| 摘要 | 第5-6页 |
| abstract | 第6页 |
| 第1章 绪论 | 第9-17页 |
| 1.1 引言 | 第9-10页 |
| 1.2 选题背景与意义 | 第10-12页 |
| 1.2.1 选题背景 | 第10-11页 |
| 1.2.2 选题意义 | 第11-12页 |
| 1.3 国内外研究现状 | 第12-14页 |
| 1.4 研究内容及研究目标 | 第14-15页 |
| 1.4.1 DNase-Seq检测数据的预处理研究 | 第14-15页 |
| 1.4.2 基于DNase-Seq检测信息的DNA蛋白质结合位点的识别 | 第15页 |
| 1.4.3 研究目标 | 第15页 |
| 1.5 本文的主要工作和章节安排 | 第15-17页 |
| 第2章 ChIP-Seq技术与DNase-Seq技术 | 第17-27页 |
| 2.1 ChIP-Seq技术 | 第17-19页 |
| 2.2 DNase-Seq技术 | 第19-20页 |
| 2.3 GEM | 第20-25页 |
| 2.4 本章小结 | 第25-27页 |
| 第3章 数据预处理 | 第27-41页 |
| 3.1 数据获取 | 第27-28页 |
| 3.2 常规预处理 | 第28-38页 |
| 3.2.1 DNase-Seq数据结构介绍 | 第28-29页 |
| 3.2.2 序列比对介绍及评价标准 | 第29-30页 |
| 3.2.3 比对软件介绍及选取 | 第30-34页 |
| 3.2.4 比对算法及BWT技术 | 第34-38页 |
| 3.3 特殊预处理 | 第38-40页 |
| 3.3.1 处理方法 | 第38-39页 |
| 3.3.2 处理效果 | 第39-40页 |
| 3.4 本章小结 | 第40-41页 |
| 第4章 基于DNase-Seq的DNA蛋白结合位点识别 | 第41-49页 |
| 4.1 训练集构建 | 第41页 |
| 4.2 特征提取 | 第41-44页 |
| 4.2.1 特征提取预处理 | 第41-42页 |
| 4.2.2 基于概率统计分析的特征提取 | 第42-44页 |
| 4.3 预测模型 | 第44-48页 |
| 4.3.1 PWM | 第44-46页 |
| 4.3.2 预测模型的建立 | 第46-48页 |
| 4.4 本章小结 | 第48-49页 |
| 第5章 预测蛋白结合位点实验验证 | 第49-57页 |
| 5.1 特征提取验证 | 第49-50页 |
| 5.2 数据预处理验证 | 第50-52页 |
| 5.3 预测模型验证 | 第52-55页 |
| 5.4 本章小结 | 第55-57页 |
| 结论 | 第57-59页 |
| 参考文献 | 第59-69页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文和取得的科研成果 | 第69-71页 |
| 致谢 | 第71-72页 |
