| 摘要 | 第4-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第12-24页 |
| 1.1 引言 | 第12-13页 |
| 1.2 研究背景与意义 | 第13-21页 |
| 1.2.1 增强子-启动子相互作用简介 | 第13-17页 |
| 1.2.2 ENCODE计划与高通量测序技术 | 第17-19页 |
| 1.2.3 增强子-启动子相互作用的识别 | 第19-21页 |
| 1.3 论文结构安排及创新点 | 第21-24页 |
| 1.3.1 论文组织结构 | 第21-22页 |
| 1.3.2 论文的创新点 | 第22-24页 |
| 第二章 研究方法 | 第24-29页 |
| 2.1 随机森林算法 | 第24-26页 |
| 2.2 梯度提升算法 | 第26-27页 |
| 2.3 模型检验方法及性能评价指标 | 第27-29页 |
| 第三章 添加分段的调控区域的基因组信号识别远程增强子-启动子相互作用 | 第29-48页 |
| 3.1 引言 | 第29页 |
| 3.2 远程增强子-启动子相互作用数据集 | 第29-31页 |
| 3.3 多类基因组信号的特征提取 | 第31-35页 |
| 3.3.1 转录因子和FAIRE-seq信号 | 第31-32页 |
| 3.3.2 组蛋白修饰,染色体可及性,增强子RNA和核小体位置信号 | 第32-33页 |
| 3.3.3 DNA甲基化和CAGE | 第33页 |
| 3.3.4 染色质状态 | 第33-34页 |
| 3.3.5 拓扑关联域和关联域边界 | 第34页 |
| 3.3.6 基因表达水平 | 第34-35页 |
| 3.4 整体分类策略下识别远程增强子-启动子相互作用 | 第35-38页 |
| 3.5 不同类调控信号对识别的贡献具有细胞系特异性和调控区域特异性 | 第38-39页 |
| 3.6 每一个细胞系前30个特征的正负集分布差异 | 第39-40页 |
| 3.7 添加分段调控区域的基因组信号特征得到更好的识别结果 | 第40-44页 |
| 3.8 用独立检验方法在新的细胞系中识别远程增强子-启动子相互作用 | 第44-46页 |
| 3.9 与前人算法的比较 | 第46-47页 |
| 3.10 结论 | 第47-48页 |
| 第四章 添加DNA结构属性和转录因子结合模体识别远程增强子-启动子相互作用 | 第48-65页 |
| 4.1 引言 | 第48页 |
| 4.2 数据集及特征值的选取 | 第48-51页 |
| 4.2.1 数据集 | 第48页 |
| 4.2.2 基因组信号 | 第48-49页 |
| 4.2.3 DNA结构属性 | 第49-50页 |
| 4.2.4 转录因子结合模体和染色质状态 | 第50-51页 |
| 4.3 组合不同类特征识别远程增强子-启动子相互作用 | 第51-55页 |
| 4.4 DNA结构属性和转录因子结合模体特征对识别的重要贡献 | 第55-56页 |
| 4.5 重要基因组信号特征之间的Pearson关联分析和网络模型分析 | 第56-59页 |
| 4.6 DNA结构特征参数和转录因子结合模体特征在正负集之间的分布差异 | 第59-62页 |
| 4.7 用独立检验的方法在新的细胞系中识别远程互作用 | 第62-63页 |
| 4.8 与前人算法的比较 | 第63-64页 |
| 4.9 结论 | 第64-65页 |
| 第五章 多类基因组信号与远端增强子靶基因表达水平的关系 | 第65-71页 |
| 5.1 引言 | 第65页 |
| 5.2 数据库和特征提取 | 第65-66页 |
| 5.3 基因表达水平的预测模型和评价指标 | 第66页 |
| 5.4 多种基因组信号与远端增强子靶基因表达水平的关系 | 第66-69页 |
| 5.5 不同基因组信号特征对远端增强子靶基因表达水平的贡献 | 第69-70页 |
| 5.6 总结 | 第70-71页 |
| 第六章 总结和展望 | 第71-74页 |
| 6.1 工作总结 | 第71-73页 |
| 6.2 工作展望 | 第73-74页 |
| 参考文献 | 第74-85页 |
| 附录 | 第85-103页 |
| 致谢 | 第103-104页 |
| 攻读学位期间发表和完成的论文目录 | 第104页 |
