| 摘要 | 第10-13页 |
| Abstract | 第13-16页 |
| 缩略语表 | 第17-18页 |
| 第一章前言 | 第18-30页 |
| 1.1 核盘菌危害与防治策略 | 第18-20页 |
| 1.1.1 核盘菌与致病机理 | 第18-19页 |
| 1.1.2 核盘菌防治策略 | 第19-20页 |
| 1.2 真菌病毒多样性 | 第20-22页 |
| 1.2.1 病毒与真菌病毒 | 第20-21页 |
| 1.2.2 真菌病毒的发现 | 第21-22页 |
| 1.2.3 高通量测序与真菌病毒资源的发掘 | 第22页 |
| 1.3 真菌病毒应用 | 第22-24页 |
| 1.3.1 真菌病毒在医学上的应用 | 第22页 |
| 1.3.2 真菌病毒在生物防治上的应用 | 第22-23页 |
| 1.3.3 真菌病毒在生物防治上的优势 | 第23页 |
| 1.3.4 近年来发现的具有弱毒特性的真菌病毒 | 第23-24页 |
| 1.4 真菌病毒与病毒的进化 | 第24-25页 |
| 1.4.1 真菌病毒与其它生物中病毒的关系 | 第24页 |
| 1.4.2 真菌病毒与生物间的基因水平转移 | 第24-25页 |
| 1.5 真菌病毒与寄主互作研究 | 第25-26页 |
| 1.6 核盘菌中真菌病毒研究概况 | 第26-27页 |
| 1.7 真菌病毒利用的困难与策略 | 第27-28页 |
| 1.7.1 真菌病毒的寄主范围 | 第27页 |
| 1.7.2 营养体不亲和与真菌病毒传播 | 第27-28页 |
| 1.7.3 真菌病毒体外传播和传播介体 | 第28页 |
| 1.8 研究目的与意义 | 第28-30页 |
| 第二章核盘菌菌株分离与筛选 | 第30-43页 |
| 2.1 引言 | 第30页 |
| 2.2 试验材料 | 第30-34页 |
| 2.3 试验方法 | 第34-35页 |
| 2.3.1 核盘菌菌株分离 | 第34页 |
| 2.3.2 致病力测定 | 第34页 |
| 2.3.3 菌落形态观察 | 第34页 |
| 2.3.4 DNA提取 | 第34页 |
| 2.3.5 dsRNA提取 | 第34页 |
| 2.3.6 核酸电泳 | 第34页 |
| 2.3.7 核盘菌DNA病毒SsHADV-1 检测 | 第34-35页 |
| 2.3.8 用DNase I处理dsRNA样品 | 第35页 |
| 2.4 结果与分析 | 第35-41页 |
| 2.4.1 分离得到的菌株表型 | 第35-37页 |
| 2.4.2 致病力测定 | 第37-38页 |
| 2.4.3 DNA电泳检测 | 第38页 |
| 2.4.4 真菌DNA病毒SsHADV-1 检测 | 第38-39页 |
| 2.4.5 dsRNA电泳检测 | 第39页 |
| 2.4.6 异常菌株信息汇总 | 第39-41页 |
| 2.5 讨论 | 第41-43页 |
| 第三章单股负义链RNA病毒SsNSRV-1 分子特性及生物学特性研究 | 第43-95页 |
| 3.1 引言 | 第43页 |
| 3.2 试验材料 | 第43-44页 |
| 3.3 试验方法 | 第44-56页 |
| 3.3.1 生物学特性 | 第44页 |
| 3.3.1.1 菌株分离 | 第44页 |
| 3.3.1.2 致病力、生长速度及菌落形态观察 | 第44页 |
| 3.3.1.3 菌丝形态观察 | 第44页 |
| 3.3.1.4 菌丝鲜重测定及产酸量测定 | 第44页 |
| 3.3.2 SsNSRV-1 全长cDNA克隆 | 第44-49页 |
| 3.3.2.1 dsRNA提取 | 第44页 |
| 3.3.2.2 总RNA提取 | 第44页 |
| 3.3.2.3 SsNSRV-1 序列克隆 | 第44-46页 |
| 3.3.2.4 SsNSRV-1 序列末端克隆 | 第46-48页 |
| 3.3.2.5 SsNSRV-1 缺陷型RNAs克隆 | 第48-49页 |
| 3.3.3 SsNSRV-1 基因的表达模式 | 第49-51页 |
| 3.3.3.1 含有Poly(A) 的RNA分离与富集 | 第49页 |
| 3.3.3.2 基因的 3’RACE | 第49-50页 |
| 3.3.3.3 基因的 5’RACE | 第50-51页 |
| 3.3.4 SsNSRV-1 病毒粒子特性 | 第51-54页 |
| 3.3.4.1 病毒粒子提取 | 第51-52页 |
| 3.3.4.2 病毒粒子观察 | 第52页 |
| 3.3.4.3 PEG介导的SsNSRV-1 病毒粒子转染 | 第52页 |
| 3.3.4.4 SsNSRV-1 结构蛋白SDS-PAGE电泳 | 第52-53页 |
