| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 缩略词 | 第9-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-34页 |
| 1.1 表观基因组学的研究进展 | 第12-24页 |
| 1.1.1 染色质开放区域的检测及相关研究进展 | 第13-16页 |
| 1.1.2 组蛋白修饰和变体的研究进展 | 第16-19页 |
| 1.1.3 非编码RNA的研究进展 | 第19-21页 |
| 1.1.4 DNA甲基化的研究进展 | 第21-23页 |
| 1.1.5 染色质相互作用的研究进展 | 第23-24页 |
| 1.2 转录组学研究进展 | 第24-26页 |
| 1.3 表观基因组数据整合和染色质状态分析 | 第26-30页 |
| 1.4 拟南芥响应黑暗胁迫研究进展 | 第30-33页 |
| 1.5 研究目的及意义 | 第33-34页 |
| 第二章 材料与方法 | 第34-40页 |
| 2.1 拟南芥表观基因组数据收集与处理 | 第34-36页 |
| 2.1.1 数据收集 | 第34页 |
| 2.1.2 数据处理与过滤 | 第34-36页 |
| 2.2 黑暗胁迫下拟南芥表观基因组数据集成分析 | 第36-40页 |
| 2.2.1 实验材料的培养和处理 | 第36页 |
| 2.2.2 表型观察及生理指标测定 | 第36-37页 |
| 2.2.3 高通量测序数据获取和处理 | 第37-39页 |
| 2.2.4 功能分析 | 第39页 |
| 2.2.5 SOM比较分析 | 第39-40页 |
| 第三章 植物表观基因组学数据整合和分析平台构建 | 第40-65页 |
| 3.1 研究背景介绍 | 第40-41页 |
| 3.2 染色质状态图谱与自组织映射(SOM)图谱的绘制 | 第41-46页 |
| 3.2.1 染色质状态图谱的绘制 | 第41-45页 |
| 3.2.2 自组织映射(SOM)图谱的绘制 | 第45-46页 |
| 3.3 植物染色质状态数据库PCSD构建 | 第46-51页 |
| 3.3.1 植物染色质状态数据库PCSD架构 | 第46-48页 |
| 3.3.2 查询工具介绍 | 第48-49页 |
| 3.3.3 分析工具介绍 | 第49-51页 |
| 3.4 植物染色质状态数据库PCSD应用实例分析 | 第51-62页 |
| 3.4.1 同源基因染色质状态保守性和多样性分析 | 第51-54页 |
| 3.4.2 利用UCSC基因组浏览器查询基因上游调控因子 | 第54-55页 |
| 3.4.3 染色质状态与基因非编码区域之间的关系 | 第55-57页 |
| 3.4.4 表观遗传修饰与染色质重塑因子相互作用 | 第57-59页 |
| 3.4.5 组蛋白变体与组蛋白修饰的相关性 | 第59-61页 |
| 3.4.6 表观遗传标记在不同光暗条件下的动态变化 | 第61-62页 |
| 3.5 小结与讨论 | 第62-65页 |
| 第四章 拟南芥应答黑暗胁迫的表观基因组学集成分析 | 第65-121页 |
| 4.1 研究背景介绍 | 第65-66页 |
| 4.2 结果与分析 | 第66-117页 |
| 4.2.1 黑暗处理下拟南芥表型观察 | 第66-68页 |
| 4.2.2 黑暗胁迫下拟南芥DHS的动态变化和对基因表达的调控机制 | 第68-92页 |
| 4.2.3 黑暗胁迫下拟南芥H3K4me3的动态变化和对基因表达的调控机制 | 第92-103页 |
| 4.2.4 黑暗胁迫下拟南芥H3K27me3的动态变化和对基因表达的调控机制 | 第103-106页 |
| 4.2.5 黑暗胁迫下拟南芥miRNA的表达变化和靶基因的调控机制 | 第106-111页 |
| 4.2.6 利用SOM图谱集成分析黑暗胁迫下表观遗传标记的变化 | 第111-117页 |
| 4.3 小结与讨论 | 第117-121页 |
| 第五章 结论与展望 | 第121-124页 |
| 5.1 结论 | 第121-122页 |
| 5.2 展望 | 第122-124页 |
| 参考文献 | 第124-142页 |
| 附录 | 第142-207页 |
| 致谢 | 第207-208页 |
| 个人简介 | 第208-209页 |
