| 论文摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-10页 |
| 第一章 绪论 | 第10-27页 |
| ·下一代测序技术(next-generation DNA sequencing,NGS) | 第10-18页 |
| ·模板制备 | 第10-12页 |
| ·测序成像 | 第12-18页 |
| ·RNA-Seq技术 | 第18-27页 |
| ·RNA-Seq技术及其优势 | 第20-21页 |
| ·RNA-Seq的挑战 | 第21-24页 |
| ·对转录组学的影响 | 第24-27页 |
| 第二章 小鼠基因注释及转录组研究现状 | 第27-35页 |
| ·小鼠基因百科项目以及国际功能注释大会 | 第27-30页 |
| ·Ensembl小鼠基因注释流程与现状 | 第30-33页 |
| ·定向蛋白质比对 | 第31页 |
| ·相似性比对 | 第31-32页 |
| ·cDNA比对 | 第32页 |
| ·UTR附加 | 第32-33页 |
| ·最终的GeneBuilder处理 | 第33页 |
| ·RNA-Seq技术与小鼠转录组研究 | 第33-35页 |
| 第三章 基于大规模RNA-Seq数据的小鼠转录组全貌和复杂可变剪接调控的研究 | 第35-52页 |
| ·数据来源 | 第35页 |
| ·splice junction的预测与分析 | 第35-39页 |
| ·主要数据库的比较评估及splice junction的预测 | 第36-37页 |
| ·新的junction和已注释junction之间的比较 | 第37-39页 |
| ·转录组重构 | 第39-41页 |
| ·质量控制 | 第39-40页 |
| ·转录组的组装及同源性证据 | 第40-41页 |
| ·更丰富的外显子跨越事件及其显著的特征 | 第41-43页 |
| ·组织间表达的全景图 | 第43-46页 |
| ·差异基因表达和可变剪接分析 | 第46-52页 |
| 第四章 结论 | 第52-54页 |
| 附录 | 第54-58页 |
| 参考文献 | 第58-61页 |
| 后记 | 第61页 |