| 3.3.4.5 SsNSRV-1 结构蛋白PMF-MS鉴定 | 第53-54页 |
| 3.3.5 SsNSRV-1 的Northern blot分析 | 第54-55页 |
| 3.3.6 序列分析和系统发育分析所用到的生物信息学软件 | 第55-56页 |
| 3.3.7 菌丝超薄切片制备和电镜观察 | 第56页 |
| 3.3.8 SsNSRV-1 自然分布检测 | 第56页 |
| 3.4 结果与分析 | 第56-89页 |
| 3.4.1 核盘菌菌株AH98 生物学特性 | 第56-58页 |
| 3.4.2 核盘菌菌株AH98 dsRNA提取 | 第58页 |
| 3.4.3 SsNSRV-1 基因组结构和特点 | 第58-64页 |
| 3.4.3.1 SsNSRV-1 末端克隆 | 第58-59页 |
| 3.4.3.2 SsNSRV-1 基因组结构及特点 | 第59-61页 |
| 3.4.3.3 SsNSRV-1 与Mononegaviruses基因组结构比较 | 第61-62页 |
| 3.4.3.4 SsNSRV-1 与L protein-like序列结构比较 | 第62-64页 |
| 3.4.4 SsNSRV-1 基因的Northern blot分析 | 第64-65页 |
| 3.4.5 SsNSRV-1 基因表达模式 | 第65-70页 |
| 3.4.6 SsNSRV-1 转录调控信号 | 第70-71页 |
| 3.4.7 SsNSRV-1 病毒粒子的结构和形态特性 | 第71-80页 |
| 3.4.8 SsNSRV-1 的系统发育分析 | 第80-82页 |
| 3.4.9 SsNSRV-1 的生物学特性 | 第82-83页 |
| 3.4.10 SsNSRV-1 的分布 | 第83-84页 |
| 3.4.11 SsNSRV-1 的转录组分析 | 第84-89页 |
| 3.5 讨论 | 第89-95页 |
| 3.5.1 真菌负义链RNA病毒 | 第89页 |
| 3.5.2 SsNSRV-1 病毒粒子形态及核衣壳特性 | 第89-90页 |
| 3.5.3 SsNSRV-1 基因组结构特性及基因功能特性 | 第90-91页 |
| 3.5.4 SsNSRV-1 分类地位思考 | 第91页 |
| 3.5.5 SsNSRV-1 弱毒特性及生防潜力 | 第91页 |
| 3.5.6 转录组分析SsNSRV-1 对核盘菌的影响 | 第91-94页 |
| 3.5.7 SsNSRV-1 的应用及展望 | 第94-95页 |
| 第四章双节段dsRNA病毒SsBRV1 分子特性及生物学特性研究 | 第95-121页 |
| 4.1 引言 | 第95-96页 |
| 4.2 材料与方法 | 第96-98页 |
| 4.2.1 试验材料 | 第96页 |
| 4.2.2 生物学特性 | 第96页 |
| 4.2.3 核盘菌的原生质体再生 | 第96页 |
| 4.2.4 ds RNA提取 | 第96页 |
| 4.2.5 Ss BRV1 全长c DNA的克隆 | 第96页 |
| 4.2.5.1 随机引物克隆 | 第96页 |
| 4.2.5.2 末端克隆 | 第96页 |
| 4.2.5.3 PCR产物测序 | 第96页 |
| 4.2.6 Ss BRV1 病毒粒子特性 | 第96-97页 |
| 4.2.7 ds RNA的Northern blot分析 | 第97页 |
| 4.2.8 序列分析和系统发育分析所用到的生物信息学软件 | 第97页 |
| 4.2.9 Ss BSRV1 探针制备、RT-PCR检测所用引物 | 第97页 |
| 4.2.10 核盘菌子囊孢子诱导 | 第97-98页 |
| 4.3 结果与分析 | 第98-119页 |
| 4.3.1 菌株SCH941 生物学特性 | 第98-99页 |
| 4.3.2 Ss BRV1 的基因结构及特性 | 第99-105页 |
| 4.3.3 Ss BRV1 的病毒粒子及结构 | 第105-112页 |
| 4.3.4 Ss BRV1 的系统发育分析 | 第112-114页 |
| 4.3.5 Ss BRV1 的生物学特性 | 第114-116页 |
| 4.3.6 Ss BRV1 基因组结构比较 | 第116页 |
| 4.3.7 Ss BRV1 在子囊孢子后代带毒率检测 | 第116-119页 |
| 4.4 讨论 | 第119-121页 |
| 第五章呼肠孤病毒Ss Re V1 的分子特性及生物学特性研究 | 第121-146页 |
| 5.1 引言 | 第121页 |
| 5.2 材料与方法 | 第121-123页 |
| 5.2.1 试验材料 | 第121页 |
