| 摘要 | 第10-12页 |
| abstract | 第12-14页 |
| 英文缩略词表 | 第15-16页 |
| 1 前言 | 第16-28页 |
| 1.1 大肠杆菌研究背景 | 第16-17页 |
| 1.2 肠外致病性大肠杆菌研究进展 | 第17-23页 |
| 1.2.1 肠外致病性大肠杆菌流行病学研究 | 第17-18页 |
| 1.2.2 肠外致病性大肠杆菌血清和群系分布 | 第18-19页 |
| 1.2.3 肠外致病性大肠杆菌耐药性 | 第19-20页 |
| 1.2.4 肠外致病性大肠杆菌毒力因子研究进展 | 第20-21页 |
| 1.2.5 肠外致病性大肠杆菌致病机制 | 第21-23页 |
| 1.3 细菌比较基因组学研究进展 | 第23-25页 |
| 1.3.1 基因组测序的发展与应用 | 第23页 |
| 1.3.2 大肠杆菌基因组的基本元件和特点 | 第23-24页 |
| 1.3.3 肠外致病性大肠杆菌基因组测序研究进展 | 第24-25页 |
| 1.4 研究的目的与意义 | 第25-28页 |
| 2 肠外致病性大肠杆菌的分离与鉴定 | 第28-44页 |
| 2.1 实验材料与试剂 | 第28-29页 |
| 2.1.1 菌株及来源 | 第28页 |
| 2.1.2 实验动物 | 第28页 |
| 2.1.3 主要仪器设备 | 第28-29页 |
| 2.2 实验方法 | 第29-34页 |
| 2.2.1 细菌的分离培养 | 第29页 |
| 2.2.2 细菌的形态学观察 | 第29-30页 |
| 2.2.3 细菌的纯化与保存 | 第30页 |
| 2.2.4 引物 | 第30-31页 |
| 2.2.5 细菌基因组的提取 | 第31-32页 |
| 2.2.6 16S rRNA基因序列扩增和回收 | 第32页 |
| 2.2.7 ExPEC分离菌株毒力基因的检测 | 第32页 |
| 2.2.8 ExPEC分离菌株的进化群PCR检测 | 第32-33页 |
| 2.2.9 ExPEC分离菌株的O抗原血清检测 | 第33-34页 |
| 2.2.10 ExPEC分离菌株的药敏试验 | 第34页 |
| 2.2.11 ExPEC分离菌株小鼠致病性及LD50测定试验 | 第34页 |
| 2.3 结果 | 第34-41页 |
| 2.3.1 细菌的分离和培养结果 | 第34-35页 |
| 2.3.2 细菌的鉴定 | 第35页 |
| 2.3.3 ExEPC分离菌株进化群及特异基因鉴定结果 | 第35-37页 |
| 2.3.4 ExEPC分离菌株的O抗原血清型鉴定结果 | 第37-38页 |
| 2.3.5 ExEPC分离菌株毒力基因检测分布情况 | 第38-39页 |
| 2.3.6 ExEPC分离菌株的耐药性检测结果 | 第39-40页 |
| 2.3.7 ExPEC分离菌株对小鼠致病性试验结果 | 第40-41页 |
| 2.3.8 ExPEC分离菌株对小鼠LD50试验结果 | 第41页 |
| 2.4 讨论 | 第41-44页 |
| 3 部分ExPEC分离菌株的全基因组测序及比较基因组学分析 | 第44-60页 |
| 3.1 实验材料 | 第44页 |
| 3.1.1 菌株及来源 | 第44页 |
| 3.1.2 试验试剂及分析软件 | 第44页 |
| 3.2 实验方法 | 第44-46页 |
| 3.2.1 细菌基因组的提取 | 第44页 |
| 3.2.2 ExPEC分离菌株基因组序列的测定 | 第44-45页 |
| 3.2.3 生物信息分析 | 第45页 |
| 3.2.4 原始数据过滤 | 第45-46页 |
| 3.2.5 基因组组装 | 第46页 |
| 3.2.6 基因及差异基因预测 | 第46页 |
| 3.2.7 基因组COG、KEGG、GO及MLST分析 | 第46页 |
| 3.2.8 致病菌毒力因子分析 | 第46页 |
| 3.3 结果与分析 | 第46-56页 |
| 3.3.1 ExPEC分离菌株提取基因组的鉴定结果 | 第46-47页 |
| 3.3.2 原始测序数据过滤和统计 | 第47-48页 |
| 3.3.3 基因组的组装结果 | 第48页 |
| 3.3.4 基因预测结果 | 第48页 |
| 3.3.5 差异基因分析结果 | 第48-50页 |
| 3.3.6 COG分析结果 | 第50-51页 |
| 3.3.7 KEGG分析结果 | 第51-53页 |
| 3.3.8 GO富集分析结果 | 第53-54页 |
| 3.3.9 MLST分析结果 | 第54页 |
| 3.3.10 基因聚类和参考基因组的比对结果 | 第54-55页 |
| 3.3.11 SNP注释及InDel检测 | 第55页 |
| 3.3.12 毒力基因分析结果 | 第55-56页 |
| 3.3.13 ExPEC分离菌株相关质粒分析结果 | 第56页 |
| 3.4 讨论 | 第56-60页 |
| 4 结论 | 第60-62页 |
| 参考文献 | 第62-70页 |
| 致谢 | 第70-72页 |
| 附录 | 第72-74页 |
| 个人简历 | 第74页 |
