| 附表 | 第5-6页 |
| 摘要 | 第6-7页 |
| abstract | 第7页 |
| 英文缩略表 | 第11-12页 |
| 第一章 引言 | 第12-18页 |
| 1.1 染色体片段渐渗系(Chromosome Segment Substitution Lines) | 第12-13页 |
| 1.1.1 染色体片段渐渗系的概念和特点 | 第12-13页 |
| 1.1.2 染色体片段渐渗系的应用 | 第13页 |
| 1.2 混合分组分析结合转录组测序(BSR) | 第13-14页 |
| 1.2.1 概念 | 第13-14页 |
| 1.2.2 混合分组分析结合转录组测序的应用 | 第14页 |
| 1.3 测序技术的发展 | 第14-15页 |
| 1.3.1 第一代测序技术 | 第14页 |
| 1.3.2 第二代测序技术 | 第14-15页 |
| 1.3.3 第三代测序技术 | 第15页 |
| 1.4 棉花纤维发育过程 | 第15-16页 |
| 1.4.1 纤维起始期 | 第15页 |
| 1.4.2 纤维伸长期 | 第15页 |
| 1.4.3 过渡期 | 第15-16页 |
| 1.4.4 纤维次生壁加厚期 | 第16页 |
| 1.4.5 纤维成熟期 | 第16页 |
| 1.5 棉花纤维长度和强度性状研究进展 | 第16页 |
| 1.6 本研究的目的和意义 | 第16-18页 |
| 第二章 试验材料与方法 | 第18-26页 |
| 2.1 纤维长度和强度相关基因挖掘的试验材料与方法 | 第18-23页 |
| 2.1.1 亲本材料 | 第18页 |
| 2.1.2 试验单株的挑选 | 第18页 |
| 2.1.3 试验亲本、单株和株行的培育 | 第18页 |
| 2.1.4 纤维品质鉴定 | 第18-19页 |
| 2.1.5 RNA纤维取样 | 第19页 |
| 2.1.6 样品RNA的提取、检测及混合 | 第19-20页 |
| 2.1.7 RNA建库测序 | 第20-21页 |
| 2.1.8 差异表达基因分析 | 第21页 |
| 2.1.9 新基因的发现 | 第21-22页 |
| 2.1.10 关联分析 | 第22页 |
| 2.1.11 基因功能注释 | 第22页 |
| 2.1.12 qRT-PCR方法测定基因表达量 | 第22-23页 |
| 2.2 重要基因克隆的试验材料与方法 | 第23-26页 |
| 2.2.1 试验材料 | 第23页 |
| 2.2.2 试验所用仪器及试剂 | 第23页 |
| 2.2.3 RNA提取及基因克隆 | 第23-24页 |
| 2.2.4 目的基因与克隆载体相连 | 第24-25页 |
| 2.2.5 目的基因的转化及目的基因的验证 | 第25-26页 |
| 第三章 结果与分析 | 第26-54页 |
| 3.1 BSR混池单株和株行30 铃纤维长度和强度数据分析 | 第26页 |
| 3.2 测序质量分析 | 第26-27页 |
| 3.3 差异表达基因分析 | 第27-30页 |
| 3.4 差异表达基因功能注释分析 | 第30-39页 |
| 3.4.1 GO功能注释分析 | 第30-34页 |
| 3.4.2 KEGG pathway功能注释分析 | 第34-39页 |
| 3.5 新基因的发现及其注释信息 | 第39-41页 |
| 3.6 候选基因的筛选 | 第41-49页 |
| 3.7 qRT-PCR结果分析 | 第49-50页 |
| 3.8 重要基因的克隆及序列分析 | 第50-54页 |
| 3.8.1 Gh_A07G0837理化性质的分析 | 第50-51页 |
| 3.8.2 Gh_A07G0837亚细胞定位预测分析 | 第51页 |
| 3.8.3 Gh_A07G0837亲水性/疏水性分析 | 第51-52页 |
| 3.8.4 Gh_A07G0837二级结构预测分析 | 第52页 |
| 3.8.5 Gh_A07G0837三级结构预测分析 | 第52-54页 |
| 第四章 讨论 | 第54-57页 |
| 4.1 材料的选择 | 第54页 |
| 4.2 差异表达基因、新基因和区间内基因的功能注释 | 第54-55页 |
| 4.3 区间内的三个重要基因 | 第55-56页 |
| 4.4 克隆基因序列分析 | 第56-57页 |
| 第五章 全文结论 | 第57-58页 |
| 参考文献 | 第58-63页 |
| 附录 | 第63-66页 |
| 致谢 | 第66-67页 |
| 作者简历 | 第67页 |
