高通量转录组测序片段快速比对算法研究
| 摘要 | 第4-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 第1章 绪论 | 第9-17页 |
| 1.1 课题背景及研究的目的和意义 | 第9-11页 |
| 1.2 国内外研究现状及分析 | 第11-15页 |
| 1.3 本文主要研究内容 | 第15-16页 |
| 1.4 本文组织结构 | 第16-17页 |
| 第2章 基本概念和核心技术介绍 | 第17-41页 |
| 2.1 RNA序列的生物学特性 | 第17-18页 |
| 2.1.1 基因表达 | 第17页 |
| 2.1.2 真核生物的RNA转录 | 第17-18页 |
| 2.2 后缀树的概念及构造方法 | 第18-23页 |
| 2.2.1 后缀树的概念 | 第18-21页 |
| 2.2.2 后缀树的构造方法 | 第21-23页 |
| 2.3 后缀数组的概念及构造方法 | 第23-26页 |
| 2.3.1 后缀数组的概念 | 第24页 |
| 2.3.2 后缀数组的实现方法 | 第24-26页 |
| 2.4 BWT索引的构建 | 第26-32页 |
| 2.4.1 后缀排序 | 第26-28页 |
| 2.4.2 BWT索引原理 | 第28-32页 |
| 2.5 线段树的概念及构造方法 | 第32-40页 |
| 2.5.1 一维线段树 | 第32-35页 |
| 2.5.2 二维线段树 | 第35-37页 |
| 2.5.3 zkw线段树 | 第37-40页 |
| 2.6 本章小结 | 第40-41页 |
| 第3章 转录组测序片段快速比对方法的设计与实现 | 第41-60页 |
| 3.1 RNA-FAT的总体设计方案 | 第41-42页 |
| 3.2 DE BRUIJN图的构建 | 第42-44页 |
| 3.3 UNIPATH索引的构建 | 第44-46页 |
| 3.4 MEM种子筛选 | 第46-47页 |
| 3.5 种子构图及选路算法 | 第47-52页 |
| 3.6 序列比对算法 | 第52-59页 |
| 3.6.1 序列比对概述 | 第52-53页 |
| 3.6.2 全局序列比对算法 | 第53-55页 |
| 3.6.3 长空位固定罚分比对算法 | 第55-57页 |
| 3.6.4 序列比对算法的边界搜索 | 第57-59页 |
| 3.7 本章小结 | 第59-60页 |
| 第4章 RNA-FAT的性能评测 | 第60-71页 |
| 4.1 RNA-FAT性能评测 | 第60-69页 |
| 4.2 RNA-FAT的创新点 | 第69-70页 |
| 4.3 本章小结 | 第70-71页 |
| 结论 | 第71-72页 |
| 参考文献 | 第72-77页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文 | 第77-79页 |
| 致谢 | 第79页 |
