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巴西橡胶树单染色体显微分离及其8号染色体高通量测序的初步研究

摘要第5-7页
Abstract第7-8页
1 引言第11-23页
    1.1 染色体显微分离克隆技术第11-13页
        1.1.1 染色体显微分离克隆技术的概念及意义第11页
        1.1.2 染色体显微分离克隆技术的方法及特点第11-13页
        1.1.3 染色体显微分离克隆技术的发展及应用第13页
    1.2 染色体体外扩增的方法第13-17页
        1.2.1 接头引物PCR法(LA-PCR)第13-15页
        1.2.2 简并寡聚核苷酸引物PCR法(DOP-PCR)第15页
        1.2.3 单细胞全基因组扩增(SWGA)第15-17页
    1.3 染色体鉴定第17-18页
        1.3.1 southern杂交鉴定第17页
        1.3.2 FISH杂交鉴定第17-18页
        1.3.3 核型分析鉴定第18页
    1.4 高通量测序研究进展第18-20页
    1.5 林木植物及热带植物单染色体研究现状第20-21页
    1.6 本研究的目的意义及技术路线第21-23页
        1.6.1 研究的目的意义第21-22页
        1.6.2 技术路线第22-23页
2 材料与方法第23-33页
    2.1 试验材料第23页
        2.1.1 试验材料第23页
        2.1.2 试验试剂第23页
        2.1.3 试验的主要仪器第23页
    2.2 试验方法第23-33页
        2.2.1 染色体标本的制备第23-25页
        2.2.2 染色体的显微分离第25-26页
        2.2.3 单染色体的体外扩增第26-27页
        2.2.4 琼脂糖凝胶电泳检测第27页
        2.2.5 巴西橡胶树基因组DNA的提取第27-28页
        2.2.6 Southern杂交验证第28-31页
        2.2.7 FISH验证第31-32页
        2.2.8 高通量测序第32-33页
3 结果与分析第33-51页
    3.1 适于分离巴西橡胶树单染色体标本制备方法的优化第33页
    3.2 巴西橡胶树单染色体的显微分离第33-35页
    3.3 单染色体DNA体外单细胞全基因组扩增结果第35-36页
    3.4 单染色体扩增产物的鉴定第36-39页
        3.4.1 巴西橡胶树热研7-33-97基因组DNA提取第36-37页
        3.4.2 单染色体第二轮单细胞全基因组MALBAC-PCR产物的Southern杂交分析第37-38页
        3.4.3 单染色体第二轮单细胞全基因组MALBAC-PCR产物的FISH杂交验证第38-39页
    3.5 巴西橡胶树热研7-33-97第8号染色体的高通量测序第39-51页
        3.5.1 热研7-33-97第8号染色体MALBAC-PCR第二轮扩增产物质量检测第39-40页
        3.5.2 热研7-33-97第8号染色体MALBAC-PCR第二轮扩增产物高通量测序一重过滤数据的处理及质控第40-42页
        3.5.3 热研7-33-97第8号染色体MALBAC-PCR第二轮扩增产物高通量测序双重过滤数据的比对及质控第42-43页
        3.5.4 热研7-33-97第8号染色体变异检测第43-45页
        3.5.5 热研7-33-97第8号染色体clean reads在线BLAST比对第45-51页
4 讨论第51-55页
    4.1 关于显微分离方法的选择第51页
    4.2 关于橡胶树单染色体体外扩增方法的选择第51-52页
    4.3 关于全基因组扩增技术的选择第52页
    4.4 关于对亿康基因公司单细胞全基因组扩增试剂盒的优化第52-53页
    4.5 关于序列分析结果的讨论第53-55页
5 结论第55-56页
参考文献第56-68页
附录Ⅰ第68-71页
附录Ⅱ第71-72页
致谢第72页

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