甘蓝型油菜幼苗期镉积累性状的全基因组关联分析
| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-10页 |
| 缩略语表 | 第11-12页 |
| 1 文献综述 | 第12-34页 |
| 1.1 重金属镉 | 第12页 |
| 1.2 镉污染及治理 | 第12-14页 |
| 1.3 植物吸收镉的差异及其价值 | 第14-16页 |
| 1.3.1 不同植物吸收镉的差异 | 第14-15页 |
| 1.3.2 功能油菜与重金属镉 | 第15-16页 |
| 1.4 植物对镉离子的吸收转运与存储机制 | 第16-22页 |
| 1.4.1 镉离子的吸收 | 第17-19页 |
| 1.4.2 镉离子的转运 | 第19-20页 |
| 1.4.3 镉离子在细胞内的螯合 | 第20-22页 |
| 1.4.3.1 植物螯合肽 | 第20-21页 |
| 1.4.3.2 金属硫蛋白 | 第21-22页 |
| 1.5 关联分析以及在作物研究中的应用 | 第22-32页 |
| 1.5.1 关联分析原理 | 第22-23页 |
| 1.5.2 关联分析基本方法 | 第23-24页 |
| 1.5.2.1 候选基因关联分析 | 第23-24页 |
| 1.5.2.2 全基因组关联分析 | 第24页 |
| 1.5.3 关联分析挖掘油菜功能位点 | 第24-30页 |
| 1.5.4 关联分析在育种中的应用 | 第30-32页 |
| 1.5.5 关联分析在重金属镉研究中的应用 | 第32页 |
| 1.6 本研究的研究目的与意义 | 第32-34页 |
| 2 材料与方法 | 第34-45页 |
| 2.1 试验材料与技术路线 | 第34页 |
| 2.2 镉积累性状考察 | 第34-36页 |
| 2.3 表型数据分析 | 第36页 |
| 2.4 群体结构和亲缘关系分析 | 第36-37页 |
| 2.5 全基因组关联分析 | 第37-38页 |
| 2.6 候选基因预测 | 第38页 |
| 2.7 转录组分析 | 第38-43页 |
| 2.7.1 转绿组测序过程 | 第39-40页 |
| 2.7.1.1 样品检测 | 第39页 |
| 2.7.1.2 文库构建 | 第39页 |
| 2.7.1.3 文库质控 | 第39页 |
| 2.7.1.4 上机测序 | 第39-40页 |
| 2.7.2 转绿组生物信息分析 | 第40-43页 |
| 2.7.2.1 测序数据及其质量控制 | 第40-41页 |
| 2.7.2.2 转绿组文库质量评价 | 第41页 |
| 2.7.2.3 测序数据与参考基因组序列比对 | 第41页 |
| 2.7.2.4 基因结构优化及新基因预测 | 第41-42页 |
| 2.7.2.5 基因表达量分析 | 第42页 |
| 2.7.2.6 差异基因功能注释和富集分析 | 第42-43页 |
| 2.8 候选基因的qRT-PCR分析 | 第43-45页 |
| 2.8.1 RNA提取及cDNA合成 | 第43-44页 |
| 2.8.2 定量PCR | 第44-45页 |
| 3 结果与分析 | 第45-75页 |
| 3.1 镉积累性状的遗传变异 | 第45-50页 |
| 3.2 关联分析模型选择 | 第50页 |
| 3.3 镉积累性状的全基因组关联分析 | 第50-58页 |
| 3.4 镉积累候选基因分析 | 第58-59页 |
| 3.5 候选基因的RT-PCR验证的比较 | 第59-62页 |
| 3.6 镉胁迫的转录组分析 | 第62-75页 |
| 3.6.1 RNA-seq数据分析 | 第63页 |
| 3.6.2 差异表达基因鉴定 | 第63-67页 |
| 3.6.3 差异表达基因的功能注释和富集分析 | 第67-68页 |
| 3.6.4 差异基因分析 | 第68-75页 |
| 4 讨论 | 第75-83页 |
| 4.1 镉胁迫与镉积累基因型差异 | 第75-77页 |
| 4.2 镉积累性状的全基因组关联分析 | 第77-78页 |
| 4.3 镉积累相关候选基因 | 第78-80页 |
| 4.4 GWAS加转录组分析挖掘复杂性状候选基因 | 第80-81页 |
| 4.5 小结和下一步研究计划 | 第81-83页 |
| 参考文献 | 第83-101页 |
| 附表 | 第101-113页 |
| 附录Ⅰ 转录组测序数据质控信息 | 第113-115页 |
| 附录Ⅱ 作者简介、在读期间发表论文 | 第115-116页 |
| 致谢 | 第116-117页 |
