| 摘要 | 第1-10页 |
| ABSTRACT | 第10-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-16页 |
| ·课题背景 | 第11-12页 |
| ·国内外研究现状 | 第12-14页 |
| ·国外研究状况 | 第12-13页 |
| ·国内研究状况 | 第13-14页 |
| ·研究内容 | 第14页 |
| ·论文结构 | 第14-16页 |
| 第二章 并行编程模型 | 第16-21页 |
| ·共享存储并行 | 第16-19页 |
| ·POSIX Threads 模型 | 第17页 |
| ·OpenMP | 第17-19页 |
| ·消息传递并行 | 第19-20页 |
| ·消息传递模型的特点 | 第19-20页 |
| ·消息传递模型典型实现—MPI | 第20页 |
| ·小结 | 第20-21页 |
| 第三章 共享存储环境下MPIFORMATDB 并行算法 | 第21-32页 |
| ·共享存储体系结构 | 第21-24页 |
| ·共享存储多处理机 | 第21-22页 |
| ·对称多处理机 | 第22-23页 |
| ·SMP 机群 | 第23-24页 |
| ·mpiformatdb 介绍 | 第24-26页 |
| ·mpiBLAST 软件包 | 第24-25页 |
| ·mpiformatdb 算法 | 第25-26页 |
| ·改进算法 | 第26-27页 |
| ·并行子任务的划分 | 第26页 |
| ·mpiformatdb 并行算法 | 第26-27页 |
| ·程序实现 | 第27-29页 |
| ·测试分析 | 第29-30页 |
| ·小结 | 第30-32页 |
| 第四章 分布存储环境下HMMSEARCH 两级并行算法 | 第32-56页 |
| ·分布存储体系结构 | 第32-36页 |
| ·大规模并行处理机 | 第32-34页 |
| ·机群 | 第34-36页 |
| ·hmmsearch 介绍 | 第36-39页 |
| ·hmmsearch 程序 | 第36-37页 |
| ·并行算法 | 第37-39页 |
| ·改进算法 | 第39-46页 |
| ·任务划分方法 | 第39-42页 |
| ·功能分解 | 第39页 |
| ·域分解 | 第39-42页 |
| ·两级管理者－工作者模型 | 第42-44页 |
| ·基于序列划分策略的两级并行算法 | 第44-45页 |
| ·作业调度算法 | 第45-46页 |
| ·算法分析 | 第46-49页 |
| ·分布存储环境下的时间模型 | 第46-48页 |
| ·LogP 模型 | 第46-47页 |
| ·LogGP 模型 | 第47-48页 |
| ·改进算法性能分析 | 第48-49页 |
| ·程序实现 | 第49-52页 |
| ·最大化数据本地性 | 第49-50页 |
| ·最小化争用 | 第50页 |
| ·计算与通信重叠 | 第50-51页 |
| ·复制数据或计算 | 第51页 |
| ·最优聚合通信操作 | 第51页 |
| ·通信与通信重叠 | 第51页 |
| ·并行文件I/O 技术 | 第51-52页 |
| ·测试分析 | 第52-55页 |
| ·测试 | 第52-54页 |
| ·结果分析 | 第54-55页 |
| ·小结 | 第55-56页 |
| 第五章 网格计算环境下BAC 片段拼接并行算法 | 第56-68页 |
| ·生物网格介绍 | 第56-58页 |
| ·生物网格系统结构 | 第58-60页 |
| ·应用需求分析 | 第58页 |
| ·体系结构 | 第58-60页 |
| ·BAC 片段拼接并行算法 | 第60-61页 |
| ·网格系统部署 | 第61-64页 |
| ·网格系统软件安装 | 第62页 |
| ·计算节点注册与CA 认证 | 第62-63页 |
| ·应用软件部署 | 第63-64页 |
| ·测试分析 | 第64-67页 |
| ·小结 | 第67-68页 |
| 第六章 结束语 | 第68-70页 |
| ·全文工作总结 | 第68-69页 |
| ·理论研究工作 | 第68页 |
| ·工程实践工作 | 第68-69页 |
| ·工作展望 | 第69-70页 |
| 致谢 | 第70-71页 |
| 攻读硕士期间发表的论文 | 第71-72页 |
| 参考文献 | 第72-74页 |