大黄鱼生长性状相关SNP标记的研究
| 摘要 | 第8-9页 |
| ABSTRACT | 第9页 |
| 第一章 绪论 | 第12-17页 |
| 1.1 大黄鱼 | 第12页 |
| 1.2 研究背景 | 第12-13页 |
| 1.3 研究意义 | 第13-14页 |
| 1.4 大黄鱼养殖现状 | 第14页 |
| 1.5 国内外研究现状 | 第14-16页 |
| 1.6 本论文研究技术路线 | 第16-17页 |
| 第二章 相关概念与术语 | 第17-25页 |
| 2.1 英文缩写词表 | 第17页 |
| 2.2 SLAF | 第17-18页 |
| 2.3 SNP | 第18-20页 |
| 2.4 GWAS | 第20-22页 |
| 2.5 RAD | 第22-23页 |
| 2.6 QTL | 第23页 |
| 2.7 Bwa | 第23-25页 |
| 第三章 材料与方法 | 第25-30页 |
| 3.1 采样基本信息 | 第25页 |
| 3.1.1 研究物种 | 第25页 |
| 3.1.2 样品数量 | 第25页 |
| 3.1.3 实验材料 | 第25页 |
| 3.1.4 尺寸性状的测量 | 第25页 |
| 3.1.5 分析方法 | 第25页 |
| 3.2 实验关键指标情况表 | 第25-26页 |
| 3.3 分析结果概述 | 第26页 |
| 3.4 酶切方案设计 | 第26-27页 |
| 3.4.1 参考基因组确定 | 第26-27页 |
| 3.4.2 酶切方案确定 | 第27页 |
| 3.5 实验流程 | 第27-28页 |
| 3.6 信息分析流程 | 第28页 |
| 3.7 SLAF标签开发方法概述 | 第28-30页 |
| 第四章 生物信息学分析方法和结果 | 第30-47页 |
| 4.1 酶切方案评估 | 第30页 |
| 4.1.1 酶切方案 | 第30页 |
| 4.2 测序数据统计与评估 | 第30-33页 |
| 4.2.1 测序质量值分布检查 | 第30-31页 |
| 4.2.2 碱基分布检查 | 第31-32页 |
| 4.2.3 测序数据产出和质量统计 | 第32-33页 |
| 4.3 实验建库评估 | 第33-34页 |
| 4.3.1 比对效率统计 | 第33页 |
| 4.3.2 酶切效率评估统计 | 第33-34页 |
| 4.3.3 片段选择评估 | 第34页 |
| 4.4 SLAF标记开发 | 第34-36页 |
| 4.4.1 比对结果统计 | 第34页 |
| 4.4.2 SNP统计 | 第34-36页 |
| 4.5 遗传进化分析 | 第36-43页 |
| 4.5.1 系统发育树分析 | 第37-40页 |
| 4.5.2 群体结构分析 | 第40页 |
| 4.5.3 PCA分析 | 第40-43页 |
| 4.6 性状关联分析 | 第43-47页 |
| 4.6.1 性状分析 | 第43-44页 |
| 4.6.2 GWAS关联分析 | 第44-45页 |
| 4.6.3 SNP_index关联分析 | 第45-47页 |
| 第五章 结论 | 第47-48页 |
| 参考文献 | 第48-53页 |
| 附表1 | 第53-54页 |
