| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-15页 |
| 第一章 研究背景及意义 | 第15-52页 |
| ·引言 | 第15页 |
| ·生物信息学 | 第15-18页 |
| ·人类基因组计划 | 第15-16页 |
| ·生物信息学在蛋白质化学中的应用 | 第16-18页 |
| ·蛋白质概述 | 第18-27页 |
| ·蛋白质结构与功能的关系 | 第18-21页 |
| ·蛋白质结构测定和相关数据库 | 第21-25页 |
| ·蛋白质结构的实验测定方法 | 第21-22页 |
| ·蛋白质结构的预测方法 | 第22-24页 |
| ·蛋白质结构数据库 | 第24-25页 |
| ·论文中使用的蛋白质简介 | 第25-27页 |
| ·人体缺陷免疫病毒1型蛋白酶 | 第25-26页 |
| ·牙釉蛋白 | 第26页 |
| ·胰岛素样生长因子系统 | 第26-27页 |
| ·生物材料简介及蛋白质在生物材料表面的吸附 | 第27-36页 |
| ·生物材料 | 第27-30页 |
| ·生物材料简介 | 第27-28页 |
| ·生物医用材料发展前景 | 第28-30页 |
| ·蛋白质在生物材料表面的吸附 | 第30页 |
| ·羟基磷灰石 | 第30-36页 |
| ·羟基磷灰石简介 | 第30-32页 |
| ·羟基磷灰石的应用 | 第32-33页 |
| ·羟基磷灰石的元素掺杂 | 第33-34页 |
| ·羟基磷灰石的发展趋势 | 第34-36页 |
| ·蛋白质-蛋白质之间的相互作用 | 第36-42页 |
| ·蛋白质-蛋白质相互作用界面的分类 | 第36-38页 |
| ·单体不能稳定存在和单体稳定存在 | 第37页 |
| ·瞬时相互作用和永久相互作用 | 第37页 |
| ·具有生物功能的和不具有生物功能的 | 第37页 |
| ·专一的、选择性的和非特异性的 | 第37-38页 |
| ·蛋白质-蛋白质相互作用界面的特征 | 第38-41页 |
| ·几何学特性 | 第38-39页 |
| ·理化特性 | 第39-41页 |
| ·蛋白质-蛋白质相互作用主要应用概况 | 第41-42页 |
| ·蛋白质相互作用界面预测和分子对接 | 第41页 |
| ·蛋白质之间相互作用的研究意义和发展前景 | 第41-42页 |
| ·本论文的主要工作 | 第42-44页 |
| 参考文献 | 第44-52页 |
| 第二章 分子模拟计算方法 | 第52-77页 |
| ·引言 | 第52-53页 |
| ·分子模拟相关 | 第53-59页 |
| ·分子力场 | 第53-56页 |
| ·周期边界条件 | 第56-57页 |
| ·统计系综 | 第57-59页 |
| ·MD模拟方法 | 第59-62页 |
| ·基本原理 | 第59-61页 |
| ·MD中的周期边界条件与势能截断 | 第61页 |
| ·分子动力学的模拟流程 | 第61-62页 |
| ·模型建立 | 第61-62页 |
| ·给定初始条件 | 第62页 |
| ·平衡计算 | 第62页 |
| ·物理量的统计与分析 | 第62页 |
| ·操控式分子动力学模拟 | 第62-64页 |
| ·量子化学计算 | 第64-71页 |
| ·ab initio算法 | 第65-66页 |
| ·MΦller-Plesset方法 | 第66-67页 |
| ·密度泛函理论方法 | 第67-69页 |
| ·托马斯-费米理论 | 第67-68页 |
| ·霍恩伯格-科恩定理 | 第68-69页 |
| ·基组含义及选择规则 | 第69-71页 |
| ·Gaussian03程序的内存基组 | 第69-70页 |
| ·基组的选择规则 | 第70-71页 |
| 参考文献 | 第71-77页 |
| 第三章 HIV-1蛋白酶在外界扰动下的稳定性研究 | 第77-96页 |
| ·引言 | 第77-79页 |
| ·模拟方法 | 第79-81页 |
| ·结果与讨论 | 第81-90页 |
| ·MD模拟结果 | 第81-83页 |
| ·SMD模拟结果 | 第83-87页 |
| ·域分析结果 | 第87-90页 |
| ·本章小结 | 第90-92页 |
| 参考文献 | 第92-96页 |
| 第四章 富亮氨酸牙釉蛋白在羟基磷灰石(001)晶面的吸附情况研究 | 第96-115页 |
| ·引言 | 第96-97页 |
| ·模拟方法 | 第97-99页 |
| ·结果与讨论 | 第99-108页 |
| ·平衡吸附 | 第99-100页 |
| ·外力作用下的吸附-脱附行为研究 | 第100-108页 |
| ·SMD模拟参数的确定 | 第100-102页 |
| ·SMD结果 | 第102-103页 |
| ·吸附体系 | 第103-106页 |
| ·脱附体系 | 第106-107页 |
| ·比较分析 | 第107-108页 |
| ·本章小结 | 第108-109页 |
| 参考文献 | 第109-115页 |
| 第五章 羟基磷灰石表面硅掺杂对蛋白质吸附行为的影响 | 第115-141页 |
| ·引言 | 第115-117页 |
| ·模拟方法 | 第117-121页 |
| ·结果与讨论 | 第121-132页 |
| ·平衡吸附 | 第121-124页 |
| ·外力作用下的吸附-脱附行为 | 第124-132页 |
| ·吸附体系 | 第125-127页 |
| ·脱附体系 | 第127-129页 |
| ·硅掺杂羟基磷灰石的屏蔽作用 | 第129-132页 |
| ·本章小结 | 第132-134页 |
| 参考文献 | 第134-141页 |
| 第六章 IGF-I在IGFBP4表面的识别以及稳定性研究 | 第141-171页 |
| ·引言 | 第141-145页 |
| ·模拟方法 | 第145-147页 |
| ·结果与讨论 | 第147-164页 |
| ·定点突变前体系(初始体系) | 第147-153页 |
| ·平衡结合状态 | 第147-149页 |
| ·结合位点 | 第149-153页 |
| ·定点突变后体系 | 第153-164页 |
| ·平衡结合状态 | 第153-156页 |
| ·结合位点 | 第156-163页 |
| ·比较分析 | 第163-164页 |
| ·本章小结 | 第164-166页 |
| 参考文献 | 第166-171页 |
| 第七章 总结与展望 | 第171-174页 |
| ·工作小结 | 第171-172页 |
| ·展望 | 第172-174页 |
| 博士期间发表论文 | 第174-175页 |
| 致谢 | 第175页 |
