| 中文摘要 | 第1-14页 |
| 英文摘要 | 第14-17页 |
| 第一章 文献综述 | 第17-74页 |
| 第一节 植原体与植原体病害 | 第17-24页 |
| ·植原体的发现 | 第17页 |
| ·柔膜菌纲原核生物的分类 | 第17-18页 |
| ·分子进化研究与植原体的归属及概念 | 第18-20页 |
| ·植原体的基本形态和超微结构 | 第20-22页 |
| ·植原体的生理特征 | 第22页 |
| ·植原体的传播和移动 | 第22-23页 |
| ·植原体病害症状特点及为害 | 第23-24页 |
| 第二节 植原体的检测与鉴定研究 | 第24-39页 |
| ·显微研究技术 | 第24-28页 |
| ·光学显微技术（Light Microscopy） | 第24-25页 |
| ·荧光显微技术（Fluorescence Microscopy） | 第25-26页 |
| ·透射电镜显微技术（Transmission electron microscopy, TEM） | 第26-28页 |
| ·扫描电镜技术（Scanning electron microscopy） | 第28页 |
| ·细胞化学技术（Cytochemical methods） | 第28页 |
| ·血清学检测技术 | 第28-29页 |
| ·DNA分子杂交技术 | 第29-31页 |
| ·点印迹杂交分析法 | 第29-30页 |
| ·原位杂交 | 第30页 |
| ·Southern杂交／RFLP | 第30-31页 |
| ·PCR技术 | 第31-39页 |
| ·巢式PCR（Nested-PCR） | 第31-32页 |
| ·免疫捕获PCR（Immuno-capture-PCR, IC-PCR） | 第32-33页 |
| ·循环PCR（Recycled PCR） | 第33页 |
| ·原位PCR（In situ PCR） | 第33页 |
| ·竞争PCR（Competitive PCR） | 第33-34页 |
| ·实时荧光定量PCR（Real-time fluorescence quantitative PCR, RTF-PCR） | 第34-39页 |
| 第三节 植原体的分子生物多样性研究 | 第39-66页 |
| ·植原体的遗传多样性研究 | 第39-47页 |
| ·遗传多样性的起源 | 第39-41页 |
| ·遗传多样性的重要性 | 第41-42页 |
| ·遗传多样性的研究方法 | 第42-47页 |
| ·植原体的物种多样性研究 | 第47-64页 |
| ·微生物系统发育多样性的特点 | 第48-49页 |
| ·用于植原体系统发育研究的分子标记 | 第49-55页 |
| ·植原体的分类 | 第55-59页 |
| ·植原体的命名 | 第59-64页 |
| ·植原体的生态多样性 | 第64-66页 |
| ·植原体的地理分布 | 第64页 |
| ·植原体的寄主特异性 | 第64页 |
| ·介体-植原体-寄主的相互关系 | 第64-66页 |
| 第四节 植原体的基因组研究 | 第66-72页 |
| ·植原体基因组主要特性 | 第66-70页 |
| ·植原体基因组大小 | 第66-67页 |
| ·植原体染色体和质粒的主要特征 | 第67-70页 |
| ·植原体的膜蛋白（membrane proteins） | 第70-71页 |
| ·植原体的代谢 | 第71-72页 |
| ·植原体的毒性 | 第72页 |
| 第五节 本研究的目的和总体思路 | 第72-74页 |
| ·研究目的和意义 | 第72-73页 |
| ·研究的总体思路 | 第73-74页 |
| 第二章 实验部分 | 第74-125页 |
| 第一节 云南省植原体病害的种类鉴定 | 第74-87页 |
| ·材料与方法 | 第74-77页 |
| ·植原体病害的采集 | 第74页 |
| ·植原体病害的分子鉴定 | 第74-77页 |
| ·结果与分析 | 第77-86页 |
| ·巢式PCR扩增结果 | 第77页 |
| ·植原体病害症状表现 | 第77-86页 |
| ·小结 | 第86-87页 |
| 第二节 云南省植原体株系系统发育多样性研究 | 第87-94页 |
| ·材料与方法 | 第87-90页 |
| ·材料来源 | 第87页 |
| ·感病植株总DNA的提取和植原体165 rRNA基因PCR扩增 | 第87页 |
| ·PCR产物的克隆和序列测定 | 第87-89页 |
| ·16S rRNA序列系统演化分析 | 第89-90页 |
| ·结果与分析 | 第90-94页 |
| ·重组质粒的筛选 | 第90页 |
| ·云南省植原体株系1651DNA的序列分析 | 第90页 |
| ·云南省植原体株系系统进化树构建及分析 | 第90-94页 |
| ·小结 | 第94页 |
| 第三节 仙人掌丛枝病植原体的遗传多样性研究 | 第94-103页 |
