| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第1章 绪论 | 第11-17页 |
| 1.1 研究背景 | 第11-13页 |
| 1.2 本文的研究内容及面临的挑战 | 第13-14页 |
| 1.3 本文的贡献 | 第14页 |
| 1.4 本文的组织结构 | 第14-17页 |
| 第2章 背景知识与问题定义 | 第17-25页 |
| 2.1 编辑距离 | 第17-18页 |
| 2.2 最长公共子串 | 第18-19页 |
| 2.3 最长公共子序列 | 第19-20页 |
| 2.4 后缀数组 | 第20-23页 |
| 2.5 近似最长公共子串的问题定义 | 第23-24页 |
| 2.6 本章小结 | 第24-25页 |
| 第3章 相关工作 | 第25-35页 |
| 3.1 基于最长公共子序列的比对算法 | 第25-29页 |
| 3.1.1 Needleman-Wunsch算法 | 第25-26页 |
| 3.1.2 Smith-Waterman算法 | 第26-29页 |
| 3.2 基于scoring scheme的比对算法 | 第29-34页 |
| 3.2.1 BLAST算法 | 第29-30页 |
| 3.2.2 BWT-SW算法 | 第30-31页 |
| 3.2.3 ALAE算法 | 第31-34页 |
| 3.3 本章小结 | 第34-35页 |
| 第4章 基于动态规划的方法 | 第35-43页 |
| 4.1 公共子串的求解 | 第35-37页 |
| 4.2 候选集的构造 | 第37-41页 |
| 4.2.1 基于公共前缀和后缀的过滤技术 | 第38-39页 |
| 4.2.2 候选集构造算法 | 第39-41页 |
| 4.3 候选集的验证 | 第41-42页 |
| 4.4 本章小结 | 第42-43页 |
| 第5章 基于公共子串的优化方法 | 第43-59页 |
| 5.1 有效构造公共子串 | 第43-44页 |
| 5.2 利用公共子串构造验证集 | 第44-54页 |
| 5.2.1 基于公共子串位置的过滤方法 | 第46-47页 |
| 5.2.2 基于公共子串的距离的过滤方法 | 第47-51页 |
| 5.2.3 验证集的构造 | 第51-54页 |
| 5.3 验证近似最长公共子串的方法 | 第54-57页 |
| 5.3.1 近似最长公共子串验证方法 | 第54-56页 |
| 5.3.2 基于启发式策略的验证方法 | 第56-57页 |
| 5.4 本章小结 | 第57-59页 |
| 第6章 实验与分析 | 第59-67页 |
| 6.1 实验设置 | 第59-60页 |
| 6.2 基于动态规划算法的实验与分析 | 第60-63页 |
| 6.2.1 过滤策略的效果 | 第60-62页 |
| 6.2.2 算法的运行效率 | 第62-63页 |
| 6.3 基于公共子串算法的实验与分析 | 第63-65页 |
| 6.3.1 过滤策略的效果 | 第63-64页 |
| 6.3.2 算法的运行效率 | 第64-65页 |
| 6.4 查询性能对比分析 | 第65-66页 |
| 6.5 本章小结 | 第66-67页 |
| 第7章 总结与展望 | 第67-69页 |
| 7.1 本文总结 | 第67-68页 |
| 7.2 工作展望 | 第68-69页 |
| 参考文献 | 第69-73页 |
| 致谢 | 第73-75页 |
| 攻硕期间参加的项目及获奖情况 | 第75页 |