| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-27页 |
| 1. DNA 分子标记概论 | 第15-21页 |
| ·遗传标记的定义与发展过程 | 第15-16页 |
| ·分子标记的定义 | 第15页 |
| ·遗传标记的发展过程 | 第15-16页 |
| ·几种常见的分子标记 | 第16-19页 |
| ·限制性片段长度多态性(RFLP) | 第16页 |
| ·随机扩增多态 DNA（RAPD） | 第16-17页 |
| ·扩增片段长度多态性(AFLP) | 第17页 |
| ·简单序列重复（SSR） | 第17-18页 |
| ·碱基插入缺失（InDel） | 第18页 |
| ·单核苷酸多态性（SNP） | 第18-19页 |
| ·InDel-RFLP 分子标记的定义及其应用 | 第19-21页 |
| ·InDel-RFLP 分子标记的定义 | 第19-20页 |
| ·InDel-RFLP 分子标记的目的意义及应用 | 第20-21页 |
| 2. DNA 分子标记应用于群体遗传多样性分析 | 第21-22页 |
| ·鱼类的遗传多样性 | 第21页 |
| ·分子标记应用于遗传多样性分析 | 第21-22页 |
| 3. 鱼类遗传连锁图谱的构建及应用 | 第22-24页 |
| ·连锁图谱构建的基础 | 第22页 |
| ·连锁图谱构建的方法 | 第22-23页 |
| ·作图群体 | 第22-23页 |
| ·作图所使用的分子标记 | 第23页 |
| ·作图软件 | 第23页 |
| ·鱼类连锁图谱的应用 | 第23-24页 |
| ·基因的克隆 | 第23页 |
| ·基因定位 | 第23-24页 |
| ·标记辅助育种（Marker-Assisted Selection， MAS） | 第24页 |
| ·比较基因组作图 | 第24页 |
| 4. DNA 分子标记的跨物种使用 | 第24-25页 |
| ·青草鲢鳙“四大家鱼” | 第24-25页 |
| ·InDel-RFLP 分子标记在四大家鱼中的应用 | 第25页 |
| 5. 本论文的研究目的和意义 | 第25-27页 |
| 第二章： 鲢InDel-RFLP 标记开发 | 第27-38页 |
| 1. 材料与方法 | 第27-34页 |
| ·实验材料 | 第27页 |
| ·鲢基因组 DNA 的提取 | 第27-28页 |
| ·鲢基因组1kb 随机片段、2kb 随机片段文库的构建 | 第28-33页 |
| ·基因组DNA 的酶切与连接 | 第28-29页 |
| ·PCR 扩增 | 第29-30页 |
| ·纯化PCR 产物 | 第30页 |
| ·PCR 产物的凝胶回收 | 第30页 |
| ·连接到质粒载体 | 第30-31页 |
| ·电转化 | 第31-32页 |
| ·分别筛选含1kb 目的序列的重组子、含2kb 目的序列的重组子 | 第32页 |
| ·序列测定与分析 | 第32-33页 |
| ·引物设计和PCR 扩增 | 第33-34页 |
| 2. 结果 | 第34-36页 |
| ·鲢基因组DNA 的提取 | 第34页 |
| ·基因组DNA 的酶切 | 第34-35页 |
| ·连接产物进行PCR 扩增 | 第35页 |
| ·1kb 随机片段、2kb 随机片段：分别由PCR 产物凝胶回收获得 | 第35-36页 |
| 3. 讨论 | 第36-38页 |
| ·准确回收特定大小的片段 | 第36页 |
| ·构建2kb 随机片段文库时的严谨性 | 第36-37页 |
| ·正确获得目的片段测序序列 | 第37-38页 |
| 第三章： 遗传多样性分析 | 第38-47页 |
| 1. 材料 | 第38-39页 |
| ·样本来源 | 第38-39页 |
| ·主要分析软件 | 第39页 |
| 2 实验方法 | 第39-40页 |
| ·野生鲢基因组DNA 的提取及质量检测 | 第39页 |
| ·InDel-RFLP 引物扩增野生鲢多态性的检验 | 第39-40页 |
| ·配制PCR 体系 | 第39-40页 |
| ·初步检测 PCR 产物 | 第40页 |
| ·PAGE 电泳 | 第40页 |
| ·InDel-RFLP 数据记录和分析 | 第40页 |
| 3 实验结果 | 第40-45页 |
| ·标记的多态性 | 第40-41页 |
| ·InDel-RFLP 标记在野生鲢群体中的扩增结果 | 第41-45页 |
| 4 讨论 | 第45-47页 |
| ·InDel-RFLP 标记可用于评价鲢野生群体遗传多样性、描述遗传结构 | 第45-46页 |
| ·InDel-RFLP 标记与SSR 标记在遗传多样性分析方面的比较 | 第46-47页 |
| 第四章： InDel-RFLP 标记定位到鲢连锁图谱 | 第47-57页 |
| 1. 材料与方法 | 第47-50页 |
| ·连锁图谱的作图群体 | 第47页 |
| ·DNA 提取 | 第47页 |
| ·主要软件 | 第47-48页 |
| ·InDel-RFLP 分析 | 第48-49页 |
| ·InDel-RFLP 标记选用 | 第48页 |
| ·PCR 扩增 | 第48-49页 |
| ·PAGE 电泳 | 第49页 |
| ·连锁图谱构建 | 第49-50页 |
| ·选择群体分离模式 | 第49页 |
| ·统计分离数据 | 第49-50页 |
| ·连锁分析 | 第50页 |
| 2. 结果 | 第50-55页 |
| ·InDel-RFLP 标记结果 | 第50-52页 |
| ·鲢性别平均连锁图谱的构建 | 第52-55页 |
| 3. 讨论 | 第55-57页 |
| ·InDel-RFLP 标记应用于连锁图谱构建的效果 | 第55-56页 |
| ·InDel-RFLP 标记、SSR 标记、AFLP 标记的综合应用 | 第56-57页 |
| 第五章： 跨物种通用性分析 | 第57-64页 |
| 1. 鲢InDel-RFLP 引物跨物种应用于鳙鱼、草鱼、青鱼 | 第57-59页 |
| ·鳙鱼、草鱼、青鱼自然群体的构建 | 第57-58页 |
| ·DNA 提取 | 第58页 |
| ·InDel-RFLP 在鳙、草鱼、青鱼的跨物种通用分析 | 第58-59页 |
| ·PCR 体系的配制与PCR 扩增 | 第58页 |
| ·PCR 产物的酶切 | 第58页 |
| ·PCR 酶切产物进行PAGE 电泳 | 第58页 |
| ·InDel-RFLP 数据统计及分析 | 第58-59页 |
| 2. 结果 | 第59-63页 |
| ·InDel-RFLP 标记的跨物种可用性 | 第59页 |
| ·InDel-RFLP 标记在鳙、草鱼、青鱼里的具体扩增表现 | 第59-63页 |
| 3. 讨论 | 第63-64页 |
| ·InDel-RFLP 标记在鳙、草鱼、青鱼自然群体里的通用程度 | 第63页 |
| ·鲢与鳙、草鱼、青鱼的亲缘关系的远近 | 第63-64页 |
| 参考文献 | 第64-70页 |
| 致谢 | 第70-71页 |
| 个人简历、在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第71-72页 |
| 附录 | 第72页 |
