| 致谢 | 第5-6页 |
| 摘要 | 第6-7页 |
| ABSTRACT | 第7页 |
| 1 引言 | 第11-19页 |
| 1.1 项目背景 | 第11-12页 |
| 1.2 领域概述及问题发现 | 第12-15页 |
| 1.3 国内外研究现状 | 第15-16页 |
| 1.4 解决问题的思路与途径 | 第16-17页 |
| 1.5 论文组织结构 | 第17-19页 |
| 2 项目范围及研究任务的定义 | 第19-24页 |
| 2.1 背景简介 | 第19页 |
| 2.2 项目范围 | 第19-22页 |
| 2.2.1 生化网络概述 | 第19-20页 |
| 2.2.2 项目范围定义 | 第20-21页 |
| 2.2.3 基本流程 | 第21-22页 |
| 2.3 技术平台特点 | 第22-23页 |
| 2.3.1 系统所用主要技术 | 第22-23页 |
| 2.3.2 文献挖掘系统的主要特点 | 第23页 |
| 2.4 本章小结 | 第23-24页 |
| 3 基于本体的生物医学文献分类算法的研究和设计 | 第24-37页 |
| 3.1 背景简介 | 第24页 |
| 3.2 Ontology-based SVM的基本原理 | 第24-28页 |
| 3.2.1 支持向量机 | 第24-26页 |
| 3.2.2 基因本体 | 第26-28页 |
| 3.2.3 疾病本体 | 第28页 |
| 3.3 Ontology-Based SVM的逻辑设计 | 第28-33页 |
| 3.3.1 SVM用于文本分类的原因 | 第28-29页 |
| 3.3.2 Ontology-Based SVM算法框架 | 第29-30页 |
| 3.3.3 Ontology-Based SVM算法详细过程 | 第30-32页 |
| 3.3.4 Ontology-Based SVM伪代码描述 | 第32-33页 |
| 3.4 实验验证 | 第33-36页 |
| 3.4.1 模型数据集 | 第33-34页 |
| 3.4.2 评价指标 | 第34-35页 |
| 3.4.3 实验结果和分析 | 第35-36页 |
| 3.5 本章小结 | 第36-37页 |
| 4 基于HPO的疾病表型与致病基因匹配算法的研究和设计 | 第37-45页 |
| 4.1 背景简介 | 第37页 |
| 4.2 基本原理 | 第37-39页 |
| 4.2.1 人类表型本体 | 第37-38页 |
| 4.2.2 基于HPO的语义相似度计算模型 | 第38-39页 |
| 4.3 基于HPO的临床表型与致病基因匹配模型 | 第39-41页 |
| 4.3.1 通过语义相似性模型计算候选基因过程 | 第40页 |
| 4.3.2 算法的伪代码描述 | 第40-41页 |
| 4.4 实验验证 | 第41-44页 |
| 4.4.1 数据集 | 第41-43页 |
| 4.4.2 评价指标 | 第43页 |
| 4.4.3 结果分析 | 第43-44页 |
| 4.5 本章小结 | 第44-45页 |
| 5 文献挖掘系统的设计与实现 | 第45-59页 |
| 5.1 架构设计 | 第45-49页 |
| 5.1.1 物理架构 | 第45-46页 |
| 5.1.2 逻辑架构 | 第46-49页 |
| 5.2 系统数据库设计 | 第49-52页 |
| 5.3 模块数据集成 | 第52-55页 |
| 5.3.1 生物实体识别模块集成 | 第52-53页 |
| 5.3.2 实体相互关系提取模块数据集成 | 第53-54页 |
| 5.3.3 初级生化网络模块数据集成 | 第54-55页 |
| 5.4 系统软件的实现 | 第55-58页 |
| 5.4.1 文献分类算法的实现 | 第55-56页 |
| 5.4.2 临床表型与致病基因匹配算法的实现 | 第56-57页 |
| 5.4.3 系统部署概要和输入输出的说明 | 第57-58页 |
| 5.5 本章小结 | 第58-59页 |
| 6 工作总结和展望 | 第59-61页 |
| 6.1 工作总结 | 第59-60页 |
| 6.2 工作展望 | 第60-61页 |
| 参考文献 | 第61-63页 |
| 作者简历及攻读硕士/博士学位期间取得的研究成果 | 第63-65页 |
| 学位论文数据集 | 第65页 |
