| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 英文缩略词 | 第15-17页 |
| 第一章 文献综述 | 第17-32页 |
| 1.1 国内外热应激研究进展及现状 | 第17-24页 |
| 1.1.1 热应激时机体的体温调节机制 | 第20-21页 |
| 1.1.2 热应激的遗传控制及遗传适应改变 | 第21-22页 |
| 1.1.3 热应激的危害 | 第22-23页 |
| 1.1.4 减弱热应激危害的牧场管理措施 | 第23-24页 |
| 1.2 热应激评定指标的研究进展 | 第24-29页 |
| 1.2.1 指示热应激程度的相关指标研究 | 第24-27页 |
| 1.2.2 皮质醇激素作为应激评定指标的相关研究 | 第27-28页 |
| 1.2.3 热应激生化指标敏感性分析(ROC曲线) | 第28-29页 |
| 1.3 转录组测序(RNA-seq)研究进展 | 第29-31页 |
| 1.3.1 RAN-seq用于热应激的相关研究 | 第30-31页 |
| 1.4 本研究内容及目的和意义 | 第31-32页 |
| 1.4.1 本研究的内容及目的和意义 | 第31页 |
| 1.4.2 本研究技术路线 | 第31-32页 |
| 第二章 材料与方法 | 第32-49页 |
| 2.1 试验动物 | 第32页 |
| 2.2 试剂及器材 | 第32-34页 |
| 2.2.1 主要仪器设备 | 第32-33页 |
| 2.2.2 主要试剂耗材 | 第33-34页 |
| 2.3 主要软件及数据平台 | 第34页 |
| 2.4 研究方法 | 第34-41页 |
| 2.4.1 SD大鼠热应激敏感时间及温度筛选 | 第34页 |
| 2.4.2 大鼠组织采集 | 第34-35页 |
| 2.4.3 大鼠组织生化指标含量测定 | 第35-37页 |
| 2.4.4 RNA提取及纯化 | 第37-39页 |
| 2.4.5 RNA测序文库制备与测序 | 第39-40页 |
| 2.4.6 cDNA文库转录组测序 | 第40-41页 |
| 2.5 RNA-seq数据处理及生物信息学分析 | 第41-49页 |
| 2.5.1 数据分析技术路线 | 第41页 |
| 2.5.2 数据分析 | 第41-42页 |
| 2.5.2.1 下载并安装相关软件 | 第41-42页 |
| 2.5.3 转录组测序原始数据质控 | 第42页 |
| 2.5.4 将测序数据比对于参考基因组上 | 第42-43页 |
| 2.5.5 组装各个样品的转录本 | 第43页 |
| 2.5.6 整合转录本 | 第43页 |
| 2.5.7 转录本表达水平确定及标准化 | 第43页 |
| 2.5.8 差异表达转录本筛选 | 第43-44页 |
| 2.5.9 差异表达基因的GO和KEGG富集分析 | 第44页 |
| 2.5.10 差异表达基因q-PCR验证 | 第44-49页 |
| 2.5.10.1 组织总RNA反转录 | 第45页 |
| 2.5.10.2 定量PCR引物设计和合成 | 第45-47页 |
| 2.5.10.3 梯度PCR试验 | 第47页 |
| 2.5.10.4 实时荧光定量PCR试验 | 第47-48页 |
| 2.5.10.5 qRT-PCR结果数据分析 | 第48-49页 |
| 第三章 结果与分析 | 第49-106页 |
| 3.1 SD大鼠热应激下行为表现及体温变化 | 第49-56页 |
| 3.1.1 大鼠热应激条件下行为表现 | 第49页 |
| 3.1.2 大鼠常温及热应激条件下体温变化 | 第49-56页 |
| 3.1.2.1 常温(25℃ RH50%)条件下大鼠自身体温调节规律变化监测 | 第50页 |
| 3.1.2.2 不同高温环境条件下大鼠体温变化情况监测结果 | 第50-53页 |
| 3.1.2.3 大鼠42℃、RH50%热应激后不同温度下体温恢复情况监测 | 第53-56页 |
| 3.2 大鼠42℃ RH50%热应激条件下生理生化指标检测结果 | 第56-65页 |
| 3.2.1 大鼠热应激情况下不同时间段体温变化 | 第56-57页 |
| 3.2.2 热应激大鼠不同组织CORT激素含量变化检测 | 第57-59页 |
| 3.2.2.1 大鼠不同部位肌肉组织CORT含量变化检测 | 第59页 |
| 3.2.3 HS30min、60min及120min大鼠血清17种生化指标含量变化检测 | 第59-64页 |
| 3.2.4 热应激情况下大鼠肝脏、腿肌组织儿茶酚胺含量变化检测 | 第64-65页 |
| 3.3 42℃HS120min大鼠生理生化指标变化分析 | 第65-72页 |
| 3.3.1 HS120min前后大鼠体重变化情况 | 第65-66页 |
| 3.3.2 HS120min大鼠肾上腺组织儿茶酚胺及CORT含量检测 | 第66-67页 |
| 3.3.3 HS120min大鼠血清及腿肌组织17种生化指标含量变化 | 第67-72页 |
| 3.4 HS120min大鼠组织RNA-seq结果与分析 | 第72-106页 |
| 3.4.1 RNA提取与质量检测 | 第72-74页 |
| 3.4.2 RNA-seq原始测序数据质控 | 第74-79页 |
| 3.4.3 样本重复相关性检测 | 第79页 |
| 3.4.4 基因表达量初步统计 | 第79-81页 |
| 3.4.5 热应激处理下三种组织差异表达基因分析结果 | 第81-85页 |
| 3.4.6 三种组织共有差异可变剪接基因与差异表达基因、TSS、CDS间关系 | 第85-86页 |
| 3.4.7 血液、肝脏和肾上腺组织差异表达基因GO分析与通路分析 | 第86-97页 |
| 3.4.7.1 血液差异表达基因GO分析与通路分析 | 第87-91页 |
| 3.4.7.2 肝脏组织差异表达基因GO分析和通路分析 | 第91-94页 |
| 3.4.7.3 肾上腺组织差异表达基因GO分析和通路分析 | 第94-96页 |
| 3.4.7.4 肝脏及肾上腺组织共有差异表达基因GO分析和通路分析 | 第96-97页 |
| 3.4.8 热应激候选基因的筛选 | 第97-105页 |
| 3.4.9 肾上腺组织差异表达基因q-PCR验证 | 第105-106页 |
| 第四章 讨论 | 第106-108页 |
| 4.1 本研究创新点 | 第106页 |
| 4.2 本研究试验设计 | 第106-108页 |
| 4.2.1 热应激敏感温度及时间点选取 | 第106-107页 |
| 4.2.2 SD大鼠组织生化指标热敏感性分析 | 第107页 |
| 4.2.3 用于RNA-seq测序的目标组织筛选 | 第107-108页 |
| 4.3 下一步需要研究的试验内容 | 第108页 |
| 第五章 结论 | 第108-109页 |
| 参考文献 | 第109-116页 |
| 致谢 | 第116-117页 |
| 附录A | 第117-118页 |
| 附录B | 第118-138页 |
