| 摘要 | 第10-12页 |
| Abstract | 第12-13页 |
| 第一章 前言 | 第14-21页 |
| 1.1 菊花白色锈病的研究进展 | 第14-18页 |
| 1.1.1 菊花白色锈病的危害及分布 | 第14-15页 |
| 1.1.2 菊花白色锈病的症状及发病规律 | 第15-16页 |
| 1.1.3 菊花白色锈病抗病研究 | 第16-17页 |
| 1.1.4 菊花白色锈病的综合防治 | 第17-18页 |
| 1.2 RNA-Seq技术 | 第18-19页 |
| 1.2.1 转录组测序技术概述 | 第18页 |
| 1.2.2 转录组测序的应用 | 第18-19页 |
| 1.3 RNA提取方法概述 | 第19页 |
| 1.4 研究目的及意义 | 第19-21页 |
| 第二章 菊花叶片总RNA提取方法的比较研究 | 第21-25页 |
| 2.1 材料与方法 | 第21-22页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第21页 |
| 2.1.2 主要试剂与仪器 | 第21页 |
| 2.1.3 试验方法 | 第21-22页 |
| 2.2 结果与分析 | 第22-25页 |
| 2.2.1 菊花叶片总RNA的完整性分析 | 第22-23页 |
| 2.2.2 菊花叶片总RNA的纯度分析 | 第23-25页 |
| 第三章 菊花响应白色锈病病原菌的转录组分析 | 第25-37页 |
| 3.1 材料与方法 | 第25-27页 |
| 3.1.1 材料 | 第25页 |
| 3.1.2 接菌处理和RNA提取 | 第25页 |
| 3.1.3 cDNA文库的构建、测序及组装 | 第25-26页 |
| 3.1.4 基因功能注释 | 第26页 |
| 3.1.5 预测编码蛋白框CDS | 第26-27页 |
| 3.1.6 SSR分析 | 第27页 |
| 3.2 结果与分析 | 第27-37页 |
| 3.2.1 RNA提取质量分析 | 第27-29页 |
| 3.2.2 测序结果和转录本拼接 | 第29-30页 |
| 3.2.3 基因功能注释 | 第30-35页 |
| 3.2.4 CDS预测 | 第35页 |
| 3.2.5 SSR分析结果 | 第35-37页 |
| 第四章 菊花响应白色锈病病原菌的表达谱构建及分析 | 第37-60页 |
| 4.1 材料与方法 | 第37-40页 |
| 4.1.1 材料 | 第37页 |
| 4.1.2 接菌处理和RNA提取 | 第37页 |
| 4.1.3 cDNA文库的构建、测序及组装 | 第37页 |
| 4.1.4 测序结果统计 | 第37页 |
| 4.1.5 基因表达量分析 | 第37页 |
| 4.1.6 筛选差异表达的Unigene | 第37-38页 |
| 4.1.7 差异基因表达模式聚类 | 第38页 |
| 4.1.8 差异表达Unigene的GO、Pathway显著性富集分析 | 第38页 |
| 4.1.9 qRT-PCR验证 | 第38-40页 |
| 4.2 结果与分析 | 第40-60页 |
| 4.2.1 测序结果统计 | 第40-46页 |
| 4.2.2 基因表达水平分析 | 第46-49页 |
| 4.2.3 基因差异表达分析 | 第49-53页 |
| 4.2.4 差异基因表达模式聚类 | 第53页 |
| 4.2.5 差异表达基因的GO富集分析 | 第53-55页 |
| 4.2.6 差异表达基因的pathway富集分析 | 第55-59页 |
| 4.2.7 qRT-PCR分析 | 第59-60页 |
| 第五章 结论与讨论 | 第60-65页 |
| 5.1 结论 | 第60-61页 |
| 5.2 讨论 | 第61-65页 |
| 5.2.1 高效提取总RNA | 第61-62页 |
| 5.2.2 菊花转录组测序 | 第62-63页 |
| 5.2.3 菊花DREBa转录因子分析 | 第63页 |
| 5.2.4 苯丙烷类代谢途径分析 | 第63-65页 |
| 参考文献 | 第65-73页 |
| 附录 | 第73-74页 |
| 致谢 | 第74-75页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第75页 |