| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-10页 |
| 缩略词表(ABBREVIATION) | 第11-12页 |
| 第一部分 文献综述 | 第12-28页 |
| 第一章 布鲁氏菌基因组学研究进展 | 第12-28页 |
| 1. 微生物基因组学 | 第13-17页 |
| 1.1 微生物基因组学发展 | 第13页 |
| 1.2 微生物基因组测序技术的发展 | 第13-14页 |
| 1.3 基因组学研究方法 | 第14-15页 |
| 1.4 微生物基因组学研究的应用 | 第15-17页 |
| 1.4.1 病原毒力基因研究 | 第15-16页 |
| 1.4.2 未知功能基因研究 | 第16页 |
| 1.4.3 新型药物和疫苗的研究 | 第16页 |
| 1.4.4 微生物生物学功能图谱研究 | 第16-17页 |
| 1.4.5 生物进化关系分析 | 第17页 |
| 2. 布鲁氏菌基因组学研究进展 | 第17-21页 |
| 2.1 布鲁氏菌基因组测序进展 | 第17-18页 |
| 2.2 布鲁氏菌基因组特征 | 第18-19页 |
| 2.3 布鲁氏菌比较基因组学研究 | 第19-21页 |
| 2.3.1 布鲁氏菌标准菌株比较基因组学 | 第19-20页 |
| 2.3.2 布鲁氏菌疫苗株比较基因学 | 第20-21页 |
| 2.3.2.1 布鲁氏菌疫苗株S19比较基因组学 | 第20页 |
| 2.3.2.2 其他布鲁氏菌疫苗株比较基因组学 | 第20-21页 |
| 2.4 布鲁氏菌进化基因学 | 第21页 |
| 3. 小结 | 第21-22页 |
| 参考文献 | 第22-28页 |
| 第二部分 试验部分 | 第28-70页 |
| 第一章 布鲁氏菌A19全基因组测序 | 第28-54页 |
| 1. 材料和方法 | 第29-34页 |
| 1.1 材料 | 第29-30页 |
| 1.1.1 疫苗株 | 第29页 |
| 1.1.2 主要仪器与试剂 | 第29-30页 |
| 1.1.2.1 主要仪器 | 第29页 |
| 1.1.2.2 主要试剂 | 第29-30页 |
| 1.2 方法 | 第30-34页 |
| 1.2.1 布鲁氏菌A19疫苗株基因组测序 | 第30-32页 |
| 1.2.1.1 布鲁氏菌培养及全基因组DNA的提取 | 第30页 |
| 1.2.1.2 布鲁氏菌全基因组测序及序列的拼接、组装 | 第30页 |
| 1.2.1.3 基因组测序缺口补平 | 第30-32页 |
| 1.2.1.4 全基因组精细图的绘制 | 第32页 |
| 1.2.2 布鲁氏菌A19疫苗株基因组组分分析 | 第32-33页 |
| 1.2.2.1 开放阅读框的预测 | 第33页 |
| 1.2.2.2 重复序列预测 | 第33页 |
| 1.2.2.3 非编码RNA预测 | 第33页 |
| 1.2.2.4 基因岛预测 | 第33页 |
| 1.2.2.5 CRISPR预测 | 第33页 |
| 1.2.3 布鲁氏菌A19疫苗株基因功能注释 | 第33-34页 |
| 1.2.3.1 通用功能注释 | 第33页 |
| 1.2.3.2 病原细菌致病性和耐药性分析 | 第33-34页 |
| 2. 结果 | 第34-48页 |
| 2.1 布鲁氏菌A19疫苗株全基因组测序 | 第34-38页 |
| 2.1.1 布鲁氏菌A19疫苗株基因组提取结果 | 第34页 |
| 2.1.2 布鲁氏菌A19疫苗株测序及序列拼接组装 | 第34页 |
| 2.1.3 布鲁氏菌A19疫苗株基因组测序缺口补平 | 第34-37页 |
| 2.1.4 全基因组精细图绘制结果 | 第37-38页 |
| 2.2 布鲁氏菌A19疫苗株基因组基因组组分分析 | 第38-42页 |
| 2.2.1 开放阅读框预测 | 第39页 |
| 2.2.2 重复序列 | 第39-40页 |
| 2.2.3 非编码RNA | 第40-41页 |
| 2.2.4 基因岛(GIs) | 第41-42页 |
| 2.2.5 CRISPR预测 | 第42页 |
| 2.3 布鲁氏菌A19疫苗株基因功能分析 | 第42-48页 |
| 2.3.1 通用功能注释结果 | 第43-46页 |
| 2.3.1.1 COG数据库注释 | 第43-44页 |
| 2.3.1.2 GO数据库注释 | 第44页 |
| 2.3.1.3 KEGG数据库注释 | 第44-45页 |
| 2.3.1.4 NR数据库注释 | 第45-46页 |
| 2.3.2 布鲁氏菌A19疫苗株基因组致病性和耐药性分析 | 第46-48页 |
| 2.3.2.1 病原与宿主互作数据库(PHI)注释 | 第46-47页 |
| 2.3.2.2 细菌病原体的毒力因子(VFDB)注释 | 第47页 |
| 2.3.2.3 耐药基因(ARDB)注释 | 第47-48页 |
| 2.3.2.4 分泌蛋白预测 | 第48页 |
| 3. 讨论 | 第48-51页 |
| 参考文献 | 第51-54页 |
| 第二章 布鲁氏菌A19疫苗株比较基因组学研究 | 第54-70页 |
| 1. 材料与方法 | 第55-56页 |
| 1.1 材料 | 第55页 |
| 1.2 方法 | 第55-56页 |
| 1.2.1 基因组共线性分析 | 第55页 |
| 1.2.2 单核苷酸多态性(SNP)及插入缺失(InDel)分析 | 第55页 |
| 1.2.3 错义突变基因毒力分析 | 第55-56页 |
| 2. 结果 | 第56-66页 |
| 2.1 全基因组共线性分析 | 第56-57页 |
| 2.2 SNP和InDel分析 | 第57-59页 |
| 2.3 错义突变基因功能分析 | 第59-66页 |
| 3. 讨论 | 第66-68页 |
| 参考文献 | 第68-70页 |
| 全文总结 | 第70-72页 |
| 附录 | 第72-76页 |
| 致谢 | 第76页 |
