| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 符号对照表 | 第12-13页 |
| 缩略语对照表 | 第13-17页 |
| 第一章 绪论 | 第17-29页 |
| 1.1 研究背景与意义 | 第17-21页 |
| 1.1.1 多组学数据 | 第17-19页 |
| 1.1.2 生物网络 | 第19-21页 |
| 1.2 研究进展与存在问题 | 第21-26页 |
| 1.2.1 国内外研究进展 | 第21-25页 |
| 1.2.2 存在问题 | 第25-26页 |
| 1.3 本文主要工作及组织结构 | 第26-29页 |
| 1.3.1 研究思路与主要贡献 | 第26-27页 |
| 1.3.2 组织结构 | 第27-29页 |
| 第二章 基于一致差异模体的疾病基因挖掘方法 | 第29-45页 |
| 2.1 引言 | 第29-30页 |
| 2.2 背景与相关定义 | 第30-33页 |
| 2.2.1 DNA甲基化、基因表达与复杂疾病 | 第30-31页 |
| 2.2.2 基本假设与定义 | 第31-33页 |
| 2.3 一致模体与疾病基因挖掘 | 第33-35页 |
| 2.3.1 疾病基因挖掘方法 | 第33-34页 |
| 2.3.2 评估一致显著的模体以及模体相应的候选基因 | 第34-35页 |
| 2.4 实验验证与结果分析 | 第35-42页 |
| 2.4.1 数据及预处理 | 第35-36页 |
| 2.4.2 人类信号网络分析结果 | 第36页 |
| 2.4.3 结肠癌数据集上的应用结果 | 第36-42页 |
| 2.5 本章小结 | 第42-45页 |
| 第三章 基于网络的疾病驱动基因挖掘方法 | 第45-63页 |
| 3.1 引言 | 第45-46页 |
| 3.2 驱动基因挖掘方法 | 第46-50页 |
| 3.2.1 关系网络的构建 | 第46页 |
| 3.2.2 驱动基因挖掘方法 | 第46-49页 |
| 3.2.3 评估驱动基因 | 第49-50页 |
| 3.3 实验验证与结果分析 | 第50-61页 |
| 3.3.1 数据及预处理 | 第50-51页 |
| 3.3.2 驱动基因识别结果 | 第51页 |
| 3.3.3 驱动基因评估结果 | 第51-58页 |
| 3.3.4 鲁棒性分析与低频突变驱动基因识别比较 | 第58-61页 |
| 3.4 本章小结 | 第61-63页 |
| 第四章 基于多组学数据的癌症亚型失调通路挖掘方法 | 第63-77页 |
| 4.1 引言 | 第63-64页 |
| 4.2 癌症亚型驱动通路挖掘 | 第64-67页 |
| 4.3 实验验证与结果分析 | 第67-76页 |
| 4.3.1 数据及预处理 | 第67页 |
| 4.3.2 基本结果 | 第67-68页 |
| 4.3.3 癌症亚型失调通路模式分析 | 第68-76页 |
| 4.4 本章小结 | 第76-77页 |
| 第五章 肺腺癌细胞周期转录因子调控网络构建与模式分析 | 第77-91页 |
| 5.1 引言 | 第77-78页 |
| 5.2 动态级联方法构建调控网络 | 第78-82页 |
| 5.2.1 动态级联方法基本原理及相关定义 | 第78-80页 |
| 5.2.2 调控网络构建过程 | 第80-81页 |
| 5.2.3 调控网络构建评估 | 第81-82页 |
| 5.3 实验验证与结果分析 | 第82-89页 |
| 5.3.1 肺癌数据集上的应用 | 第82页 |
| 5.3.2 数据及预处理 | 第82-84页 |
| 5.3.3 构建肺腺癌调控网络 | 第84页 |
| 5.3.4 网络结果评估分析 | 第84-89页 |
| 5.4 本章小结 | 第89-91页 |
| 第六章 总结与展望 | 第91-95页 |
| 6.1 工作总结 | 第91-93页 |
| 6.2 下一步研究工作 | 第93-95页 |
| 参考文献 | 第95-115页 |
| 致谢 | 第115-117页 |
| 作者简介 | 第117-119页 |
| 附录A | 第119-123页 |