| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 第一章 绪论 | 第10-44页 |
| ·烟草概述 | 第10-13页 |
| ·烟草栽培历史 | 第10-11页 |
| ·烟草在制药行业的应用 | 第11-12页 |
| ·烟草的连锁图研究进展 | 第12-13页 |
| ·连锁图研究概述 | 第13-25页 |
| ·分子标记种类及优缺点 | 第13-14页 |
| ·特异引物的PCR标记 | 第13页 |
| ·序列标志位点(Sequence Tagged Sites,STS) | 第13-14页 |
| ·简单重复序列(Simple Sequence Repeat,SSR) | 第14页 |
| ·单核昔酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP) | 第14页 |
| ·连锁图构建方法概述 | 第14-17页 |
| ·连锁图构建的软件概述 | 第17-25页 |
| ·MAPMARKER | 第18页 |
| ·JoinMap(1993-) | 第18-19页 |
| ·DGMAP | 第19页 |
| ·CarthaGene | 第19-20页 |
| ·Neighbour mapping(1997) | 第20页 |
| ·MapManager QTX(2001) | 第20-21页 |
| ·RECORD(2005) | 第21页 |
| ·AntMap(2005-06) | 第21-22页 |
| ·MadMapper(2006-) | 第22页 |
| ·MST_(MAP)(2008-) | 第22-23页 |
| ·THREaD Mapper(2009-) | 第23-25页 |
| ·SNP开发方法概述 | 第25-33页 |
| ·基于杂交的方法 | 第25-26页 |
| ·动力学特异等位基因杂交方法(DASH) | 第25页 |
| ·分子信标 | 第25-26页 |
| ·SNP芯片 | 第26页 |
| ·基于酶切的方法 | 第26-30页 |
| ·基于PCR的方法 | 第26-27页 |
| ·侧翼核酸内切酶 | 第27-28页 |
| ·引物延伸 | 第28-29页 |
| ·5'-核酸酶 | 第29页 |
| ·寡核苷酸链接检测法 | 第29-30页 |
| ·基于DNA性质的方法 | 第30页 |
| ·单链构象多态性 | 第30页 |
| ·温度梯度凝胶电泳 | 第30页 |
| ·基于测序的方法 | 第30-33页 |
| ·概率论方法 | 第31-32页 |
| ·先验基因型概率估计 | 第32-33页 |
| ·基因型分块 | 第33页 |
| ·基于二代测序的简化基因组SNP开发方法研究进展 | 第33-36页 |
| ·基于酶切位点的二代测序方法 | 第34页 |
| ·NGS标记开发和基因分型方法 | 第34页 |
| ·简化基因组测序 | 第34-35页 |
| ·RAD-seq | 第35-36页 |
| ·RAD-seq构建连锁图 | 第36-39页 |
| ·QTL mapping | 第39-41页 |
| ·连锁作图 | 第40页 |
| ·基因定位的实验设计：实验种群VS自然种群 | 第40-41页 |
| ·杂交试验 | 第41页 |
| ·连锁还是关联分析 | 第41页 |
| ·本课题的研究目的和意义 | 第41-44页 |
| 第二章 材料和方法 | 第44-62页 |
| ·群体构建及DNA提取 | 第44-45页 |
| ·群体构建 | 第44页 |
| ·DNA提取 | 第44-45页 |
| ·RAD文库构建及测序 | 第45-48页 |
| ·RAD文库构建方法及步骤 | 第45-47页 |
| ·Illumina测序原理 | 第47-48页 |
| ·数据分析方法 | 第48-62页 |
| ·数据清洗 | 第48-49页 |
| ·SNPcalling方法 | 第49-61页 |
| ·有参考基因组SNP calling | 第49-60页 |
| ·无参考基因组SNP calling | 第60-61页 |
| ·构建连锁图 | 第61-62页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第62-88页 |
| ·PAD测序数据 | 第62-69页 |
| ·SNP calling | 第69-71页 |
| ·有参考基因组的SNP calling | 第69-70页 |
| ·无参考基因组的SNP calling | 第70-71页 |
| ·连锁图 | 第71-77页 |
| ·基于参考基因组的连锁图 | 第71-74页 |
| ·无参考基因组的连锁图 | 第74-77页 |
| ·抗病基因初步定位 | 第77-86页 |
| ·PLINK分析 | 第77页 |
| ·MAPQTL(5.0) | 第77-86页 |
| ·讨论及结论 | 第86-88页 |
| 展望 | 第88-90页 |
| 致谢 | 第90-92页 |
| 参考文献 | 第92-100页 |
| 附录A (攻读学位期间发表论文目录) | 第100页 |
