| 摘要 | 第4-7页 |
| Abstract | 第7-10页 |
| 1 前言 | 第15-35页 |
| 1.1 红树林 | 第15-16页 |
| 1.1.1 红树林简介 | 第15页 |
| 1.1.2 海南省红树林资源 | 第15-16页 |
| 1.2 红树林微生物 | 第16-23页 |
| 1.2.1 红树林微生物及其多样性 | 第16-21页 |
| 1.2.1.1 红树林古细菌 | 第17-18页 |
| 1.2.1.2 红树林细菌 | 第18-19页 |
| 1.2.1.3 红树林放线菌 | 第19-20页 |
| 1.2.1.4 红树林真菌 | 第20-21页 |
| 1.2.2 红树林微生物资源的应用 | 第21-23页 |
| 1.2.2.1 红树林微生物在医学方面的应用 | 第21-22页 |
| 1.2.2.2 红树林微生物在农业方面的应用 | 第22页 |
| 1.2.2.3 红树林微生物在其它方面的应用 | 第22-23页 |
| 1.3 微生物多样性研究方法及相关技术 | 第23-27页 |
| 1.3.1 依赖培养的群落分析方法 | 第23-24页 |
| 1.3.1.1 稀释平板法 | 第23-24页 |
| 1.3.1.2 Biolog微平板分析系统 | 第24页 |
| 1.3.2 非依赖培养的群落分析方法 | 第24-27页 |
| 1.3.2.1 磷脂脂肪酸分析法 | 第24-25页 |
| 1.3.2.2 分子标记技术 | 第25页 |
| 1.3.2.3 变性梯度凝胶电泳 | 第25-26页 |
| 1.3.2.4 宏基因组学技术 | 第26-27页 |
| 1.4 海洋放线菌研究进展 | 第27-29页 |
| 1.4.1 海洋放线菌多样性 | 第27-28页 |
| 1.4.2 海洋放线菌新资源 | 第28页 |
| 1.4.3 海洋放线菌代谢产物 | 第28-29页 |
| 1.5 放线菌鉴定技术 | 第29-33页 |
| 1.5.1 经典分类 | 第29页 |
| 1.5.2 化学分类 | 第29-30页 |
| 1.5.3 分子分类 | 第30-33页 |
| 1.5.3.1 16S rRNA基因序列分析 | 第31页 |
| 1.5.3.2 DNA(G+C)mol%测定 | 第31页 |
| 1.5.3.3 DNA同源性分析 | 第31-33页 |
| 1.5.3.4 DNA指纹技术 | 第33页 |
| 1.6 本论文的研究目的与意义 | 第33-35页 |
| 2 材料与方法 | 第35-52页 |
| 2.1 实验材料 | 第35-40页 |
| 2.1.1 样品来源 | 第35页 |
| 2.1.2 主要仪器设备 | 第35-36页 |
| 2.1.3 主要试剂 | 第36-37页 |
| 2.1.4 主要杂交溶液 | 第37-38页 |
| 2.1.5 培养基 | 第38-39页 |
| 2.1.5.1 放线菌分离培养基 | 第38页 |
| 2.1.5.2 放线菌鉴定培养基 | 第38-39页 |
| 2.1.6 PCR引物 | 第39-40页 |
| 2.1.6.1 微生物多样性分析引物 | 第39-40页 |
| 2.1.6.2 放线菌16S rRNA基因扩增引物 | 第40页 |
| 2.1.7 模式菌株 | 第40页 |
| 2.2 实验方法 | 第40-52页 |
| 2.2.1 土壤样品环境因子测定 | 第40页 |
| 2.2.2 土壤微生物高通量测序与数据分析 | 第40-43页 |
| 2.2.2.1 基因组DNA样品制备 | 第40-41页 |
| 2.2.2.2 高通量测序流程 | 第41-42页 |
| 2.2.2.3 数据分析流程 | 第42-43页 |
| 2.2.3 红树林土壤放线菌分离和保藏 | 第43页 |
| 2.2.3.1 样品预处理 | 第43页 |
| 2.2.3.2 菌株的分离和纯化 | 第43页 |
| 2.2.3.3 菌株的保藏 | 第43页 |
| 2.2.4 放线菌的分类鉴定 | 第43-52页 |
| 2.2.4.1 培养与形态特征 | 第43-44页 |
| 2.2.4.2 生理生化特征 | 第44-45页 |
| 2.2.4.3 化学指征分析 | 第45-48页 |
| 2.2.4.4 分子指征分析 | 第48-52页 |
| 3 结果与分析 | 第52-83页 |
| 3.1 土壤样品的理化指标 | 第52页 |
| 3.2 高通量测序与数据分析 | 第52-62页 |
| 3.2.1 测序数据统计分析 | 第52-53页 |
| 3.2.2 生物信息学分析 | 第53-62页 |
| 3.2.2.1 OTU聚类和多样性分析 | 第53-56页 |
| 3.2.2.2 稀释度曲线 | 第56-57页 |
| 3.2.2.3 分类学分析 | 第57-62页 |
| 3.2.2.3.1 细菌群落组成 | 第57-58页 |
| 3.2.2.3.2 真菌群落组成 | 第58-60页 |
| 3.2.2.3.3 古菌群落组成 | 第60-61页 |
| 3.2.2.3.4 放线菌纲群落组成 | 第61-62页 |
| 3.3 放线菌的分离 | 第62-64页 |
| 3.4 放线菌的多相分类鉴定 | 第64-83页 |
| 3.4.1 菌株HA12301~T的分类鉴定 | 第64-72页 |
| 3.4.1.1 培养与形态特征 | 第64-65页 |
| 3.4.1.2 生理生化特征 | 第65-66页 |
| 3.4.1.3 化学特征分析 | 第66-68页 |
| 3.4.1.4 分子特征分析 | 第68-71页 |
| 3.4.1.5 鉴定结果 | 第71-72页 |
| 3.4.2 菌株HA12415~T的分类鉴定 | 第72-77页 |
| 3.4.2.1 培养与形态特征 | 第72页 |
| 3.4.2.2 生理生化特征 | 第72-73页 |
| 3.4.2.3 化学特征分析 | 第73-75页 |
| 3.4.2.4 分子特征分析 | 第75-77页 |
| 3.4.2.5 鉴定结果 | 第77页 |
| 3.4.3 菌株HA12420~T的分类鉴定 | 第77-83页 |
| 3.4.3.1 培养与形态特征 | 第77-78页 |
| 3.4.3.2 生理生化特征 | 第78-79页 |
| 3.4.3.3 化学特征分析 | 第79-80页 |
| 3.4.3.4 分子特征分析 | 第80-82页 |
| 3.4.3.5 鉴定结果 | 第82-83页 |
| 4 讨论 | 第83-92页 |
| 4.1 微生物群落多样性研究 | 第83-87页 |
| 4.2 红树林放线菌的分离 | 第87-89页 |
| 4.3 分子分类在放线菌多相分类中的应用 | 第89-92页 |
| 5 结论 | 第92-95页 |
| 参考文献 | 第95-110页 |
| 附录 | 第110-113页 |
| 致谢 | 第113页 |