| 中文摘要 | 第1-10页 |
| ABSTRACT | 第10-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-47页 |
| 1 家养动物遗传资源现状及多样性保护意义 | 第13-16页 |
| ·世界家养动物遗传资源现状 | 第13-14页 |
| ·中国家养动物遗传资源现状 | 第14-15页 |
| ·家养动物遗传资源保护意义 | 第15-16页 |
| 2 家养动物遗传结构研究中常用的分子标记 | 第16-21页 |
| ·线粒体DNA | 第16-18页 |
| ·Y染色体DNA | 第18-19页 |
| ·核基因组DNA—微卫星标记 | 第19-20页 |
| ·核基因组DNA—基因组SNP标记 | 第20-21页 |
| 3 DNA序列分析的基本数学模型 | 第21-24页 |
| ·遗传多样性的统计量 | 第21-22页 |
| ·基因进化过程中的核苷酸替代数学模型 | 第22-24页 |
| 4 中国黄牛种质资源现状 | 第24-28页 |
| ·中国黄牛品种及地理分布 | 第24-25页 |
| ·中国黄牛DNA水平上的遗传多样性研究 | 第25-28页 |
| 5 黄牛种的起源驯化 | 第28-36页 |
| ·现代家养黄牛的起源 | 第28-29页 |
| ·现代家养黄牛的驯化地点 | 第29-31页 |
| ·驯化后群体的地理扩散及基因流 | 第31-34页 |
| ·中国黄牛的起源驯化 | 第34-36页 |
| 6 世界黄牛种母系组成及地理区域分布 | 第36-41页 |
| ·系统发生关系研究中单倍型组分类标准 | 第36-37页 |
| ·世界黄牛种母系组成及地理区域分布 | 第37-40页 |
| ·线粒体基因组全序列及大规模数据分析的必要性 | 第40-41页 |
| 7 线粒体DNA序列变异与生产性能的关联性研究 | 第41-44页 |
| ·与产乳性状的相关性 | 第41-42页 |
| ·与生长性状的相关性 | 第42页 |
| ·与屠宰性状的相关性 | 第42-43页 |
| ·与繁殖性状的相关性 | 第43-44页 |
| 8 本文目的意义及研究内容 | 第44-47页 |
| 第二章 基于线粒体基因组全序列剖分世界普通牛种母系组成 | 第47-77页 |
| 1 引言 | 第47页 |
| 2 材料与方法 | 第47-56页 |
| ·样本采集 | 第47-50页 |
| ·主要仪器及试剂 | 第50-51页 |
| ·试验方法 | 第51-55页 |
| ·数据分析 | 第55-56页 |
| 3 试验结果 | 第56-62页 |
| ·普通牛线粒体基因组全序列碱基组成 | 第56页 |
| ·普通牛线粒体基因组全序列变异位点 | 第56页 |
| ·普通牛系统发生关系—NJ树 | 第56-58页 |
| ·普通牛线粒体DNA单倍型组分类系统重建—遗传关系网络图 | 第58-62页 |
| 4 分析与讨论 | 第62-75页 |
| ·黄牛种线粒体基因组碱基组成 | 第62-63页 |
| ·黄牛种线粒体基因组变异位点分布及遗传多样度 | 第63-64页 |
| ·世界黄牛系统发生关系 | 第64-70页 |
| ·T3单倍型组的进一步剖分 | 第70-74页 |
| ·中国黄牛单倍型组成(T1的出现) | 第74-75页 |
| 5 结论 | 第75-77页 |
| 第三章 基于大规模数据研究普通牛种各单倍型组遗传特征及地理区域分布模式 | 第77-109页 |
| 1 引言 | 第77页 |
| 2 材料与方法 | 第77-79页 |
| ·样本来源及地理区域分布 | 第77页 |
| ·数据分析 | 第77-79页 |
| 3 试验结果 | 第79-96页 |
| ·黄牛线粒体DNA控制区序列分类及遗传多样度 | 第79页 |
| ·T16119单倍型组的遗传网络结构 | 第79-83页 |
| ·T16122单倍型组的遗传网络结构 | 第83页 |
| ·T1单倍型组的遗传网络结构 | 第83-88页 |
| ·T2单倍型组的遗传网络结构 | 第88页 |
| ·T4单倍型组的遗传网络结构 | 第88-91页 |
| ·普通牛种各单倍型组的地理区域分布 | 第91-95页 |
| ·中国黄牛不同地理区域间的分子方差分析 | 第95-96页 |
| ·单一品种内单倍型组的分布—实例研究(Case study) | 第96页 |
| 4 结果分析与讨论 | 第96-107页 |
| ·各单倍型组出现频率及遗传多样度 | 第96-97页 |
| ·不同单倍型组的群体历史动态特征 | 第97-102页 |
| ·不同单倍型组的地理区域分布 | 第102-104页 |
| ·中国黄牛的地理区域结构 | 第104-107页 |
| 5 结论 | 第107-109页 |
| 第四章 线粒体ATPASE 6和ATPASE 8基因SNPS检测及其与泌乳性状的关联性分析 | 第109-125页 |
| 1 引言 | 第109页 |
| 2 材料与方法 | 第109-112页 |
| ·样本采集 | 第109页 |
| ·试验数据收集和测定 | 第109-110页 |
| ·主要仪器及试剂 | 第110页 |
| ·试验方法 | 第110-111页 |
| ·数据分析 | 第111-112页 |
| 3 试验结果 | 第112-117页 |
| ·变异位点及单倍型分布 | 第112-113页 |
| ·单倍型频率分布 | 第113页 |
| ·各生产性状的方差分析 | 第113-114页 |
| ·不同单倍型对各泌乳性状的遗传效应分析 | 第114-115页 |
| ·不同牛场对各泌乳性状的影响 | 第115页 |
| ·不同胎次对各泌乳性状的影响 | 第115-117页 |
| 4 结果分析与讨论 | 第117-123页 |
| ·线粒体DNA多态性对重要经济性状的影响 | 第117-118页 |
| ·关联性分析时所需样本含量的问题 | 第118-119页 |
| ·不同ATP酶基因单倍型对荷斯坦奶牛泌乳性状的影响 | 第119-122页 |
| ·影响荷斯坦奶牛泌乳性能的非遗传因素 | 第122-123页 |
| 5 结论 | 第123-125页 |
| 第五章 小结 | 第125-127页 |
| ·本研究的主要结论 | 第125页 |
| ·本研究的主要创新点 | 第125页 |
| ·需进一步的研究工作 | 第125-127页 |
| 参考文献(REFERENCE) | 第127-140页 |
| 致谢 | 第140-141页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第141-142页 |
| 附件 | 第142-144页 |
