 3.4.1 培养基配方 | 第25页 |
| 3.4.2 无菌苗的培养 | 第25-26页 |
| 3.4.3 低钾胁迫 | 第26页 |
| 3.5 基因表达谱芯片分析 | 第26-31页 |
| 3.5.1 样品总RNA的提取与纯化 | 第26-28页 |
| 3.5.2 RNA纯化后质检 | 第28页 |
| 3.5.3 芯片杂交实验 | 第28-31页 |
| 3.6 芯片原始数据分析 | 第31-33页 |
| 3.6.1 芯片数据特性分析 | 第31-32页 |
| 3.6.2 差异表达基因统计 | 第32页 |
| 3.6.3 Cluster聚类分析 | 第32-33页 |
| 3.7 芯片实验的RT-qPCR验证 | 第33-35页 |
| 3.7.1 验证基因的挑选方法 | 第33页 |
| 3.7.2 PCR引物设计 | 第33-34页 |
| 3.7.3 RT-qPCR实验步骤 | 第34-35页 |
| 3.8 生物信息挖掘分析 | 第35-38页 |
| 3.8.1 基因功能分析 | 第36-37页 |
| 3.8.2 Pathway分析 | 第37-38页 |
| 4 结果与分析 | 第38-100页 |
| 4.1 材料处理结果 | 第38页 |
| 4.2 总RNA提取与质检 | 第38-40页 |
| 4.3 芯片数据有效性分析 | 第40-44页 |
| 4.3.1 芯片杂交试验质控情况 | 第40-43页 |
| 4.3.2 RT-qPCR验证结果 | 第43-44页 |
| 4.4 差异表达基因总体特征 | 第44-49页 |
| 4.4.1 归一化数据的Cluster聚类 | 第44-45页 |
| 4.4.2 差异表达基因信息统计 | 第45-49页 |
| 4.5 DEGs的GO与Pathway分析 | 第49-51页 |
| 4.7 跨膜运输活性相关基因 | 第51-57页 |
| 4.8 响应非生物刺激相关基因 | 第57-60页 |
| 4.9 转录因子活性相关基因 | 第60-64页 |
| 4.10 氮代谢过程相关基因 | 第64-68页 |
| 4.11 细胞壁结构相关基因 | 第68-69页 |
| 4.12 碳水化合物与糖代谢相关基因 | 第69-78页 |
| 4.13 信号传导相关基因 | 第78-86页 |
| 4.13.1 植物激素相关基因 | 第79-82页 |
| 4.13.2 钙信号相关基因 | 第82-86页 |
| 4.14 呼吸爆发相关基因 | 第86-87页 |
| 4.15 衰老相关基因 | 第87-90页 |
| 4.16 光合色素合成相关基因 | 第90-95页 |
| 4.17 光合作用相关基因 | 第95-100页 |
| 5 讨论与结论 | 第100-107页 |
| 5.1 讨论 | 第100-106页 |
| 5.1.1 芯片实验研究的特点 | 第100页 |
| 5.1.2 重要响应基因及其参与的途径 | 第100-106页 |
| 5.2 结论 | 第106-107页 |
| 参考文献 | 第107-116页 |
| 致谢 | 第116页 |
