| 中文摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 缩略词 | 第8-11页 |
| 第一章 引言 | 第11-25页 |
| 1.1 高通量测序技术与植物组学数据的产生 | 第11-16页 |
| 1.1.1 高通量测序技术 | 第11-13页 |
| 1.1.2 植物基因组学研究进展 | 第13-14页 |
| 1.1.3 植物转录组学研究进展 | 第14-15页 |
| 1.1.4 植物表观基因组学研究进展 | 第15-16页 |
| 1.2 大数据挖掘与生物信息学 | 第16-18页 |
| 1.3 基因集的介绍 | 第18-19页 |
| 1.4 植物非编码RNA研究进展 | 第19-22页 |
| 1.5 研究目的与研究工作 | 第22-25页 |
| 第二章 基于植物多维组学数据解析基因结构 | 第25-46页 |
| 2.1 研究背景介绍 | 第25-26页 |
| 2.2 实验设计与数据搜集 | 第26-27页 |
| 2.2.1 染色体免疫共沉淀实验与RNA-seq样本准备 | 第26页 |
| 2.2.2 RNA-seq公共数据搜集 | 第26页 |
| 2.2.3 ChIP-seq公共数据搜集 | 第26-27页 |
| 2.3 多维组学数据用于新基因/新可变剪切形式的发现 | 第27-44页 |
| 2.3.1 多维组学数据标准化分析流程的设计 | 第27-29页 |
| 2.3.2 标准化分析流程应用于亚洲棉的功能分析 | 第29-42页 |
| 2.3.3 标准化分析流程应用于水稻日本晴的功能分析 | 第42-44页 |
| 2.4 多维组学数据查询检索平台(MOAP)的构建 | 第44页 |
| 2.5 分析与讨论 | 第44-46页 |
| 第三章 植物基因集富集分析工具PlantGSEA平台的构建 | 第46-57页 |
| 3.1 PlantGSEA分析平台研究背景 | 第46页 |
| 3.2 PlantGSEA分析平台的数据整合与算法策略 | 第46-49页 |
| 3.2.1 基因集概念的引入 | 第46-47页 |
| 3.2.2 PlantGSEA数据的搜集与整合 | 第47-48页 |
| 3.2.3 PlantGSEA算法策略 | 第48-49页 |
| 3.3 PlantGSEA平台架构与功能实现 | 第49-52页 |
| 3.3.1 Analysis功能实现 | 第49-50页 |
| 3.3.2 Browse功能实现 | 第50-51页 |
| 3.3.3 Tools功能实现 | 第51-52页 |
| 3.4 PlantGSEA实例分析 | 第52-56页 |
| 3.5 讨论与展望 | 第56-57页 |
| 第四章 植物非编码RNA数据库PNRD的构建 | 第57-73页 |
| 4.1 植物非编码RNA研究背景 | 第57-58页 |
| 4.2 数据库数据的搜集与整合 | 第58-61页 |
| 4.2.1 非编码RNA序列的搜集 | 第58-59页 |
| 4.2.2 非编码RNA的表达谱与Text-mining信息池的搜集 | 第59-61页 |
| 4.2.3 其他数据的搜集与整合 | 第61页 |
| 4.3 数据库功能模块设计与网页展示 | 第61-66页 |
| 4.3.1 搜索模块的详细介绍 | 第62-63页 |
| 4.3.2 工具模块的详细介绍 | 第63页 |
| 4.3.3 数据库网页的实现 | 第63-66页 |
| 4.4 举例进行数据库功能实现的说明 | 第66-71页 |
| 4.5 分析与讨论 | 第71-73页 |
| 第五章 结论与展望 | 第73-75页 |
| 5.1 结论 | 第73-74页 |
| 5.2 展望 | 第74-75页 |
| 参考文献 | 第75-84页 |
| 致谢 | 第84-85页 |
| 附录 | 第85-124页 |
| 作者简历 | 第124-125页 |
