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用于引导RNaseP切割HCMV UL54基因mRNA片段的EGS的体外筛选

一 前言第1-20页
 1 核酶的发现及其意义第10-17页
   ·RNase P简介第10-11页
   ·大肠杆菌来源RNase P的组成第11-12页
   ·M1 RNA的高级结构特征第12-13页
   ·M1 RNA与底物的作用模式第13-14页
   ·金属阳离子对M1 RNA体外切割活性的影响第14页
   ·EGS与M1GS第14-16页
   ·DNA-based EGS第16-17页
 2 HCMV简介第17-19页
   ·HCMV的命名第17页
   ·HCMV的病毒学特征第17页
   ·HCMV的感染特点第17-18页
   ·HCMV的致病机制第18页
   ·HCMV的危害第18页
   ·DNA聚合酶UL54基因简介第18-19页
 3 课题意义第19-20页
二 技术路线第20-21页
三 材料和方法第21-41页
 1 主要仪器第21页
 2 实验材料第21-24页
   ·质粒和菌种第21-22页
   ·寡核苷酸片段第22页
   ·主要试剂第22页
   ·其它主要试剂的配方第22-24页
 3 实验方法第24-41页
   ·底物UL54基因片段的选择及转录模板的获得第24-25页
     ·底物UL54基因C片段克隆和D片段克隆的鉴定第24页
     ·底物UL54基因C片段和D片段转录模板的线性化第24-25页
   ·M1 RNA核酶转录模板的获得第25-29页
     ·引物设计第25页
     ·PCR扩增M1 RNA第25-26页
     ·pUC19质粒载体的制备第26页
     ·对M1 RNAPCR产物和载体双酶切、连接第26-27页
     ·制备感受态宿主菌第27页
     ·转化大肠杆菌第27页
     ·转化子的筛选、鉴定和测序第27-28页
     ·pUC19-M1 RNA亚克隆质粒的制备第28页
     ·M1 RNA核酶转录模板的线性化第28页
     ·M1 RNA线性模板的末端平滑处理第28-29页
   ·EGS的设计与体外转录模板的获得第29-32页
     ·RNA-based EGS的获得第29-32页
       ·RNA-based EGS的克隆第29-31页
         ·EGS DNA的合成第29-30页
         ·pUC19质粒载体的制备、双酶切和去磷酸化处理第30页
         ·将含有T7启动子的EGS DNA片段与pUC19载体连接第30页
         ·制备感受态宿主菌第30页
         ·转化第30页
         ·转化子的筛选、鉴定和测序第30-31页
       ·pUC19-EGS克隆质粒的制备第31页
       ·EGS转录模板的线性化第31页
       ·EGS线性模板的末端平滑处理第31-32页
     ·DNA-based EGS的设计与合成第32页
   ·RNA Marker模板的制备第32-33页
     ·确定RNA Marker的材料来源第32-33页
     ·RNA Marker DNA模板的制备第33页
   ·体外转录第33-37页
     ·底物UL54基因小片段的体外转录第33-35页
       ·UL54基因C片段和D片段预转录第33-34页
       ·对UL54基因C片段和D片段进行同位素标记的体外转录第34-35页
     ·M1 RNA核酶的体外转录第35页
     ·EGS的体外转录第35-36页
     ·RNA Marker的体外转录第36页
     ·体外转录产物的检测第36-37页
   ·EGS引导下M1 RNA对底物RNA片段的体外切割实验第37-39页
     ·RNA-based EGS引导下M1 RNA对底物RNA片段的体外切割第37-38页
     ·DNA-based EGS引导下M1 RNA对底物RNA片段的体外切割第38页
     ·不同Mg~(2+)浓度下EGS引导M1 RNA对底物RNA片段体外切割的比较第38-39页
   ·凝胶电泳与同位素扫描第39-41页
     ·凝胶电泳第39-40页
       ·凝胶的制备第39页
       ·电泳条件第39-40页
       ·电泳后处理第40页
     ·压屏处理第40页
     ·同位素扫描第40-41页
四 结果与分析第41-59页
 1 克隆质粒PU54-C和PU54-D的构建与鉴定第41-44页
   ·底物UL54基因小片段的克隆方案第41-43页
   ·PU54-C质粒的双酶切鉴定第43页
   ·PU54-D质粒的双酶切鉴定第43-44页
 2 M1 RNA亚克隆质粒pUC19-M1 RNA的鉴定第44-45页
   ·载体的选择第44-45页
   ·pUC19-M1 RNA克隆质粒的鉴定第45页
 3 pUC19-EGS克隆质粒的鉴定第45-49页
   ·载体的选择第45页
   ·EGS靶位的确定第45-46页
   ·EGS的设计第46-48页
   ·pUC19-EGS克隆质粒的鉴定第48-49页
 4 体外转录结果第49-51页
   ·底物RNA体外转录产物的电泳检测结果第49-50页
   ·M1 RNA核酶体外转录产物的电泳检测结果第50页
   ·各RNA-based EGS体外转录产物的电泳检测结果第50-51页
 5 体外切割产物的电泳检测结果第51-57页
   ·体外切割产物的理论预计第51-52页
   ·体外切割产物电泳检测结果第52-57页
     ·RNA-based EGS引导M1 RNA对底物的切割第52-53页
     ·DNA-based EGS引导M1 RNA对底物的切割第53-55页
     ·DNA-based EGS与RNA-based EGS引导M1 RNA对底物切割的比较第55-56页
     ·不同Mg~(2+)浓度对M1 RNA切割效率的影响第56-57页
 6 EGS的体外筛选第57-59页
五 讨论第59-65页
 1 EGS的设计第59-60页
 2 M1 RNA体外切割活性的影响因素第60-65页
   ·底物片段第60-63页
   ·底物、核酶与EGS的比例第63页
   ·金属阳离子第63-64页
   ·分子热运动第64-65页
六 结论第65-66页
七 附录第66-72页
 附录1 pUC19-M1 RNA重组质粒测序结果(序列+图谱)第66-67页
 附录2 GENEBANK公布M1 RNA基因全序列第67-68页
 附录3 pUC19-T4EGS、pUC19-C6EGS、pUC19-T6EGS、pUC19-T7EGS重组质粒测序结果(序列+图谱)第68-72页
八 参考文献第72-75页
九 致谢第75页

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