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应用生物组学分析鉴定萝卜盐胁迫响应相关基因与miRNA

摘要第7-9页
ABSTRACT第9-11页
缩略词第12-14页
第一章 文献综述第14-28页
    1 盐胁迫严重制约蔬菜作物的产量和品质第14页
    2 盐对植物的影响第14-17页
        2.1 盐对萌发和生长的影响第14-15页
        2.2 盐和离子毒性第15页
        2.3 盐对光合色素和光合作用的影响第15-16页
        2.4 盐对水分关系和营养平衡的影响第16页
        2.5 盐和氧化胁迫第16-17页
    3 植物对盐胁迫的感应机制第17-18页
    4 植物对盐胁迫的响应机制第18-21页
        4.1 离子调节和区隔化第18-19页
        4.2 可溶性溶质的生物合成第19-20页
        4.3 抗氧化酶的诱导第20页
        4.4 植物激素的诱导第20-21页
        4.5 光合作用途径的改变第21页
    5 植物盐胁迫响应的分子机制研究第21-26页
        5.1 植物盐胁迫响应基因研究第21-22页
        5.2 miRNA在植物盐胁迫响应中的作用第22-26页
    6 本研究目的与意义第26-28页
第二章 萝卜盐胁迫响应miRNA分离与鉴定第28-48页
    1 材料与方法第29-32页
        1.1 植物材料与盐处理第29页
        1.2 试验方法第29-32页
    2 结果与分析第32-44页
        2.1 萝卜肉质根sRNA文库测序分析第32-33页
        2.2 已知miRNA的分离鉴定第33-36页
        2.3 新型miRNA的鉴定第36-37页
        2.4 萝卜盐胁迫响应miRNA的分离鉴定第37-38页
        2.5 盐胁迫响应miRNA靶基因预测与功能注释第38-42页
        2.6 RT-qPCR验证第42-44页
    3 讨论第44-48页
        3.1 sRNA测序和已知miRNA的鉴定第45页
        3.2 盐胁迫响应miRNA的表达分析第45-46页
        3.3 萝卜miRNA介导的盐胁迫响应调控网络第46-48页
第三章 萝卜盐胁迫响应相关基因表达谱分析第48-78页
    1 材料与方法第49-54页
        1.1 试验材料第49页
        1.2 试验方法第49-54页
    2 结果与分析第54-73页
        2.1 DGE文库测序与分析第54-55页
        2.2 差异表达基因鉴定与功能注释第55-57页
        2.3 差异表达基因的GO功能富集分析第57页
        2.4 差异表达基因的KEGG pathway富集分析第57-59页
        2.5 参与萝卜盐胁迫响应的关键基因鉴定第59-64页
        2.6 萝卜盐胁迫响应的DEG和miRNA关联分析第64-65页
        2.7 通过RT-qPCR进行差异基因的表达模式分析第65-66页
        2.8 RsAPX1和RsSOS2基因cDNA克隆和特征分析第66-72页
        2.9 RsAPX1和RsSOS2基因表达特性分析第72-73页
    3 讨论第73-78页
        3.1 信号转导及在盐胁迫响应中的重要性第73-74页
        3.2 渗透调节在缓解盐诱导的伤害中的重要性第74页
        3.3 参与盐胁迫响应的转录因子第74-75页
        3.4 萝卜盐胁迫响应的基因调控网络第75-76页
        3.5 RsAPX1和RsSOS2基因在盐胁迫响应中的作用第76-78页
第四章 基于iTRAQ分析的萝卜盐胁迫响应机制研究第78-100页
    1 材料与方法第79-82页
        1.1 植物材料和盐处理第79页
        1.2 蛋白质提取第79-80页
        1.3 蛋白质酶解、iTRAQ标记和强阳离子交换(SCX)分离第80页
        1.4 LC-ESI-MS/MS第80页
        1.5 数据分析和蛋白质的鉴定第80-81页
        1.6 功能注释第81页
        1.7 RT-qPCR分析第81-82页
    2 结果与分析第82-93页
        2.1 原始数据分析和蛋白质鉴定第82页
        2.2 蛋白质的功能注释和分类第82-85页
        2.3 差异蛋白鉴定第85-86页
        2.4 差异蛋白的GO和KEGG富集分析第86-91页
        2.5 萝卜盐胁迫下蛋白组与转录组、miRNA的关联分析第91-92页
        2.6 RT-qPCR分析第92-93页
    3 讨论第93-100页
        3.1 萝卜盐胁迫下信号相关差异蛋白鉴定第94页
        3.2 萝卜盐胁迫下蛋白质代谢相关差异蛋白鉴定第94-95页
        3.3 萝卜盐胁迫下碳水化合物和能量代谢相关差异蛋白鉴定第95-96页
        3.4 萝卜盐胁迫下胁迫与防卫相关差异蛋白鉴定第96-97页
        3.5 萝卜盐胁迫下转运相关差异蛋白鉴定第97页
        3.6 萝卜肉质根中盐胁迫响应的分子机制第97-100页
全文结论第100-102页
创新之处第102-104页
参考文献第104-118页
博士在读期间发表学术论文第118-120页
致谢第120页

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