| 摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-15页 |
| 第一章 绪论 | 第15-35页 |
| ·生物信息学研究现状及意义 | 第15-22页 |
| ·生物信息学的定义 | 第15-17页 |
| ·生物信息学的研究任务 | 第17-20页 |
| ·生物信息学的技术支撑 | 第20-22页 |
| ·生物信息学的研究意义 | 第22页 |
| ·蛋白质相互作用网络相似性研究概述 | 第22-32页 |
| ·分子生物学中心法则 | 第22-24页 |
| ·蛋白质组学研究概述 | 第24-25页 |
| ·蛋白质相互作用网络及相关数据库 | 第25-27页 |
| ·疾病与蛋白质相互作用网络 | 第27-29页 |
| ·蛋白质相互作用网络相似性研究的发展、意义及难点 | 第29-32页 |
| ·论文的主要研究内容及创新 | 第32-33页 |
| ·论文的结构 | 第33-34页 |
| ·本章小结 | 第34-35页 |
| 第二章 蛋白质相互作用网络相似的数值研究理论与方法 | 第35-48页 |
| ·问题描述 | 第35-36页 |
| ·蛋白质相互作用网络的相似性 | 第36-41页 |
| ·蛋白质的同源及识别方法 | 第37-38页 |
| ·蛋白质的相互作用 | 第38-39页 |
| ·相似网络及其距离 | 第39-41页 |
| ·实验结果的统计学意义 | 第41-45页 |
| ·随机网络的生成 | 第41-42页 |
| ·假设检验 | 第42-44页 |
| ·统计学意义 | 第44-45页 |
| ·实验结果的生物学意义 | 第45-46页 |
| ·实验结果的可视化 | 第46-47页 |
| ·本章小结 | 第47-48页 |
| 第三章 蛋白质相互作用网络的直接邻居优先算法INPM | 第48-75页 |
| ·引言 | 第48-50页 |
| ·网络节点相似性 | 第50-57页 |
| ·Heymans的节点相似性算法 | 第50-53页 |
| ·幂法 | 第53-55页 |
| ·节点相似算法收敛性 | 第55-57页 |
| ·邻居优先映射法NBM | 第57-58页 |
| ·直接邻居优先算法INPM | 第58-65页 |
| ·INPM的节点相似算法 | 第58-62页 |
| ·INPM节点相似算法收敛性 | 第62-64页 |
| ·INPM程序流程图 | 第64-65页 |
| ·性能测试 | 第65-72页 |
| ·计算精度测试 | 第65-72页 |
| ·计算速度测试 | 第72页 |
| ·本章小结 | 第72-75页 |
| 第四章 INPM的并行算法及其实现 | 第75-94页 |
| ·引言 | 第75页 |
| ·并行计算概述 | 第75-83页 |
| ·工作站机群 | 第76-78页 |
| ·网络并行计算模型 | 第78-79页 |
| ·并行算法设计 | 第79-80页 |
| ·并行计算性能评测 | 第80-83页 |
| ·INPM的并行算法 | 第83-87页 |
| ·本文建立的工作站机群 | 第83-85页 |
| ·INPM的并行解法 | 第85-87页 |
| ·数值算例 | 第87-88页 |
| ·并行计算加速比 | 第87页 |
| ·并行计算效率 | 第87-88页 |
| ·数据集 | 第88-90页 |
| ·实验结果 | 第90-92页 |
| ·实验结果的统计学意义 | 第90页 |
| ·实验结果的生物学意义讨论 | 第90-92页 |
| ·本章小结 | 第92-94页 |
| 第五章 α-synuclein的蛋白质相互作用网络研究 | 第94-108页 |
| ·α-synuclein与帕金森病 | 第94-95页 |
| ·实验设计 | 第95-96页 |
| ·数据来源 | 第96-98页 |
| ·实验结果及分析 | 第98-107页 |
| ·实验结果的统计学意义 | 第101-102页 |
| ·实验结果的生物学意义 | 第102-107页 |
| ·本章小结 | 第107-108页 |
| 第六章 PSE-BioServer:一个基于Web Service技术的生物信息学问题求解平台 | 第108-132页 |
| ·PSE概述 | 第108页 |
| ·网格简介 | 第108-113页 |
| ·网格的发展趋势 | 第109-110页 |
| ·Web Service的主要技术及开发平台 | 第110-112页 |
| ·生物信息学与网格 | 第112-113页 |
| ·基于网格的PSE研究 | 第113-115页 |
| ·基于Web Service的问题求解平台——PSE-BioServer | 第115-120页 |
| ·开发生物网格PSE的意义 | 第115-116页 |
| ·PSE-BioServer的设计思想 | 第116-117页 |
| ·PSE-BioServer的关键技术 | 第117-120页 |
| ·PSE-BioServer的系统结构 | 第120-121页 |
| ·任务的发布与调用 | 第121-122页 |
| ·服务端任务发布 | 第121-122页 |
| ·客户端任务调用 | 第122页 |
| ·PSE-BioServer的性能 | 第122-130页 |
| ·使用SOAP RPC类型服务 | 第122-127页 |
| ·使用带附件的SOAP消息服务 | 第127-128页 |
| ·使用压缩的带附件SOAP消息服务 | 第128-129页 |
| ·服务类型选择 | 第129-130页 |
| ·本章小结 | 第130-132页 |
| 第七章 总结与展望 | 第132-135页 |
| ·总结 | 第132-133页 |
| ·未来研究的展望 | 第133-135页 |
| 参考文献 | 第135-145页 |
| 作者在攻读博士学位期间完成的学术论文和取得的科技成果 | 第145-146页 |
| 作者在攻读博士学位期间参加的科研项目 | 第146-147页 |
| 致谢 | 第147-148页 |
