| 中文摘要 | 第4-5页 |
| 英文摘要 | 第5-13页 |
| 第1章 前言 | 第13-22页 |
| 1.1 慢性乙型肝炎简介 | 第13-17页 |
| 1.1.1 乙型肝炎病毒概述 | 第13页 |
| 1.1.2 慢性乙型肝炎流行病学和预防 | 第13-15页 |
| 1.1.2.1 慢性乙型肝炎流行病学 | 第13-15页 |
| 1.1.2.2 慢性乙型肝炎预防 | 第15页 |
| 1.1.3 慢性乙型肝炎发病机制 | 第15-16页 |
| 1.1.4 慢性乙型肝炎治疗现状 | 第16-17页 |
| 1.2 肠道菌群简介 | 第17-22页 |
| 1.2.1 肠道微生态的概念 | 第17-18页 |
| 1.2.2 肠道微生态研究方法 | 第18-20页 |
| 1.2.2.1 肠道菌群鉴定方法 | 第18-19页 |
| 1.2.2.2 宏基因组学和高通量测序 | 第19-20页 |
| 1.2.3 肠道菌群与慢性乙型肝炎之间的相互作用关系 | 第20-22页 |
| 第2章 材料与方法 | 第22-37页 |
| 2.1 试剂及关键仪器 | 第22-23页 |
| 2.1.1 主要试剂 | 第22页 |
| 2.1.2 关键仪器 | 第22-23页 |
| 2.2 方法 | 第23-37页 |
| 2.2.1 研究设计 | 第23页 |
| 2.2.2 入选标准和排除标准 | 第23-24页 |
| 2.2.3 基线评估 | 第24-25页 |
| 2.2.4 乙肝病毒标志物检测和临床指标 | 第25-29页 |
| 2.2.4.1 PCR-荧光探针法测定HBV DNA | 第25-27页 |
| 2.2.4.2 ELISA法测定HBeAg | 第27-29页 |
| 2.2.5 肠道菌群的评估和分析 | 第29-35页 |
| 2.2.5.1 粪便细菌基因组DNA的提取 | 第29-31页 |
| 2.2.5.2 粪便细菌基因组的16S rDNA高通量测序 | 第31-35页 |
| 2.2.6 微生物组数据集中的成分数据行参数估计和逻辑回归的变量选择 | 第35-36页 |
| 2.2.7 统计分析 | 第36-37页 |
| 第3章 结果及分析 | 第37-59页 |
| 3.1 研究对象入组情况 | 第37页 |
| 3.2 各组患者16S rDNA高通量测序结果 | 第37-56页 |
| 3.2.1 原始数据质控 | 第37-38页 |
| 3.2.2 OTU结果统计及稀释曲线分析 | 第38-43页 |
| 3.2.2.1 拼接序列统计 | 第38-39页 |
| 3.2.2.2 Rarefaction稀释曲线 | 第39-40页 |
| 3.2.2.3 Shannon-Wiener曲线 | 第40-41页 |
| 3.2.2.4 Simpson稀释曲线 | 第41-42页 |
| 3.2.2.5 样品OTU分布Venn图 | 第42-43页 |
| 3.2.3 样本物种组成成分分析 | 第43-44页 |
| 3.2.4 α-多样性分析 | 第44页 |
| 3.2.5 ANOSIM相似性分析 | 第44-45页 |
| 3.2.6 β-多样性分析 | 第45-48页 |
| 3.2.6.1 PCA分析 | 第45-46页 |
| 3.2.6.2 PCoA分析 | 第46-47页 |
| 3.2.6.3 NMDS分析 | 第47-48页 |
| 3.2.7 样本及物种聚类分析 | 第48-52页 |
| 3.2.7.1 样本及物种聚类热图 | 第48-49页 |
| 3.2.7.2 样本无聚类热图 | 第49-50页 |
| 3.2.7.3 样本菌群结构聚类 | 第50-51页 |
| 3.2.7.4 样本无菌群结构聚类 | 第51-52页 |
| 3.2.8 样本菌群总览图 | 第52-53页 |
| 3.2.9 物种差异分析 | 第53-54页 |
| 3.2.10 功能分析 | 第54-56页 |
| 3.2.10.1 KEGG代谢通路分析 | 第54-55页 |
| 3.2.10.2 COG分析 | 第55-56页 |
| 3.3 筛选出的OTUs的估算系数和统计学特征 | 第56-59页 |
| 第4章 讨论 | 第59-62页 |
| 参考文献 | 第62-67页 |
| 英文缩略词表 | 第67-68页 |
| 致谢 | 第68-69页 |
| 附件材料 | 第69-71页 |
| 研究生期间发表的学术论文 | 第71页 |