| ·材料与方法 | 第94-97页 |
| ·材料来源 | 第94-95页 |
| ·感病植株总DNA提取 | 第95-96页 |
| ·PCR扩增植原体165 rRNA基因片段 | 第96页 |
| ·巢式PCR扩增产物序列测定和比对 | 第96页 |
| ·计算机模拟1651DNA限制性酶切 | 第96-97页 |
| ·遗传相似系数计算 | 第97页 |
| ·构建遗传系统树状图谱 | 第97页 |
| ·结果与分析 | 第97-103页 |
| ·RFLP电子酶切图谱 | 第97-100页 |
| ·任意两个仙人掌丛枝植原体株系间的遗传相似系数 | 第100-102页 |
| ·29 个仙人掌丛枝植原体株系的系统聚类树状图谱 | 第102页 |
| ·仙人掌丛枝植原体26 号株系的序列分析 | 第102-103页 |
| ·小结 | 第103页 |
| 第四节 植原体实时荧光定量PCR方法的建立及其应用 | 第103-117页 |
| ·材料与方法 | 第104-106页 |
| ·材料来源和选取 | 第104页 |
| ·感病组织总DNA提取 | 第104页 |
| ·感病植原体株系165 rDNA的PCR扩增、产物克隆及序列测定 | 第104页 |
| ·TaqMan探针与引物的设计和合成 | 第104-105页 |
| ·定量PCR标准品和标准曲线的制作 | 第105页 |
| ·实时荧光定量PCR检测及各反应条件的优化 | 第105页 |
| ·实时荧光定量PCR检测植原体的反应体系的建立及应用 | 第105-106页 |
| ·结果与分析 | 第106-116页 |
| ·用于定量PCR的植原体病害的感病组织 | 第106页 |
| ·感病组织不同部位总DNA浓度及用做标准品质粒的浓度 | 第106-107页 |
| ·实时荧光定量PCR各反应条件的优化 | 第107-112页 |
| ·植原体16SrII 组探针的特异性检测 | 第112-113页 |
| ·感病植株中的植原体含量 | 第113-116页 |
| ·小结 | 第116-117页 |
| 第五节 植原体病原形态电镜观察 | 第117-125页 |
| ·材料与方法 | 第117-118页 |
| ·材料来源 | 第117页 |
| ·植物组织超薄切片制备 | 第117-118页 |
| ·电镜观察 | 第118页 |
| ·结果与分析 | 第118-123页 |
| ·植原体的形态 | 第118-121页 |
| ·植原体的发育 | 第121-122页 |
| ·植原体的移动 | 第122-123页 |
| ·小结 | 第123-125页 |
| 第三章 讨论 | 第125-134页 |
| 第一节 云南省植原体病害种类的多样性 | 第125-126页 |
| ·云南省首次报道的植原体病害的多样性 | 第125页 |
| ·国内外首次报道的植原体病害 | 第125-126页 |
| 第二节 云南省植原体株系种类的多样性 | 第126-129页 |
| ·云南省植原体株系的分布特点 | 第126页 |
| ·泡桐丛枝病植原体株系的分类地位 | 第126-127页 |
| ·长春花黄化植株植原体株系的复合侵染 | 第127页 |
| ·我国报道的竹丛枝植原体株系的分类 | 第127页 |
| ·引起桃树植原体病害的植原体株系 | 第127-128页 |
| ·侵染苜蓿的植原体株系 | 第128页 |
| ·不同症状表现的矮牵牛、百合植原体病害 | 第128-129页 |
| ·国外报道的发生在柑橘属植物上的植原体病害 | 第129页 |
| 第三节 云南省仙人掌丛枝病植原体株系的遗传多样性 | 第129-130页 |
| ·仙人掌丛枝植原体26 号株系的系统分类和来源 | 第129-130页 |
| ·云南省仙人掌丛枝病植原体株系的遗传变异 | 第130页 |
| 第四节 实时荧光定量PCR技术检测定量感病组织中的植原体 | 第130-133页 |
| ·技术应用的优点及本研究的特点 | 第130-131页 |
| ·感病组织中植原体的分布与细胞数量比较 | 第131-133页 |
| 第五节 植原体感病组织的电镜观察 | 第133-134页 |
| ·电镜观察植原体的局限性 | 第133页 |
| ·植原体的形态与分类 | 第133-134页 |
| 全文结论与创新点 | 第134-135页 |
| 参考文献 | 第135-150页 |
| 附录1 论文中使用的缩写词及中英文对照 | 第150-153页 |
| 附录2 100 余号疑似植原体病害的症状表现及采集地 | 第153-156页 |
| 附录3 29 个仙人掌丛枝植原体株系在GenBank中的登录号 | 第156-157页 |
| 附录4 实验中常用试剂的配制 | 第157-160页 |
| 致谢 | 第160-161页 |
| 攻读博士学位论文期间发表的学术论文目录及获得的奖励 | 第161页 |
