胡杨抗盐的基因组遗传基础研究
| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 研究背景 | 第12-29页 |
| 1.1 基因组学概述 | 第12-19页 |
| 1.1.1 测序技术的变革 | 第12-14页 |
| 1.1.2 第二代测序技术的应用 | 第14-15页 |
| 1.1.3 植物基因组研究进展 | 第15-19页 |
| 1.2 杨树 | 第19-24页 |
| 1.2.1 杨树遗传图谱的构建 | 第19-20页 |
| 1.2.2 杨树EST测序和物理图谱的构建 | 第20-21页 |
| 1.2.3 首个木本植物基因组 | 第21-23页 |
| 1.2.4 杨树基因组推动木本植物研究进程 | 第23-24页 |
| 1.3 胡杨：研究树木抗逆的模式物种 | 第24-27页 |
| 1.3.1 胡杨根部限制盐离子的纵向运输 | 第24-25页 |
| 1.3.2 胡杨叶部形态的可塑性 | 第25页 |
| 1.3.3 胡杨木质部对盐胁迫的适应 | 第25-26页 |
| 1.3.4 胡杨对离子浓度的调控 | 第26-27页 |
| 1.4 研究意义和科学问题 | 第27-29页 |
| 1.4.1 胡杨基因组的解析 | 第28页 |
| 1.4.2 胡杨耐盐的分子机制 | 第28-29页 |
| 第二章 材料与方法 | 第29-37页 |
| 2.1 基因组测序与组装 | 第29-31页 |
| 2.1.1 全基因组鸟枪法(WGS)测序 | 第29页 |
| 2.1.2 Fosmid克隆构建及测序 | 第29页 |
| 2.1.3 测序数据质量控制 | 第29页 |
| 2.1.4 基因组组装 | 第29-30页 |
| 2.1.5 基因组大小和杂合度估计 | 第30页 |
| 2.1.6 胡杨基因组组装质量评估 | 第30-31页 |
| 2.2 基因组注释 | 第31-33页 |
| 2.2.1 重复序列注释 | 第31页 |
| 2.2.2 基因预测和功能注释 | 第31-32页 |
| 2.2.3 非编码RNA注释 | 第32-33页 |
| 2.3 比较基因组 | 第33-35页 |
| 2.3.1 全基因组复制和共线性分析 | 第33-34页 |
| 2.3.2 系统发育和基因家族分析 | 第34页 |
| 2.3.3 适应性进化分析 | 第34-35页 |
| 2.3.4 同源SSR引物设计 | 第35页 |
| 2.4 转录组分析 | 第35-37页 |
| 2.4.1 转录组测序 | 第35-36页 |
| 2.4.2 基因差异表达分析 | 第36页 |
| 2.4.3 比较转录组 | 第36-37页 |
| 第三章 研究结果 | 第37-69页 |
| 3.1 基因组测序与组装 | 第37-43页 |
| 3.1.1 基因组测序 | 第37-38页 |
| 3.1.2 基因组组装 | 第38-39页 |
| 3.1.3 胡杨基因组组装质量评估 | 第39-41页 |
| 3.1.4 胡杨基因组大小和杂合度估计 | 第41-43页 |
| 3.2 基因组注释 | 第43-51页 |
| 3.2.1 重复序列注释 | 第43-44页 |
| 3.2.2 基因注释 | 第44-48页 |
| 3.2.3 非编码RNA注释 | 第48-51页 |
| 3.3 比较基因组分析 | 第51-65页 |
| 3.3.1 全基因组复制和共线性分析 | 第51-55页 |
| 3.3.2 系统发育分析和分化时间估计 | 第55页 |
| 3.3.3 同源SSR引物设计 | 第55-58页 |
| 3.3.4 基因家族分析 | 第58-61页 |
| 3.3.5 适应性进化分析 | 第61-65页 |
| 3.4 转录组分析 | 第65-69页 |
| 第四章 讨论 | 第69-80页 |
| 4.1 胡杨基因组 | 第69-72页 |
| 4.1.1 胡杨基因组组装策略 | 第69-71页 |
| 4.1.2 胡杨基因组大小 | 第71-72页 |
| 4.1.3 分子标记开发 | 第72页 |
| 4.2 胡杨耐盐机制 | 第72-79页 |
| 4.2.1 基因保留和丢失的偏向性 | 第72-73页 |
| 4.2.2 基因家族扩张/收缩 | 第73-75页 |
| 4.2.3 适应性进化 | 第75-76页 |
| 4.2.4 基因差异表达 | 第76-79页 |
| 4.3 总结和展望 | 第79-80页 |
| 参考文献 | 第80-93页 |
| 在学期间的研究成果 | 第93-94页 |
| 致谢 | 第94页 |
