| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-16页 |
| 引言 | 第16-27页 |
| 1 测序技术 | 第16-17页 |
| ·第一代测序技术 | 第16页 |
| ·第二代测序技术 | 第16-17页 |
| 2 基因组复杂性减少策略 | 第17-18页 |
| ·限制性酶切法 | 第17页 |
| ·目标基因富集法 | 第17-18页 |
| 3 分子标记筛选 | 第18-20页 |
| ·线粒体基因标记 | 第18-19页 |
| ·核基因标记 | 第19页 |
| ·核基因标记的优势 | 第19-20页 |
| 4 虾虎鱼亚目研究现状 | 第20-23页 |
| ·虾虎鱼亚目简介 | 第20-21页 |
| ·虾虎鱼亚目系统发育关系 | 第21-22页 |
| ·虾虎鱼亚目外群选择 | 第22-23页 |
| ·虾虎鱼亚目系统发育存在的争议 | 第23页 |
| 5 本研究的目的和意义 | 第23-24页 |
| 6 本研究创新之处 | 第24-27页 |
| 第一章 基于Illumina高通量测序和靶基因富集技术对虾虎鱼亚目及其外群系统发育关系的研究 | 第27-54页 |
| 1 材料与方法 | 第27-34页 |
| ·实验样本 | 第27页 |
| ·主要试剂及仪器 | 第27-28页 |
| ·实验方法 | 第28-30页 |
| ·基因组DNA提取 | 第28页 |
| ·RNA探针的开发 | 第28页 |
| ·文库的建立 | 第28-29页 |
| ·目标基因富集 | 第29-30页 |
| ·高通量测序 | 第30页 |
| ·数据处理 | 第30-32页 |
| ·序列拼接 | 第30-32页 |
| ·覆盖度和测序深度计算 | 第32页 |
| ·虾虎鱼亚目及其外群系统发育分析 | 第32-33页 |
| ·基因树分析 | 第32-33页 |
| ·物种树分析 | 第33页 |
| ·拓扑结构检验 | 第33页 |
| ·分子钟估算 | 第33-34页 |
| 2 实验结果 | 第34-36页 |
| ·测序结果 | 第34页 |
| ·系统发育分析结果 | 第34-36页 |
| ·虾虎鱼亚目及其外群的系统发育关系 | 第34-35页 |
| ·拓扑结构检验 | 第35-36页 |
| ·虾虎鱼亚目及其各支系的分化时间 | 第36页 |
| 3 讨论 | 第36-39页 |
| ·多个单拷贝核编码基因重建系统发育的优势 | 第36-37页 |
| ·不同建树策略对系统发育分析的影响 | 第37页 |
| ·虾虎鱼亚目外群的选择 | 第37页 |
| ·虾虎鱼亚目及其外群的系统发育关系 | 第37-39页 |
| ·分化时间 | 第39页 |
| 4 小结 | 第39-54页 |
| 第二章 多位点分子标记筛选 | 第54-76页 |
| 1 数据来源 | 第54页 |
| 2 分析方法 | 第54-59页 |
| ·位点筛选指标 | 第54-58页 |
| ·配对距离 | 第55页 |
| ·相对组成变异性 | 第55页 |
| ·Stemminess | 第55-56页 |
| ·系统发育信息量 | 第56-57页 |
| ·分子钟 | 第57-58页 |
| ·一致性检验 | 第58-59页 |
| ·一致树 | 第58页 |
| ·树距离 | 第58-59页 |
| 3 实验结果 | 第59-62页 |
| ·各项指标对建树的影响 | 第59-61页 |
| ·配对距离对建树的影响 | 第59页 |
| ·RCV对建树的影响 | 第59-60页 |
| ·Stemminess对建树的影响 | 第60页 |
| ·PI对建树的影响 | 第60-61页 |
| ·MCL对建树的影响 | 第61页 |
| ·各项指标之间的相互关系 | 第61-62页 |
| 4 讨论 | 第62-63页 |
| 5 小结 | 第63-76页 |
| 总结 | 第76-77页 |
| 参考文献 | 第77-89页 |
| 附录 | 第89-124页 |
| 在校期间的科研情况 | 第124-125页 |
| 致谢 | 第125页 |