| 致谢 | 第1-5页 |
| 摘要 | 第5-8页 |
| ABSTRACT | 第8-17页 |
| 第一章 文献综述 | 第17-45页 |
| 第一节 虾夷扇贝及其养殖概况 | 第17-18页 |
| 一、 虾夷扇贝生物学习性 | 第17页 |
| 二、 国内外养殖概况 | 第17-18页 |
| 第二节 主要海洋污染物及其研究进展 | 第18-21页 |
| 一、 重金属污染物 | 第18-19页 |
| 二、 持久性有机污染物 | 第19-21页 |
| 第三节 镉、铜对双壳类动物的毒作用机制 | 第21-34页 |
| 一、 镉、铜在双壳贝类的体组织累积规律 | 第22-24页 |
| 二、 镉、铜对双壳贝类的氧化损伤及抗氧化防御机制 | 第24-30页 |
| 1. 氧化损伤 | 第24-28页 |
| 2. 抗氧化防御系统 | 第28-30页 |
| 三、 镉、铜对双壳贝类免疫系统的作用 | 第30-34页 |
| 1. 贝类免疫防御机制概述 | 第30-33页 |
| 2. 镉、铜对贝类的免疫损伤研究 | 第33-34页 |
| 第四节 深度测序技术的研究现状及其应用 | 第34-44页 |
| 一、 新一代测序技术 | 第34-38页 |
| 1. 测序技术的发展历史 | 第34页 |
| 2. DNA测序技术原理及其比较 | 第34-37页 |
| 3. 测序技术发展前景 | 第37-38页 |
| 二、 转录组测序技术及其在非模式生物研究中的应用 | 第38-44页 |
| 1. 转录组分析技术平台 | 第38-41页 |
| 2. 转录组分析（RNA-Seq）数据处理流程 | 第41-43页 |
| 3. 转录组测序技术在非模式动物中的研究应用 | 第43-44页 |
| 第五节 本研究的目的及意义 | 第44-45页 |
| 第二章 镉、铜在虾夷扇贝鳃、消化腺组织的累积规律 | 第45-51页 |
| 第一节 材料与方法 | 第45-46页 |
| 一、 实验材料及设备 | 第45页 |
| 二、 实验方法 | 第45-46页 |
| 1. 养殖胁迫实验 | 第45-46页 |
| 2. 镉、铜在虾夷扇贝鳃、消化腺组织中含量的测定 | 第46页 |
| 第二节 镉在虾夷扇贝鳃、消化腺组织的累积规律 | 第46-48页 |
| 一、 实验结果 | 第46-47页 |
| 二、 讨论与分析 | 第47-48页 |
| 第三节 铜在虾夷扇贝鳃、消化腺组织的累积规律 | 第48-51页 |
| 一、 实验结果 | 第48-49页 |
| 二、 讨论与分析 | 第49-51页 |
| 第三章 镉、铜对虾夷扇贝抗氧化防御系统的影响 | 第51-64页 |
| 第一节 材料与方法 | 第51-54页 |
| 一、 实验材料与设备 | 第51页 |
| 二、 实验方法 | 第51-54页 |
| 1. 胁迫实验方法 | 第51页 |
| 2. 样品采集 | 第51页 |
| 3. 总超氧化物歧化酶活力的测定 | 第51-52页 |
| 4. 过氧化氢酶活力测定 | 第52-53页 |
| 5. 谷胱甘肽过氧化物酶活力测定 | 第53-54页 |
| 6. 数据统计分析 | 第54页 |
| 第二节 镉对虾夷扇贝抗氧化防御系统的影响 | 第54-59页 |
| 一、 实验结果 | 第54-56页 |
| 1. 镉对虾夷扇贝鳃、消化腺SOD活性的影响 | 第54页 |
| 2. 镉对虾夷扇贝鳃、消化腺CAT活性的影响 | 第54-55页 |
| 3. 镉对虾夷扇贝鳃、消化腺GPx活性影响 | 第55-56页 |
| 二、 讨论与分析 | 第56-59页 |
| 第三节 铜对虾夷扇贝抗氧化防御系统的影响 | 第59-64页 |
| 一、 实验结果 | 第59-62页 |
| 1. 铜对虾夷扇贝鳃、消化腺SOD活性的影响 | 第59页 |
| 2. 铜对虾夷扇贝鳃、消化腺CAT活性的影响 | 第59页 |
| 3. 铜对虾夷扇贝鳃、消化腺GPx活性的影响 | 第59-62页 |
| 二、 讨论与分析 | 第62-64页 |
| 第四章 虾夷扇贝转录组测序 | 第64-76页 |
| 第一节 材料与方法 | 第64-68页 |
| 一、 主要化学试剂、溶液配方 | 第64页 |
| 二、 主要仪器设备 | 第64页 |
| 三、 实验方法 | 第64-68页 |
| 1. 样本采集 | 第64页 |
| 2. 总RNA提取 | 第64-65页 |
| 3. 转录组测序及数据分析 | 第65-68页 |
| 第二节 结果与讨论 | 第68-76页 |
| 一、 双末端测序和读段的拼接 | 第68-69页 |
| 二、 预测蛋白基因注释 | 第69-72页 |
| 1. GO注释 | 第70页 |
| 2. KOG注释 | 第70-71页 |
| 3. KEGG注释 | 第71-72页 |
| 三、 环境胁迫、免疫相关基因分析 | 第72-76页 |
| 第五章 镉胁迫条件下虾夷扇贝鳃、消化腺基因表达谱分析 | 第76-95页 |
| 第一节 材料与方法 | 第76-81页 |
| 一、 实验材料及仪器设备 | 第76页 |
| 二、 表达谱测序及数据分析 | 第76-79页 |
| 1. mRNA样本的纯化 | 第76页 |
| 2. cDNA文库的构建 | 第76页 |
| 3. 高通量测序 | 第76-77页 |
| 4. 数据分析 | 第77-79页 |
| 三、 荧光实时定量PCR（Realtime-PCR）验证 | 第79-81页 |
| 第二节 结果与讨论 | 第81-95页 |
| 一、 测序数据分析 | 第81页 |
| 二、 镉胁迫条件下虾夷扇贝鳃、消化腺基因表达差异 | 第81-84页 |
| 三、 差异表达基因代谢通路富集性分析 | 第84-94页 |
| 四、 差异表达基因的RT-PCR验证 | 第94-95页 |
| 第六章 铜胁迫条件下虾夷扇贝鳃、消化腺基因表达谱分析 | 第95-119页 |
| 第一节 材料与方法 | 第95页 |
| 一、 实验材料及主要设备 | 第95页 |
| 二、 表达谱测序及数据分析 | 第95页 |
| 三、 荧光实时定量PCR（Realtime-PCR）验证 | 第95页 |
| 第二节 结果与讨论 | 第95-119页 |
| 一、 测序数据分析 | 第95-96页 |
| 二、 铜胁迫条件下虾夷扇贝鳃、消化腺基因表达差异 | 第96-98页 |
| 三、 差异表达基因GO富集性分析 | 第98-111页 |
| 四、 差异表达基因信号通路富集分析及免疫相关基因表达 | 第111-115页 |
| 1. 模式识别受体（PRRs） | 第113-114页 |
| 2. 细胞凋亡（Apoptosis） | 第114页 |
| 3. 溶酶体（lysosome）和C型凝集素（C-type lectin） | 第114-115页 |
| 五、 差异表达基因的RT-PCR验证 | 第115-119页 |
| 主要结论、创新性及研究展望 | 第119-121页 |
| 参考文献 | 第121-139页 |
| 博士期间发表论文和专利情况 | 第139页 |
