| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 第一章 序言 | 第13-27页 |
| 1.1 布渣叶的研究现状 | 第13-14页 |
| 1.2 转录组测序平台 | 第14-19页 |
| 1.2.1 Roche/454 | 第14-16页 |
| 1.2.2 Illumina/Solexa | 第16-17页 |
| 1.2.3 ABI/SOLiD | 第17-18页 |
| 1.2.4 PacBio | 第18-19页 |
| 1.3 RNA-Seq数据分析流程 | 第19-21页 |
| 1.3.1 数据质控 | 第19页 |
| 1.3.2 数据组装 | 第19-20页 |
| 1.3.3 Unigene注释 | 第20-21页 |
| 1.3.4 表达量统计 | 第21页 |
| 1.4 RNA-Seq在药用植物研究中的应用 | 第21-23页 |
| 1.4.1 基因鉴定和基因库的构建 | 第21-22页 |
| 1.4.2 基因表达谱分析 | 第22页 |
| 1.4.3 生物活性成分的合成代谢途径研究 | 第22页 |
| 1.4.4 SNPs和SSRs标记开发 | 第22-23页 |
| 1.5 黄酮C-苷生物合成途径研究进展 | 第23-25页 |
| 1.5.1 黄酮C-苷生物合成途径的解析 | 第23-25页 |
| 1.5.2 黄酮C-苷生物合成途径的调控 | 第25页 |
| 1.6 研究的目的和意义 | 第25-27页 |
| 第二章 布渣叶的psbA-trnH和ITS2序列分析 | 第27-36页 |
| 2.1 实验材料 | 第28页 |
| 2.1.1 主要仪器设备 | 第28页 |
| 2.1.2 主要试剂 | 第28页 |
| 2.2 实验方法 | 第28-30页 |
| 2.2.1 样品的采集 | 第28-29页 |
| 2.2.2 破布叶总DNA的提取 | 第29-30页 |
| 2.2.3 ITS2和psbA-trnH扩增 | 第30页 |
| 2.2.4 PCR扩增产物测序与分析 | 第30页 |
| 2.3 实验结果 | 第30-35页 |
| 2.3.1 总DNA提取及扩增分析 | 第30-31页 |
| 2.3.2 序列比对与分析 | 第31-33页 |
| 2.3.3 构建系统发育树 | 第33-35页 |
| 2.4 本章小结 | 第35-36页 |
| 第三章 布渣叶转录组测序分析 | 第36-65页 |
| 3.1 实验材料 | 第36-38页 |
| 3.1.1 植物材料 | 第36-37页 |
| 3.1.2 实验试剂 | 第37页 |
| 3.1.3 实验设备 | 第37-38页 |
| 3.2 实验方法 | 第38-39页 |
| 3.2.1 总RNA提取及质量检测 | 第38页 |
| 3.2.2 转录组测序 | 第38-39页 |
| 3.3 数据处理与分析 | 第39-41页 |
| 3.3.1 数据质控 | 第39页 |
| 3.3.2 De novo组装 | 第39页 |
| 3.3.3 功能注释 | 第39页 |
| 3.3.4 基因表达量统计及差异基因筛选 | 第39-40页 |
| 3.3.5 差异基因的富集分析 | 第40页 |
| 3.3.6 趋势分析 | 第40-41页 |
| 3.4 实验结果 | 第41-64页 |
| 3.4.1 总RNA质检结果 | 第41-42页 |
| 3.4.2 RNA-Seq数据质控及组装 | 第42-43页 |
| 3.4.3 功能注释 | 第43-49页 |
| 3.4.4 表达谱的比较 | 第49-51页 |
| 3.4.5 GO富集分析 | 第51-55页 |
| 3.4.6 KEGG富集分析 | 第55-58页 |
| 3.4.7 趋势分析 | 第58-64页 |
| 3.5 本章小结 | 第64-65页 |
| 第四章 ACGs生物合成关键基因的挖掘 | 第65-75页 |
| 4.1 实验材料 | 第65-66页 |
| 4.1.1 实验样品 | 第65页 |
| 4.1.2 实验试剂 | 第65-66页 |
| 4.1.3 实验仪器及设备 | 第66页 |
| 4.2 实验方法 | 第66-69页 |
| 4.2.1 候选基因的筛选 | 第66-67页 |
| 4.2.2 候选基因引物设计 | 第67页 |
| 4.2.3 候选基因的RT-qPCR定量分析 | 第67-68页 |
| 4.2.4 ACGs的HPLC定量分析 | 第68-69页 |
| 4.3 实验结果 | 第69-74页 |
| 4.3.1 候选基因及其引物设计 | 第69-71页 |
| 4.3.2 内参基因的筛选 | 第71页 |
| 4.3.3 RT-qPCR实验结果 | 第71-73页 |
| 4.3.4 ACGs含量变化 | 第73-74页 |
| 4.4 本章小结 | 第74-75页 |
| 第五章 MpCHS2的克隆与生物信息学分析 | 第75-84页 |
| 5.1 实验材料 | 第75-76页 |
| 5.1.1 植物材料 | 第75页 |
| 5.1.2 实验试剂 | 第75-76页 |
| 5.1.3 实验仪器 | 第76页 |
| 5.2 实验方法 | 第76-78页 |
| 5.2.1 RNA提取和cDNA合成 | 第76页 |
| 5.2.2 MpCHS2基因cDNA克隆 | 第76-77页 |
| 5.2.3 pET-30a(+)-MpCHS2重组体构建 | 第77-78页 |
| 5.2.4 MpCHS2基因的生物信息学分析 | 第78页 |
| 5.3 实验结果 | 第78-83页 |
| 5.3.1 MpCHS2基因cDNA克隆 | 第78-79页 |
| 5.3.2 MpCHS2基因的生物信息学分析 | 第79-81页 |
| 5.3.3 MpCHS2氨基酸序列多重比对与系统进化分析 | 第81-83页 |
| 5.4 本章小结 | 第83-84页 |
| 第六章 结论、创新点与展望 | 第84-86页 |
| 6.1 结论 | 第84-85页 |
| 6.2 创新点 | 第85页 |
| 6.3 展望 | 第85-86页 |
| 参考文献 | 第86-95页 |
| 攻读硕士期间发表的论文 | 第95-96页 |
| 致谢 | 第96页 |