| 5.2.2 生物学特性 | 第121页 |
| 5.2.3 核盘菌的原生质体再生 | 第121-122页 |
| 5.2.4 ds RNA提取 | 第122页 |
| 5.2.5 Ss Re V1 全长c DNA的克隆 | 第122页 |
| 5.2.6 Ss BRV1 病毒粒子特性 | 第122页 |
| 5.2.7 ds RNA的Northern blot分析 | 第122页 |
| 5.2.8 序列分析和系统发育分析所用到的生物信息学软件 | 第122页 |
| 5.2.9 Ss Re V1 RT-PCR检测和Northern blot所用引物 | 第122-123页 |
| 5.3 结果与分析 | 第123-140页 |
| 5.3.1 菌株SCH941 及其相关菌株的生物学特性 | 第123-124页 |
| 5.3.2 Ss Re V1 基因组结构和特性 | 第124-132页 |
| 5.3.3 Ss Re V1 病毒粒子结构和特性 | 第132-137页 |
| 5.3.4 Ss Re V1 的进化分析 | 第137-139页 |
| 5.3.5 Ss Re V1 的生物学特性 | 第139-140页 |
| 5.4 讨论 | 第140-146页 |
| 5.4.1 Ss Re V1 基因组结构和特点比较 | 第140-142页 |
| 5.4.2 Ss Re V1 蛋白功能分析 | 第142-143页 |
| 5.4.3 Ss Re V1 的分类地位 | 第143页 |
| 5.4.4 菌株SCH941 中ds RNA与菌株表型的关系探讨 | 第143-144页 |
| 5.4.5 Ss Re V1 的ORF6-1 和ORF7 可能存在水平基因转移 | 第144-146页 |
| 第六章双节段ds RNA病毒Ss BRV3 分子特性与生物学特性研究 | 第146-152页 |
| 6.1 材料与方法 | 第146页 |
| 6.1.1 试验材料 | 第146页 |
| 6.1.2 生物学特性 | 第146页 |
| 6.1.3 核盘菌的原生质体再生 | 第146页 |
| 6.1.4 ds RNA提取 | 第146页 |
| 6.1.5 Ss BRV3 全长c DNA的克隆 | 第146页 |
| 6.1.6 Ss BRV3 全长c DNA的克隆 | 第146页 |
| 6.2 结果与分析 | 第146-151页 |
| 6.2.1 菌株HN138 生物学特性 | 第146-147页 |
| 6.2.2 Ss BRV3 基因组结构 | 第147-148页 |
| 6.2.3 Ss BRV3 与Bp RV1 的生物特性比较 | 第148-149页 |
| 6.2.4 Ss BRV3 与Bp RV1 氨基酸比较 | 第149-151页 |
| 6.3 讨论 | 第151-152页 |
| 第七章核盘菌真菌病毒多样性与宏病毒组学 | 第152-157页 |
| 7.1 引言 | 第152页 |
| 7.2 试验材料与方法 | 第152-153页 |
| 7.2.1 试验材料 | 第152页 |
| 7.2.2 总RNA提取 | 第152页 |
| 7.2.3 转录组测序、分析 | 第152-153页 |
| 7.2.4 所需要的数据库 | 第153页 |
| 7.3 试验结果 | 第153-156页 |
| 7.3.1 比对统计样品 | 第153页 |
| 7.3.2 样品分析的过程 | 第153-154页 |
| 7.3.3 序列鉴定结果 | 第154-156页 |
| 7.4 讨论 | 第156-157页 |
| 第八章结论与展望 | 第157-161页 |
| 8.1 全文结论与创新点 | 第157-158页 |
| 8.1.1 全文结论 | 第157-158页 |
| 8.1.2 创新点 | 第158页 |
| 8.2 思考与展望 | 第158-161页 |
| 8.2.1 样品收集与病毒发掘 | 第158-159页 |
| 8.2.2 真菌中RNA病毒与DNA病毒的发现 | 第159页 |
| 8.2.3 真菌病毒传播 | 第159页 |
| 8.2.4 单股负义链RNA病毒Ss NSRV-1 | 第159页 |
| 8.2.5 双节段ds RNA病毒Ss BRV1 与卫星RNA | 第159-160页 |
| 8.2.6 病毒混合侵染与病毒互作 | 第160页 |
| 8.2.7 病毒宏基因组学在发掘真菌病毒中的应用 | 第160-161页 |
| 参考文献 | 第161-182页 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 | 第182-184页 |
| 致谢 | 第184-187页 |
