基于RNA-Seq技术的国产沉香转录组测序及数字基因表达谱分析
| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 第一章 绪论 | 第10-17页 |
| ·引言 | 第10-12页 |
| ·国产沉香概述 | 第10页 |
| ·人工造香技术 | 第10-11页 |
| ·白木香伤害防御反应 | 第11页 |
| ·沉香物质代谢 | 第11-12页 |
| ·RNA-Seq 技术 | 第12-16页 |
| ·测序技术的发展 | 第12页 |
| ·RNA-Seq 技术的优势 | 第12-15页 |
| ·RNA-Seq 与 DGE 的关系 | 第15页 |
| ·RNA-Seq 技术研究基因的差异表达 | 第15-16页 |
| ·研究内容及意义 | 第16-17页 |
| ·研究内容 | 第16页 |
| ·研究意义 | 第16-17页 |
| 第二章 试验材料与方法 | 第17-27页 |
| ·国产沉香转录组样品的制备与测序 | 第17-19页 |
| ·试验材料 | 第17页 |
| ·试验仪器与试剂 | 第17页 |
| ·试验方法 | 第17-19页 |
| ·国产沉香转录组数据处理 | 第19-20页 |
| ·de novo 组装 | 第19-20页 |
| ·Unigene 的功能注释 | 第20页 |
| ·预测编码蛋白框 CDS | 第20页 |
| ·构建沉香各组织数字基因表达谱 | 第20-21页 |
| ·试验材料 | 第20页 |
| ·试验仪器与试剂 | 第20页 |
| ·试验方法 | 第20-21页 |
| ·国产沉香各组织数字基因表达谱分析流程 | 第21-23页 |
| ·测序评估 | 第21页 |
| ·基因表达量统计及差异表达基因筛选 | 第21-23页 |
| ·沉香倍半萜合成酶基因克隆与分析 | 第23-27页 |
| ·试验材料 | 第24页 |
| ·试验仪器与试剂 | 第24页 |
| ·试验方法 | 第24-27页 |
| 第三章 试验结果与分析 | 第27-60页 |
| ·国产沉香 RNA 的提取及测序质量评估 | 第27-30页 |
| ·RNA 提取质量评估 | 第27页 |
| ·测序产量统计 | 第27-28页 |
| ·讨论 | 第28-29页 |
| ·小结 | 第29-30页 |
| ·国产沉香转录组序列组装及基因功能注释结果 | 第30-42页 |
| ·de novo 组装结果 | 第30-31页 |
| ·基因功能注释结果 | 第31-34页 |
| ·CDS 预测结果 | 第34-35页 |
| ·讨论 | 第35-36页 |
| ·小结 | 第36-42页 |
| ·国产沉香各组织数字基因表达谱分析结果 | 第42-54页 |
| ·测序质量及序列比对统计结果 | 第42-44页 |
| ·测序饱和度分析结果 | 第44页 |
| ·Reads 在参考基因上的分布统计 | 第44页 |
| ·基因覆盖度统计 | 第44-46页 |
| ·差异表达基因筛选 | 第46页 |
| ·差异基因表达模式聚类 | 第46页 |
| ·差异表达基因的 GO 功能显著性富集结果 | 第46-49页 |
| ·差异表达基因的 Pathway 显著性富集分析 | 第49-50页 |
| ·讨论 | 第50-53页 |
| ·小结 | 第53-54页 |
| ·白木香倍半萜合成酶基因的克隆和分析 | 第54-60页 |
| ·全长 ORF 片段的获得 | 第54页 |
| ·As-SesTPS 基因编码蛋白相似性分析 | 第54页 |
| ·As-SesTPS 基因编码蛋白同源性分析 | 第54页 |
| ·As-SesTPS 基因编码蛋白结构与功能预测 | 第54-58页 |
| ·讨论 | 第58-59页 |
| ·小结 | 第59-60页 |
| 第四章 结论与展望 | 第60-63页 |
| ·结论 | 第60-61页 |
| ·转录组测序 | 第60页 |
| ·数字基因表达谱 | 第60-61页 |
| ·As-SesTPS 基因的克隆与分析 | 第61页 |
| ·展望 | 第61-63页 |
| 参考文献 | 第63-67页 |
| 缩写词（Abbreviation） | 第67-69页 |
| 致谢 | 第69-70页 |
| 作者简介 | 第70页 |
| 硕士学习期间发表论文 | 第70页 |
