| 致谢 | 第6-7页 |
| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 1 绪论 | 第14-34页 |
| 1.1 研究背景 | 第14-18页 |
| 1.2 研究方法简介 | 第18-30页 |
| 1.2.1 分子动力学模拟的发展及其基本原理 | 第18-20页 |
| 1.2.2 分子动力学的优势和限制 | 第20-21页 |
| 1.2.3 模拟体系中的运动方程的求解与算法 | 第21-23页 |
| 1.2.4 势函数与力场 | 第23-26页 |
| 1.2.4.1 非键相互作用(Enobond) | 第24-25页 |
| 1.2.4.2 成键相互作用(Ebond) | 第25-26页 |
| 1.2.5 分子动力学模拟的原胞及初始条件 | 第26-27页 |
| 1.2.6 周期性边界条件 | 第27-28页 |
| 1.2.7 分子动力学的系综理论 | 第28-29页 |
| 1.2.8 Gromacs简介 | 第29-30页 |
| 1.3 研究意义及内容 | 第30-32页 |
| 1.4 论文组织结构 | 第32-33页 |
| 参考文献 | 第33-34页 |
| 2 氧化石墨烯对蛋白质-蛋白质相互作用的潜在破坏 | 第34-48页 |
| 2.1 背景介绍 | 第34-35页 |
| 2.2 研究模型及方法 | 第35-37页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第37-43页 |
| 2.3.1 通过纳米片分解HIV-1二聚体 | 第37-39页 |
| 2.3.2 接触面积 | 第39-40页 |
| 2.3.3 相互作用能随时间的变化 | 第40-41页 |
| 2.3.4 GO对单体结构的影响 | 第41-42页 |
| 2.3.5 GO的二聚体切割概率 | 第42-43页 |
| 2.4 本章小结 | 第43-44页 |
| 参考文献 | 第44-48页 |
| 3 石墨炔对钙调蛋白的结构和动力学性质的影响 | 第48-65页 |
| 3.1 背景介绍 | 第48-50页 |
| 3.2 研究模型及方法 | 第50-51页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第51-58页 |
| 3.4 本章小结 | 第58-59页 |
| 3.5 补充材料 | 第59-60页 |
| 参考文献 | 第60-65页 |
| 4 单壁碳纳米管-肽在HLA-TCR复合物中模拟KK10肽的倾向 | 第65-84页 |
| 4.1 背景介绍 | 第65-66页 |
| 4.2 研究模型及方法 | 第66-67页 |
| 4.3 模拟结果及讨论 | 第67-75页 |
| 4.3.1 CNT-肽与HLA和TCR的有效结合 | 第67-69页 |
| 4.3.2 结构结合分析 | 第69-70页 |
| 4.3.3 结合焓分析 | 第70-73页 |
| 4.3.4 从HLA-TCR解吸附CNT-肽和KK10 | 第73-75页 |
| 4.4 本章小结 | 第75页 |
| 4.5 补充材料 | 第75-81页 |
| 4.5.1 接触比例和结构结合的细节 | 第77-78页 |
| 4.5.2 脱附细节 | 第78-81页 |
| 参考文献 | 第81-84页 |
| 5 亨廷顿N17结构域在二维纳米材料上折叠过程中的结构扰动 | 第84-96页 |
| 5.1 背景介绍 | 第84-85页 |
| 5.2 模拟方法 | 第85-87页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第87-92页 |
| 5.3.1 HTT-N17在MoS2上比在水中更系统地螺旋 | 第87-89页 |
| 5.3.2 HTTP-N17在不同环境下的螺旋残基计数 | 第89页 |
| 5.3.3 HTT-N17在石墨烯表面被压扁的结合结构 | 第89-92页 |
| 5.4 本章小结 | 第92-93页 |
| 参考文献 | 第93-96页 |
| 6 总结与展望 | 第96-99页 |
| 6.1 本论文的总结 | 第96-98页 |
| 6.2 本论文的展望 | 第98-99页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第99页 |
